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}
},
"headers": [
["ES", "Expected synonymous sites"],
["EN", "Expected non-synonymous sites"],
["S", "Inferred synonymous substitutions"],
["N", "Inferred non-synonymous substitutions"],
["P[S]", "Expected proportion of synonymous sites"],
["dS", "Inferred synonymous susbsitution rate"],
["dN", "Inferred non-synonymous susbsitution rate"],
["dN-dS", "Scaled by the length of the tested branches"],
["P [dN/dS > 1]", "Binomial probability that S is no greater than the observed value, with Ps probability of success"],
["P [dN/dS < 1]", "Binomial probability that S is no less than the observed value, with Ps probability of success"],
["Total branch length", "The total length of branches contributing to inference at this site, and used to scale dN-dS"]
]
},
"analysis":{
"authors":"Sergei L Kosakovsky Pond and Simon DW Frost",
"citation":"Not So Different After All: A Comparison of Methods for Detecting Amino Acid Sites Under Selection (2005). _Mol Biol Evol_ 22 (5): 1208-1222",
"contact":"spond@temple.edu",
"info":"SLAC (Single Likelihood Ancestor Counting)\n uses a maximum likelihood ancestral state reconstruction\n and minimum path substitution counting to estimate site - level\n dS and dN,\n and applies a simple binomial - based test to test\n if dS differs drom dN.\n The estimates aggregate information over all branches,\n so the signal is derived from\n pervasive diversification or conservation. A subset of branches can be selected\n for testing as well.\n Multiple partitions within a NEXUS file are also supported\n for recombination - aware analysis.\n ",
"requirements":"in-frame codon alignment and a phylogenetic tree",
"version":"2.00"
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"branch attributes":{
"0":{
"Node1":{
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"Node1016":{
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"Node1383":{
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"Node148":{
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"Node1487":{
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"Node154":{
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"Node1549":{
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"Node185":{
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"Node200":{
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"Node239":{
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"Node247":{
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"Node260":{
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"Node283":{
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"Node327":{
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"Node334":{
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"Node367":{
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"Node380":{
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"Node43":{
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"Node568":{
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"Node596":{
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"Node628":{
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"Node690":{
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"Node694":{
"Global MG94xREV":0.001513990112123677,
"Nucleotide GTR":0.001502923952029314,
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"Node740":{
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"Node749":{
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"Node782":{
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"Node803":{
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"Node853":{
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"Node871":{
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"Node907":{
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"Node926":{
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"Node934":{
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"Node960":{
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"Node986":{
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"epi_isl_418703_England_20200317_null_1":{
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"epi_isl_420566_Abruzzo_20200319_null_1":{
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"epi_isl_420758_England_20200327_null_1":{
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"epi_isl_422602_Netherlands_20200401_null_2":{
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"epi_isl_423718_England_20200323_null_2":{
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"epi_isl_423815_England_20200323_null_1":{
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"epi_isl_424156_England_20200320_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"original name":"epi_isl_424156_England_20200320_null_1",
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"epi_isl_424179_Washington_20200317_null_2":{
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"epi_isl_428451_Guangdong_20200122_null_1":{
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"epi_isl_429532_Unknown_20200325_null_1":{
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"epi_isl_430504_Victoria_20200331_null_1":{
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"epi_isl_430608_Victoria_20200408_null_1":{
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"epi_isl_430626_Victoria_20200411_null_1":{
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"epi_isl_430710_Victoria_20200408_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_430712_Victoria_20200409_null_1":{
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"epi_isl_436424_Delhi_20200405_null_1":{
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"epi_isl_439409_England_20200331_null_1":{
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"epi_isl_440436_England_20200316_null_2":{
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"epi_isl_440816_England_20200403_null_1":{
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"epi_isl_442621_England_20200412_null_1":{
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"epi_isl_442782_England_20200407_null_4":{
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"epi_isl_443629_England_20200417_null_4":{
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"epi_isl_443744_England_20200325_null_1":{
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"epi_isl_443823_England_20200326_null_1":{
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"epi_isl_445778_Wales_20200407_null_4":{
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"epi_isl_445791_Wales_20200328_null_1":{
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"epi_isl_446974_Wales_20200420_null_2":{
"Global MG94xREV":0,
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"original name":"epi_isl_446974_Wales_20200420_null_2",
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"epi_isl_447036_Gujarat_20200503_null_1":{
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"epi_isl_450048_New_York_20200315_null_3":{
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"epi_isl_450088_New_York_20200311_null_1":{
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"epi_isl_451768_Aargau_20200326_null_1":{
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"epi_isl_451846_Basel_Land_20200331_null_1":{
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"epi_isl_454247_Portugal_20200323_null_8":{
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"epi_isl_454281_Portugal_20200421_null_1":{
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"epi_isl_456438_Victoria_20200417_null_1":{
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"epi_isl_456473_Victoria_20200430_null_54":{
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"epi_isl_456475_Victoria_20200501_null_1":{
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"epi_isl_456545_Victoria_20200509_null_1":{
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"epi_isl_456546_Victoria_20200502_null_1":{
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"epi_isl_457704_Muscat_20200224_null_1":{
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"epi_isl_458314_England_20200429_null_1":{
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"epi_isl_458364_England_20200501_null_1":{
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"epi_isl_460452_Massachusetts_20200319_null_8":{
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"epi_isl_460634_Washington_20200406_null_1":{
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"epi_isl_461329_Zuid_Holland_20200428_null_1":{
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"epi_isl_464508_England_20200304_null_2":{
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"epi_isl_464561_England_20200304_null_19":{
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"epi_isl_465252_England_20200418_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"amino-acid": [
["M", "A", "D", "S", "N", "G", "T", "I", "T", "V", "E", "E", "L", "K", "K", "L", "L", "E", "Q", "W", "N", "L", "V", "I", "G", "F", "L", "F", "L", "T", "W", "I", "C", "L", "L", "Q", "F", "A", "Y", "A", "N", "R", "N", "R", "F", "L", "Y", "I", "I", "K", "L", "I", "F", "L", "W", "L", "L", "W", "P", "V", "T", "L", "A", "C", "F", "V", "L", "A", "A", "V", "Y", "R", "I", "N", "W", "I", "T", "G", "G", "I", "A", "I", "A", "M", "A", "C", "L", "V", "G", "L", "M", "W", "L", "S", "Y", "F", "I", "A", "S", "LF", "R", "L", "ILVF", "A", "R", "T", "R", "S", "M", "W", "S", "F", "N", "P", "E", "T", "N", "I", "L", "L", "N", "V", "P", "L", "H", "G", "T", "I", "L", "T", "R", "P", "L", "L", "E", "S", "E", "L", "V", "I", "G", "A", "V", "I", "L", "R", "G", "H", "L", "R", "I", "A", "G", "H", "H", "L", "G", "R", "C", "D", "I", "K", "D", "L", "P", "K", "E", "I", "T", "V", "A", "T", "S", "R", "T", "L", "S", "Y", "Y", "K", "L", "G", "A", "S", "Q", "R", "V", "A", "G", "D", "S", "G", "F", "A", "A", "Y", "S", "R", "-", "Y", "R", "I", "G", "-", "-", "-", "-", "N", "Y", "K", "L", "N", "T", "D", "H", "S", "S", "S", "S", "D", "N", "I", "A", "L", "L", "V", "Q"]
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"original name":"epi_isl_465252_England_20200418_null_1",
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"epi_isl_465258_England_20200418_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
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"epi_isl_465529_England_20200501_null_1":{
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"epi_isl_465540_England_20200430_null_1":{
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"epi_isl_465675_England_20200518_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
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["M", "A", "D", "S", "N", "G", "T", "I", "TI", "V", "E", "E", "L", "K", "K", "L", "L", "E", "Q", "W", "N", "L", "V", "I", "G", "F", "L", "F", "L", "T", "W", "I", "C", "L", "L", "Q", "F", "A", "Y", "A", "N", "R", "N", "R", "F", "L", "Y", "I", "I", "K", "L", "I", "F", "L", "W", "L", "L", "W", "P", "V", "T", "L", "A", "CW", "F", "V", "L", "A", "A", "V", "Y", "R", "I", "N", "W", "I", "T", "G", "G", "I", "A", "I", "A", "M", "A", "C", "L", "V", "G", "L", "M", "W", "L", "S", "Y", "F", "I", "A", "S", "F", "R", "L", "F", "A", "R", "T", "R", "S", "M", "W", "S", "F", "N", "P", "E", "T", "N", "I", "L", "L", "N", "V", "P", "L", "H", "G", "T", "I", "L", "T", "R", "P", "L", "L", "E", "S", "E", "L", "V", "I", "G", "A", "V", "I", "L", "R", "G", "H", "L", "R", "I", "A", "G", "H", "H", "L", "G", "R", "C", "D", "I", "K", "D", "L", "P", "K", "E", "I", "T", "V", "A", "T", "S", "R", "T", "L", "S", "Y", "Y", "K", "L", "G", "A", "S", "Q", "R", "V", "A", "G", "D", "S", "G", "F", "A", "A", "Y", "S", "R", "-", "Y", "R", "I", "G", "-", "-", "-", "-", "N", "Y", "K", "L", "N", "T", "D", "H", "S", "S", "S", "S", "D", "N", "I", "A", "L", "L", "V", "Q"]
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"epi_isl_465712_England_20200430_null_3":{
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"Nucleotide GTR":0.001505723065533165,
"amino-acid": [
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"epi_isl_465917_England_20200330_null_1":{
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"epi_isl_465918_England_20200330_null_1":{
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"epi_isl_466242_England_20200403_null_4":{
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"epi_isl_466283_England_20200408_null_1":{
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"epi_isl_466400_England_20200412_null_1":{
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"epi_isl_467231_Madrid_20200402_null_3":{
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"epi_isl_468436_California_20200506_null_1":{
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"original name":"epi_isl_468436_California_20200506_null_1",
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"epi_isl_468460_California_20200413_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_470183_England_20200420_null_2":{
"Global MG94xREV":0,
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"original name":"epi_isl_470183_England_20200420_null_2",
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"epi_isl_470184_England_20200421_null_75":{
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"epi_isl_470689_Utah_20200413_null_3":{
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"epi_isl_471512_England_20200604_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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["M", "A", "D", "S", "N", "G", "T", "I", "T", "V", "E", "E", "L", "K", "K", "L", "L", "E", "Q", "W", "N", "L", "V", "I", "G", "F", "L", "F", "L", "T", "W", "I", "C", "L", "L", "Q", "F", "A", "Y", "A", "N", "R", "N", "R", "F", "L", "Y", "I", "I", "K", "L", "I", "F", "L", "W", "L", "L", "W", "P", "V", "T", "L", "A", "C", "F", "V", "L", "A", "A", "V", "Y", "R", "I", "N", "W", "I", "T", "G", "G", "I", "A", "I", "A", "M", "A", "C", "L", "V", "G", "L", "M", "W", "L", "S", "Y", "F", "I", "A", "S", "F", "R", "L", "F", "A", "R", "T", "R", "S", "M", "W", "S", "F", "N", "P", "E", "T", "N", "I", "L", "L", "N", "V", "P", "L", "H", "G", "T", "I", "L", "T", "R", "P", "L", "L", "E", "S", "E", "L", "V", "I", "G", "A", "V", "I", "L", "R", "G", "H", "L", "R", "I", "A", "G", "H", "H", "L", "G", "R", "C", "D", "IM", "K", "D", "L", "P", "K", "E", "I", "T", "V", "A", "T", "S", "R", "T", "L", "S", "Y", "Y", "K", "L", "G", "A", "S", "Q", "R", "V", "A", "G", "D", "S", "G", "F", "A", "A", "Y", "S", "R", "-", "Y", "R", "I", "G", "-", "-", "-", "-", "N", "Y", "K", "L", "N", "T", "D", "H", "S", "S", "S", "S", "D", "N", "I", "A", "L", "L", "V", "Q"]
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"original name":"epi_isl_471512_England_20200604_null_1",
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"epi_isl_471620_Telangana_20200526_null_1":{
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"Nucleotide GTR":0.001503430351205932,
"amino-acid": [
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"epi_isl_472078_England_20200608_null_6":{
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"epi_isl_472708_Wales_20200506_null_2":{
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"epi_isl_473106_Wales_20200601_null_1":{
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"epi_isl_473159_Wales_20200528_null_2":{
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"epi_isl_474349_Wales_20200415_null_2":{
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"original name":"epi_isl_474349_Wales_20200415_null_2",
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"epi_isl_474352_Wales_20200415_null_20":{
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"epi_isl_476113_Luzern_20200430_null_1":{
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"epi_isl_476966_Heusden_Zolder_20200411_null_4":{
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"epi_isl_476972_Naast_20200411_null_6":{
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"epi_isl_477138_Bangladesh_20200617_null_1":{
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"epi_isl_477933_Scotland_20200414_null_9":{
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"epi_isl_477975_Scotland_20200415_null_1":{
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"epi_isl_478621_England_20200329_null_1":{
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"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_478727_England_20200419_null_1":{
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"epi_isl_478827_England_20200417_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_479375_Wales_20200602_null_1":{
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"epi_isl_479479_Wales_20200523_null_87":{
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"epi_isl_479492_Singapore_20200426_null_3":{
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"epi_isl_480600_Victoria_20200101_null_1":{
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"epi_isl_480612_Victoria_20200326_null_1":{
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"epi_isl_480647_Victoria_20200531_null_1":{
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"epi_isl_480668_Victoria_20200606_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0015140776262344,
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"epi_isl_480693_Northern_Territory_20200101_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"original name":"epi_isl_480693_Northern_Territory_20200101_null_1",
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"epi_isl_480705_Victoria_20200615_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_480958_Basque_Country_20200317_null_1":{
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"original name":"epi_isl_480958_Basque_Country_20200317_null_1",
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"epi_isl_481017_Catalunya_20200408_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_482193_England_20200421_null_4":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_482214_England_20200421_null_18":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_482572_Delhi_20200520_null_1":{
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"epi_isl_482583_Zhejiang_20200322_null_1":{
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"epi_isl_483150_Berlin_20200428_null_1":{
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"epi_isl_483156_Berlin_20200427_null_3":{
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"epi_isl_483618_Singapore_20200626_null_3":{
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"epi_isl_483667_Aargau_20200602_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_483913_England_20200622_null_43":{
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"epi_isl_484211_England_20200331_null_2":{
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"epi_isl_484419_England_20200412_null_209":{
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"epi_isl_484723_Michigan_20200331_null_40":{
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"original name":"epi_isl_484723_Michigan_20200331_null_40",
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"epi_isl_484769_Michigan_20200406_null_1":{
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"epi_isl_485102_Louisiana_20200427_null_2":{
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"epi_isl_485162_Louisiana_20200416_null_2":{
"Global MG94xREV":0.0006023601889683357,
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"epi_isl_485209_Louisiana_20200414_null_9":{
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"epi_isl_485222_Louisiana_20200423_null_24":{
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"epi_isl_485241_Louisiana_20200421_null_9":{
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"epi_isl_485822_Virginia_20200529_null_36":{
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"epi_isl_485845_Virginia_20200311_null_334":{
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"epi_isl_486105_WA_20200313_null_79":{
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"epi_isl_486142_California_20200424_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001513438036950923,
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"original name":"epi_isl_486142_California_20200424_null_2",
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"epi_isl_486150_California_20200428_null_4":{
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"epi_isl_486281_California_20200512_null_5":{
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"epi_isl_486290_California_20200411_null_51":{
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"epi_isl_486468_Aargau_20200401_null_1":{
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"epi_isl_486500_Valais_20200401_null_4":{
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"epi_isl_486532_Zurich_20200624_null_7":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_486662_Lombardy_20200302_null_445":{
"Global MG94xREV":0,
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