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"headers": [
["ES", "Expected synonymous sites"],
["EN", "Expected non-synonymous sites"],
["S", "Inferred synonymous substitutions"],
["N", "Inferred non-synonymous substitutions"],
["P[S]", "Expected proportion of synonymous sites"],
["dS", "Inferred synonymous susbsitution rate"],
["dN", "Inferred non-synonymous susbsitution rate"],
["dN-dS", "Scaled by the length of the tested branches"],
["P [dN/dS > 1]", "Binomial probability that S is no greater than the observed value, with Ps probability of success"],
["P [dN/dS < 1]", "Binomial probability that S is no less than the observed value, with Ps probability of success"],
["Total branch length", "The total length of branches contributing to inference at this site, and used to scale dN-dS"]
]
},
"analysis":{
"authors":"Sergei L Kosakovsky Pond and Simon DW Frost",
"citation":"Not So Different After All: A Comparison of Methods for Detecting Amino Acid Sites Under Selection (2005). _Mol Biol Evol_ 22 (5): 1208-1222",
"contact":"spond@temple.edu",
"info":"SLAC (Single Likelihood Ancestor Counting)\n uses a maximum likelihood ancestral state reconstruction\n and minimum path substitution counting to estimate site - level\n dS and dN,\n and applies a simple binomial - based test to test\n if dS differs drom dN.\n The estimates aggregate information over all branches,\n so the signal is derived from\n pervasive diversification or conservation. A subset of branches can be selected\n for testing as well.\n Multiple partitions within a NEXUS file are also supported\n for recombination - aware analysis.\n ",
"requirements":"in-frame codon alignment and a phylogenetic tree",
"version":"2.00"
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"branch attributes":{
"0":{
"Node1015":{
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"Node1047":{
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"Node1059":{
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"Node189":{
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"Node226":{
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"Node228":{
"Global MG94xREV":7.956969629993249e-05,
"Nucleotide GTR":7.862428964847773e-05,
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"Node230":{
"Global MG94xREV":1.331897421044587e-05,
"Nucleotide GTR":1.316072493472102e-05,
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"Node232":{
"Global MG94xREV":7.416034753606134e-05,
"Nucleotide GTR":7.327921201468756e-05,
"amino-acid": [
["S", "A", "V", "K", "R", "T", "I", "K", "G", "T", "H", "H", "W", "L", "L", "L", "T", "I", "L", "T", "S", "L", "L", "V", "L", "V", "Q", "S", "T", "Q", "W", "S", "L", "F", "F", "F", "F", "L", "-", "Y", "E", "N", "A", "F", "L", "P", "F", "A", "M", "G", "I", "I", "A", "M", "S", "A", "F", "A", "M", "M", "F", "V", "K", "H", "K", "H", "A", "F", "L", "C", "L", "F", "L", "L", "P", "S", "L", "A", "T", "V", "A", "Y", "F", "N", "M", "V", "Y", "M", "P", "A", "S", "W", "V", "M", "R", "I", "M", "T", "W", "L", "D", "M", "V", "D", "T", "S", "L", "S", "G", "F", "K", "L", "K", "D", "C", "V", "M", "Y", "A", "S", "A", "V", "V", "L", "L", "I", "L", "M", "T", "A", "R", "T", "V", "Y", "D", "D", "G", "A", "R", "R", "V", "W", "T", "L", "M", "N", "V", "L", "T", "L", "V", "Y", "K", "V", "Y", "Y", "G", "N", "A", "L", "D", "Q", "A", "I", "S", "M", "W", "A", "L", "I", "I", "S", "V", "T", "S", "N", "Y", "S", "G", "V", "V", "T", "T", "V", "M", "F", "L", "A", "R", "G", "I", "V", "F", "M", "C", "V", "E", "Y", "C", "P", "I", "F", "F", "I", "T", "G", "N", "T", "L", "Q", "C", "I", "M", "L", "V", "Y", "C", "F", "L", "G", "Y", "F", "C", "T", "C", "Y", "F", "G", "L", "F", "C", "L", "L", "N", "R", "Y", "F", "R", "L", "T", "L", "G", "V", "Y", "D", "Y", "L", "V", "S", "T", "Q", "E", "F", "R", "Y", "M", "N", "S", "Q", "G", "L", "L", "P", "P", "K", "N", "S", "I", "D", "A", "F", "K", "L", "N", "I", "K", "L", "L", "G", "V", "G", "G", "K", "P", "C", "I", "K", "V", "A", "T", "V", "Q"]
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"Node234":{
"Global MG94xREV":7.480534621480391e-05,
"Nucleotide GTR":7.391654714726347e-05,
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["S", "A", "V", "K", "R", "T", "I", "K", "G", "T", "H", "H", "W", "L", "L", "L", "T", "I", "L", "T", "S", "L", "L", "V", "L", "V", "Q", "S", "T", "Q", "W", "S", "L", "F", "F", "F", "F", "L", "-", "Y", "E", "N", "A", "F", "L", "P", "F", "A", "M", "G", "I", "I", "A", "M", "S", "A", "F", "A", "M", "M", "F", "V", "K", "H", "K", "H", "A", "F", "L", "C", "L", "F", "L", "L", "P", "S", "L", "A", "T", "V", "A", "Y", "F", "N", "M", "V", "Y", "M", "P", "A", "S", "W", "V", "M", "R", "I", "M", "T", "W", "L", "D", "M", "V", "D", "T", "S", "L", "S", "G", "F", "K", "L", "K", "D", "C", "V", "M", "Y", "A", "S", "A", "V", "V", "L", "L", "I", "L", "M", "T", "A", "R", "T", "V", "Y", "D", "D", "G", "A", "R", "R", "V", "W", "T", "L", "M", "N", "V", "L", "T", "L", "V", "Y", "K", "V", "Y", "Y", "G", "N", "A", "L", "D", "Q", "A", "I", "S", "M", "W", "A", "L", "I", "I", "S", "V", "T", "S", "N", "Y", "S", "G", "V", "V", "T", "T", "V", "M", "F", "L", "A", "R", "G", "I", "V", "F", "M", "C", "V", "E", "Y", "C", "P", "I", "F", "F", "I", "T", "G", "N", "T", "L", "Q", "C", "I", "M", "L", "V", "Y", "C", "F", "L", "G", "Y", "F", "C", "T", "C", "Y", "F", "G", "L", "F", "C", "L", "L", "N", "R", "Y", "F", "R", "L", "T", "L", "G", "V", "Y", "D", "Y", "L", "V", "S", "T", "Q", "E", "F", "R", "Y", "M", "N", "S", "Q", "G", "L", "L", "P", "P", "K", "N", "S", "I", "D", "A", "F", "K", "L", "N", "I", "K", "L", "L", "G", "V", "G", "G", "K", "P", "C", "I", "K", "V", "A", "T", "V", "Q"]
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"Node236":{
"Global MG94xREV":7.482747107345074e-05,
"Nucleotide GTR":7.393840912959554e-05,
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"Node238":{
"Global MG94xREV":7.559398288428113e-05,
"Nucleotide GTR":7.469581363704193e-05,
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"Node274":{
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"Node310":{
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"Nucleotide GTR":0.001151245652196572,
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"Node328":{
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"Node341":{
"Global MG94xREV":0.001163534634155827,
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"Node347":{
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"Node353":{
"Global MG94xREV":0.001165160662843034,
"Nucleotide GTR":0.001151316816606482,
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"Node359":{
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"Node365":{
"Global MG94xREV":0.00116349446998795,
"Nucleotide GTR":0.001149670420607251,
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"Node371":{
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"Node377":{
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"Node385":{
"Global MG94xREV":0.001163539785192773,
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"Node393":{
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"Node399":{
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"Node407":{
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"Node413":{
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"Node423":{
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"Node429":{
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"Node438":{
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"Node446":{
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"Node455":{
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"Nucleotide GTR":0.001150195340934941,
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"Node463":{
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"Nucleotide GTR":0.001149482141092426,
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"Node469":{
"Global MG94xREV":0.001164237440550078,
"Nucleotide GTR":0.001150404563571136,
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"Node476":{
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"Nucleotide GTR":0.001150229487209598,
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"Node482":{
"Global MG94xREV":0.001164760559118097,
"Nucleotide GTR":0.00115092146671046,
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"Node493":{
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"Nucleotide GTR":0.001149557016812948,
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"Node503":{
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"Node509":{
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"Node518":{
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"Nucleotide GTR":0.001150147769516702,
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"Node530":{
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"Node540":{
"Global MG94xREV":0.001163735538675511,
"Nucleotide GTR":0.001149908625039307,
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"Node551":{
"Global MG94xREV":0.001163058905402021,
"Nucleotide GTR":0.001149240031178146,
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"Node560":{
"Global MG94xREV":0.001164218639221339,
"Nucleotide GTR":0.00115038598563022,
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"Node570":{
"Global MG94xREV":0.001163826900958649,
"Nucleotide GTR":0.001149998901802276,
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"Node581":{
"Global MG94xREV":0.001163819243672285,
"Nucleotide GTR":0.001149991335495894,
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"Node591":{
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"Nucleotide GTR":0.001150102423929085,
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"Node597":{
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"Node607":{
"Global MG94xREV":0.001163348208492959,
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"Node615":{
"Global MG94xREV":0.001164765339744217,
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"Node629":{
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"Node635":{
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"Node645":{
"Global MG94xREV":0.001457394031192102,
"Nucleotide GTR":0.001440078016742508,
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"Node657":{
"Global MG94xREV":0.001163337040597135,
"Nucleotide GTR":0.001149514861712368,
"amino-acid": [
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"codon": [
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"Node729":{
"Global MG94xREV":0.001162996805141135,
"Nucleotide GTR":0.001149178668760965,
"amino-acid": [
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"codon": [
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"Node739":{
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"Node813":{
"Global MG94xREV":0.001163866856479185,
"Nucleotide GTR":0.001150038382591644,
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"Node937":{
"Global MG94xREV":0.001163367654470558,
"Nucleotide GTR":0.001149545111847321,
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"epi_isl_412981_Hubei_20200118_null_1":{
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"epi_isl_415644_Tbilisi_20200228_null_1":{
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"epi_isl_417797_Reykjavik_20200313_null_1":{
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"epi_isl_421256_Jiangxi_20200127_null_1":{
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"epi_isl_421929_England_20200329_null_1":{
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"epi_isl_422072_Wales_20200328_null_2":{
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"epi_isl_423110_England_20200324_null_1":{
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"epi_isl_423187_England_20200329_null_1":{
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"epi_isl_424174_Connecticut_20200313_null_1":{
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"epi_isl_424904_South_Carolina_20200307_null_1":{
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"epi_isl_425950_Scotland_20200326_null_1":{
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"epi_isl_426628_Louisiana_20200406_null_1":{
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"epi_isl_426882_Victoria_20200324_null_3":{
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"epi_isl_428255_Wisconsin_20200315_null_2":{
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"epi_isl_429146_Varmland_20200308_null_24":{
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"epi_isl_432098_Wales_20200326_null_3":{
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"epi_isl_432404_Wales_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001163603560847724,
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"epi_isl_433005_England_20200402_null_1":{
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"epi_isl_433575_Scotland_20200401_null_1":{
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"epi_isl_435645_California_20200313_null_1":{
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"epi_isl_437381_Minnesota_20200414_null_1":{
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"epi_isl_438935_Scotland_20200417_null_1":{
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"epi_isl_439236_Scotland_20200424_null_1":{
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"epi_isl_439428_England_20200331_null_3":{
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"epi_isl_439605_England_20200328_null_2":{
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"epi_isl_439926_England_20200324_null_4":{
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"epi_isl_440194_England_20200318_null_1":{
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"epi_isl_440617_England_20200401_null_1":{
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"epi_isl_440751_England_20200403_null_1":{
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"epi_isl_440918_England_20200419_null_1":{
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"epi_isl_440980_England_20200331_null_1":{
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"epi_isl_441093_England_20200401_null_2":{
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"epi_isl_441717_Northern_Ireland_20200331_null_1":{
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"epi_isl_442367_England_20200417_null_1":{
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"epi_isl_442599_England_20200407_null_1":{
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"epi_isl_442943_England_20200408_null_1":{
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"epi_isl_443052_England_20200412_null_1":{
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"epi_isl_443186_Washington_20200331_null_1":{
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"epi_isl_443517_England_20200416_null_1":{
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"epi_isl_443658_England_20200417_null_2":{
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"epi_isl_444415_England_20200420_null_5":{
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"epi_isl_444935_Unknown_20200328_null_1":{
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"epi_isl_445775_Wales_20200409_null_1":{
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"epi_isl_446464_Wales_20200412_null_1":{
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"epi_isl_447213_Michigan_20200324_null_1":{
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"epi_isl_447254_Taipei_20200316_null_1":{
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"epi_isl_447591_Taipei_20200320_null_1":{
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"epi_isl_448160_Scotland_20200411_null_2":{
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"epi_isl_448409_England_20200429_null_6":{
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"epi_isl_449465_England_20200402_null_3":{
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"epi_isl_449717_England_20200415_null_2":{
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"epi_isl_451275_Louisiana_20200507_null_5":{
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"epi_isl_451968_Moscow_20200318_null_1":{
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"epi_isl_452829_Virginia_20200420_null_1":{
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"epi_isl_453056_Scotland_20200414_null_1":{
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"epi_isl_454556_Maharashtra_20200412_null_1":{
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"epi_isl_455272_Netherlands_20200414_null_2":{
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"epi_isl_455424_Osun_State_20200329_null_6":{
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"epi_isl_455670_West_Bengal_20200503_null_2":{
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"epi_isl_457247_England_20200513_null_1":{
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"epi_isl_458111_Gujarat_20200517_null_1":{
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"epi_isl_458825_England_20200331_null_1":{
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"epi_isl_459069_England_20200410_null_1":{
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"epi_isl_459207_England_20200507_null_10":{
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"epi_isl_460022_Michigan_20200401_null_2":{
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"epi_isl_461012_Limburg_20200425_null_1":{
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"epi_isl_461048_Limburg_20200419_null_1":{
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"epi_isl_461579_England_20200526_null_9":{
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"epi_isl_462343_Singapore_20200420_null_1":{
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"epi_isl_462936_Wyoming_20200325_null_1":{
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"epi_isl_463285_Louisiana_20200404_null_3":{
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"epi_isl_463355_Washington_20200422_null_6":{
"Global MG94xREV":0.001163858792026847,
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"epi_isl_463913_Quebec_20200411_null_2":{
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"epi_isl_464093_Taoyuan_20200402_null_1":{
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"epi_isl_464846_England_20200311_null_1":{
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"epi_isl_464970_England_20200312_null_1":{
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"epi_isl_465196_England_20200416_null_4":{
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"epi_isl_465469_England_20200428_null_1":{
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"epi_isl_466039_England_20200401_null_6":{
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"epi_isl_466295_England_20200408_null_2":{
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"epi_isl_466449_England_20200414_null_1":{
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"epi_isl_466897_Bavaria_20200424_null_2":{
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"epi_isl_467543_New_Mexico_20200401_null_1":{
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"epi_isl_467629_New_Mexico_20200401_null_1":{
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"epi_isl_467695_England_20200520_null_1":{
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"epi_isl_468091_Oregon_20200422_null_1":{
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"epi_isl_468122_Oregon_20200506_null_1":{
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"epi_isl_468403_California_20200324_null_8":{
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"epi_isl_469041_Gujarat_20200608_null_1":{
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"epi_isl_469188_Connecticut_20200401_null_1":{
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"epi_isl_469336_England_20200515_null_5":{
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"epi_isl_470026_Northern_Ireland_20200407_null_2":{
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"epi_isl_470289_England_20200418_null_2":{
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"epi_isl_470392_England_20200409_null_1":{
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"epi_isl_471587_Telangana_20200418_null_8":{
"Global MG94xREV":0.001164386291120206,
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"epi_isl_471891_Michigan_20200421_null_4":{
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"epi_isl_472313_England_20200505_null_3":{
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"epi_isl_473234_Wales_20200521_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001164565858797414,
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"epi_isl_473433_England_20200526_null_1":{
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"epi_isl_473490_England_20200604_null_1":{
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"epi_isl_473820_Scotland_20200411_null_1":{
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"epi_isl_474023_Wales_20200423_null_1":{
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"epi_isl_474341_Wales_20200413_null_2":{
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"epi_isl_474658_Wales_20200429_null_2":{
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"epi_isl_474781_Wales_20200502_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001163553659218242,
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["AGT", "GCA", "GTG", "AAA", "AGA", "ACA", "ATC", "AAG", "GGT", "ACA", "CAC", "CAC", "TGG", "TTG", "TTA", "CTC", "ACA", "ATT", "TTG", "ACT", "TCA", "CTT", "TTA", "GTT", "TTA", "GTC", "CAG", "AGT", "ACT", "CAA", "TGG", "TCT", "TTG", "TTC", "TTT", "TTT", "TTG", "---", "---", "TAT", "GAA", "AAT", "GCC", "TTT", "TTA", "CCT", "TTT", "GCT", "ATG", "GGT", "ATT", "ATT", "GCT", "ATG", "TCT", "GCT", "TTT", "GCA", "ATG", "ATG", "TTT", "GTC", "AAA", "CAT", "AAG", "CAT", "GCA", "TTT", "CTC", "TGT", "TTG", "TTT", "TTG", "TTA", "CCT", "TCT", "CTT", "GCC", "ACT", "GTA", "GCT", "TAT", "TTT", "AAT", "ATG", "GTC", "TAT", "ATG", "CCT", "GCT", "AGT", "TGG", "GTG", "ATG", "CGT", "ATT", "ATG", "ACA", "TGG", "TTG", "GAT", "ATG", "GTT", "GAT", "ACT", "AGT", "TTG", "TCT", "GGT", "TTT", "AAG", "CTA", "AAA", "GAC", "TGT", "GTT", "ATG", "TAT", "GCA", "TCA", "GCT", "GTA", "GTG", "TTA", "CTA", "ATC", "CTT", "ATG", "ACA", "GCA", "AGA", "ACT", "GTG", "TAT", "GAT", "GAT", "GGT", "GCT", "AGG", "AGA", "GTG", "TGG", "ACA", "CTT", "ATG", "AAT", "GTC", "TTG", "ACA", "CTC", "GTT", "TAT", "AAA", "GTT", "TAT", "TAT", "GGT", "AAT", "GCT", "TTA", "GAT", "CAA", "GCC", "ATT", "TCC", "ATG", "TGG", "GCT", "CTT", "ATA", "ATC", "TCT", "GTT", "ACT", "TCT", "AAC", "TAC", "TCA", "GGT", "GTA", "GTT", "ACA", "ACT", "GTC", "ATG", "TTT", "TTG", "GCC", "AGA", "GGT", "ATT", "GTT", "TTT", "ATG", "TGT", "GTT", "GAG", "TAT", "TGC", "CCT", "ATT", "TTC", "TTC", "ATA", "ACT", "GGT", "AAT", "ACA", "CTT", "CAG", "TGT", "ATA", "ATG", "CTA", "GTT", "TAT", "TGT", "TTC", "TTA", "GGC", "TAT", "TTT", "TGT", "ACT", "TGT", "TAC", "TTT", "GGC", "CTC", "TTT", "TGT", "TTA", "CTC", "AAC", "CGC", "TAC", "TTT", "AGA", "CTG", "ACT", "CTT", "GGT", "GTT", "TAT", "GAT", "TAC", "TTA", "GTT", "TCT", "ACA", "CAG", "GAG", "TTT", "AGA", "TAT", "ATG", "AAT", "TCA", "CAG", "GGA", "CTA", "CTC", "CCA", "CCC", "AAG", "AAT", "AGC", "ATA", "GAT", "GCC", "TTC", "AAA", "CTC", "AAC", "ATT", "AAA", "TTG", "TTG", "AGT", "GTT", "GGT", "GGC", "AAA", "CCT", "TGT", "ATC", "AAA", "GTA", "GCC", "ACC", "GTA", "CAG"]
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"epi_isl_474846_Andalusia_20200401_null_2":{
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"epi_isl_475003_Elkana_20200315_null_2":{
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"epi_isl_475118_Uppsala_20200401_null_1":{
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"epi_isl_475507_England_20200523_null_1":{
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"epi_isl_475607_California_20200328_null_3":{
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"epi_isl_475656_California_20200331_null_1":{
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"epi_isl_475684_California_20200327_null_2":{
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"epi_isl_475704_California_20200326_null_2":{
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"epi_isl_475937_Singapore_20200519_null_1":{
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"epi_isl_476019_Missouri_20200619_null_2":{
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"epi_isl_476023_MP_20200331_null_1":{
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"epi_isl_476179_Minas_Gerais_20200316_null_63":{
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"epi_isl_477169_Tbilisi_20200501_null_1":{
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"epi_isl_477762_England_20200613_null_1":{
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"epi_isl_478103_Scotland_20200526_null_1":{
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"epi_isl_478122_Scotland_20200531_null_11":{
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"epi_isl_478452_England_20200403_null_4":{
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"epi_isl_478475_England_20200323_null_4":{
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"epi_isl_478594_England_20200327_null_1":{
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"epi_isl_478672_Egypt_20200602_null_2":{
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"epi_isl_478724_England_20200406_null_38":{
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"epi_isl_478799_England_20200416_null_5":{
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"epi_isl_478906_England_20200421_null_10":{
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"epi_isl_479122_England_20200423_null_1":{
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"epi_isl_479180_England_20200326_null_1":{
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"epi_isl_479268_England_20200424_null_7":{
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"epi_isl_479863_Kansai_20200217_null_9":{
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"epi_isl_480277_Istanbul_20200504_null_1":{
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"epi_isl_480704_Victoria_20200615_null_2":{
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"epi_isl_480935_Florida_20200514_null_3":{
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"epi_isl_481090_Madrid_20200412_null_1":{
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"epi_isl_481262_Bavaria_20200327_null_13":{
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"epi_isl_481550_Uusimaa_20200513_null_1":{
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"epi_isl_481887_England_20200418_null_2":{
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"epi_isl_481970_England_20200605_null_1":{
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"epi_isl_482200_England_20200424_null_20":{
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"epi_isl_482361_Oregon_20200420_null_2":{
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"epi_isl_482384_Oregon_20200427_null_1":{
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"epi_isl_482696_Singapore_20200518_null_4":{
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"epi_isl_482995_Minnesota_20200311_null_2":{
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"epi_isl_483022_Utah_20200511_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001163607638866349,
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"epi_isl_483188_California_20200401_null_16":{
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"epi_isl_483444_California_20200402_null_5":{
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"epi_isl_483508_California_20200623_null_2":{
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"epi_isl_483525_California_20200617_null_3":{
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"epi_isl_483542_Bahrein_20200311_null_4":{
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"epi_isl_483624_Rajshahi_20200612_null_52":{
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"epi_isl_483647_Sylhet_20200614_null_8":{
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"epi_isl_483705_Sylhet_20200624_null_2":{
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"epi_isl_484030_England_20200325_null_3":{
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"epi_isl_484179_England_20200331_null_109":{
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"epi_isl_484203_England_20200331_null_2":{
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"epi_isl_484322_England_20200513_null_95":{
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"epi_isl_484426_England_20200412_null_13":{
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"epi_isl_484499_England_20200602_null_2":{
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"epi_isl_484513_England_20200608_null_2":{
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"epi_isl_484854_Wisconsin_20200610_null_16":{
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"epi_isl_484964_Wisconsin_20200619_null_49":{
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"epi_isl_484987_Wisconsin_20200622_null_2":{
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"epi_isl_485114_Louisiana_20200420_null_5":{
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"epi_isl_485222_Louisiana_20200423_null_3":{
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"epi_isl_485325_Louisiana_20200410_null_13":{
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"epi_isl_485398_South_Korea_20200226_null_5901":{
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