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(-rw-r--r--) | 4.4k | _BMS_Aux.ibf | |
(-rw-r--r--) | 8.6k | _CMS_Aux.ibf | |
(-rw-r--r--) | 6.8k | _MFReader_.ibf | |
(-rw-r--r--) | 1.8k | _tipDater.ibf | |
(-rw-r--r--) | 5.3k | AAModelComparison.bf | |
(-rw-r--r--) | 9.0k | AddABias.ibf | |
(-rw-r--r--) | 1.2k | AnalyzeCodonData.bf | |
(-rw-r--r--) | 661B | AnalyzeDiNucData.bf | |
(-rw-r--r--) | 869B | AnalyzeNucDataFreq.bf | |
(-rw-r--r--) | 868B | AnalyzeNucProtData.bf | |
(-rw-r--r--) | 20.0k | bayesgraph.ibf | |
(-rw-r--r--) | 20.5k | BGM.bf | |
(-rw-r--r--) | 1.6k | binomial.ibf | |
(-rw-r--r--) | 3.0k | BivariateCodonRateAnalysis.bf | |
(-rw-r--r--) | 38.2k | BranchSiteREL.bf | |
(-rw-r--r--) | 20.1k | BranchSiteRELMultiModel.bf | |
(-rw-r--r--) | 8.7k | branchSwappingFunctions.bf | |
(-rw-r--r--) | 4.3k | categoryEcho.bf | |
(-rw-r--r--) | 3.9k | chooseDistanceFormula.def | |
(-rw-r--r--) | 3.2k | CleanGaps.bf | |
(-rw-r--r--) | 5.5k | CleanStopCodons.bf | |
(-rw-r--r--) | 10.4k | ClusterAnalysis.bf | |
(-rw-r--r--) | 13.5k | ClusterByDistanceRange.bf | |
(-rw-r--r--) | 10.7k | CodonBivariateRateProcessor.bf | |
(-rw-r--r--) | 25.5k | CodonModelCompare.bf | |
(-rw-r--r--) | 4.8k | CodonToProtein.bf | |
(-rw-r--r--) | 2.2k | ConvertDataFile.bf | |
(-rw-r--r--) | 17.6k | DirectionalREL.bf | |
(-rw-r--r--) | 7.8k | DistanceMatrix.bf | |
(-rw-r--r--) | 9.5k | distanceMethodNPBootstrap.bf | |
(-rw-r--r--) | 7.7k | distanceRMethodNPBootstrap.bf | |
(-rw-r--r--) | 21.5k | dNdSBivariateRateAnalysis.bf | |
(-rw-r--r--) | 28.6k | dNdSDistributionComparison.bf | |
(-rw-r--r--) | 26.2k | dNdSRateAnalysis.bf | |
(-rw-r--r--) | 32.1k | dNdSResultProcessor.bf | |
(-rw-r--r--) | 3.0k | doNNISwap.bf | |
(-rw-r--r--) | 2.8k | doSPRSwap.bf | |
(-rw-r--r--) | 2.6k | dSdNTreeTools.ibf | |
(-rw-r--r--) | 17.4k | F_ST.bf | |
(-rw-r--r--) | 11.7k | files.lst | |
(-rw-r--r--) | 7.9k | FitnessAAModels.bf | |
(-rw-r--r--) | 14.0k | GA_CHC_Binary.ibf | |
(-rw-r--r--) | 11.2k | GA_CHC.ibf | |
(-rw-r--r--) | 49.1k | GARD.bf | |
(-rw-r--r--) | 8.1k | Gateaux.bf | |
(-rw-r--r--) | 7.6k | GateauxMR.bf | |
(-rw-r--r--) | 511B | globalChecker.ibf | |
(-rw-r--r--) | 5.8k | heuristicMethodNPBootstrap.bf | |
(-rw-r--r--) | 6.5k | KHTest.bf | |
(-rw-r--r--) | 15B | last.date | |
(-rw-r--r--) | 24.8k | LEISR.bf | |
(-rw-r--r--) | 6.4k | LHT.bf | |
(-rw-r--r--) | 5.0k | LocalMolClock.bf | |
(-rw-r--r--) | 7.6k | LRTRecombTest.bf | |
(-rw-r--r--) | 1.9k | LZ_Complexity.bf | |
(-rw-r--r--) | 958B | MergeSequences.bf | |
(-rw-r--r--) | 966B | MergeSites.bf | |
(-rw-r--r--) | 15.6k | MGvsGY.bf | |
(-rw-r--r--) | 19.1k | ModelTest.bf | |
(-rw-r--r--) | 5.6k | MolClockAllRoots.bf | |
(-rw-r--r--) | 5.9k | molclockBootstrap.bf | |
(-rw-r--r--) | 3.2k | MolecularClock.bf | |
(-rw-r--r--) | 13.6k | MSS-joint-fitter.bf | |
(-rw-r--r--) | 28.0k | MSS-selector-2.bf | |
(-rw-r--r--) | 28.1k | MSS-selector.bf | |
(-rw-r--r--) | 4.1k | NeighborJoining.bf | |
(-rw-r--r--) | 31.8k | NielsenYang.bf | |
(-rw-r--r--) | 24.0k | NucModelCompare.bf | |
(-rw-r--r--) | 10.3k | pairwiseDistanceEstimator.ibf | |
(-rw-r--r--) | 180B | pairwiseDistanceEstimatorCounter.ibf | |
(-rw-r--r--) | 7.3k | PairwiseRelativeRate.bf | |
(-rw-r--r--) | 9.6k | PairwiseRelativeRatio.bf | |
(-rw-r--r--) | 41.7k | PARRIS.bf | |
(-rw-r--r--) | 1.8k | PartitionDataFile.bf | |
(-rw-r--r--) | 1.6k | partitionSequences.ibf | |
(-rw-r--r--) | 696B | posteriors.ibf | |
(-rw-r--r--) | 7.4k | qndhelper1_mf.ibf | |
(-rw-r--r--) | 35.2k | qndhelper1.ibf | |
(-rw-r--r--) | 13.8k | qndhelper2_mf.ibf | |
(-rw-r--r--) | 13.2k | qndhelper2.ibf | |
(-rw-r--r--) | 4.3k | qndhelper3.ibf | |
(-rw-r--r--) | 4.3k | qndhelper4.ibf | |
(-rw-r--r--) | 2.8k | queryTree.bf | |
(-rw-r--r--) | 448B | readIndexFile.bf | |
(-rw-r--r--) | 8.9k | ReduceDataSetMatrix.bf | |
(-rw-r--r--) | 12.3k | relative_nucleotide_rates.bf | |
(-rw-r--r--) | 3.4k | RelativeRate.bf | |
(-rw-r--r--) | 5.4k | RelativeRatio.bf | |
(-rw-r--r--) | 9.9k | relrateBootstrap.bf | |
(-rw-r--r--) | 4.4k | relratioBootstrap.bf | |
(-rw-r--r--) | 9.3k | SandNSAmbigs.bf | |
(-rw-r--r--) | 10.6k | SelectionLRT.bf | |
(-rw-r--r--) | 449B | selectModelParameters.bf | |
(-rw-r--r--) | 169B | SeqAlignmentCodon.bf | |
(-rw-r--r--) | 7.7k | SeqAlignmentCodonShared.ibf | |
(-rw-r--r--) | 7.0k | SeqAlignmentNucShared.ibf | |
(-rw-r--r--) | 83.0k | SeqAlignShared.ibf | |
(-rw-r--r--) | 5.4k | SequentialAddition.bf | |
(-rw-r--r--) | 14.9k | SequentialAddition.ibf | |
(-rw-r--r--) | 12.9k | SGASimProcessor.bf | |
(-rw-r--r--) | 19.1k | SGEmulator_MF.bf | |
(-rw-r--r--) | 22.9k | SGEmulator.bf | |
(-rw-r--r--) | 18.4k | SGIvL.bf | |
(-rw-r--r--) | 4.5k | SimilarityPlot.bf | |
(-rw-r--r--) | 7.6k | SimmondsAI.bf | |
(-rw-r--r--) | 9.7k | simpleBootstrap.bf | |
(-rw-r--r--) | 28.7k | SingleBreakpointRecomb.bf | |
(-rw-r--r--) | 6.3k | SlidingWindowAnalysis.bf | |
(-rw-r--r--) | 12.4k | SM-2019.bf | |
(-rw-r--r--) | 12.0k | TestBranchDNDS.bf | |
(-rw-r--r--) | 23.2k | TestClade.bf | |
(-rw-r--r--) | 10.1k | TestCladeMeans.bf | |
(-rw-r--r--) | 10.5k | TopologySearch.bf | |
(-rw-r--r--) | 8.9k | TopologySearchConstrained.bf | |
(-rw-r--r--) | 7.8k | TreeCorrelationCoefficients.bf | |
(-rw-r--r--) | 20.2k | TreeTools.ibf | |
(-rw-r--r--) | 1.6k | UpperBound.bf | |
(-rw-r--r--) | 9.1k | WANC.bf | |
(-rw-r--r--) | 14.3k | YangNielsenBranchSite2005.bf |