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"headers": [
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["P [dN/dS > 1]", "Binomial probability that S is no greater than the observed value, with Ps probability of success"],
["P [dN/dS < 1]", "Binomial probability that S is no less than the observed value, with Ps probability of success"],
["Total branch length", "The total length of branches contributing to inference at this site, and used to scale dN-dS"]
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"analysis":{
"authors":"Sergei L Kosakovsky Pond and Simon DW Frost",
"citation":"Not So Different After All: A Comparison of Methods for Detecting Amino Acid Sites Under Selection (2005). _Mol Biol Evol_ 22 (5): 1208-1222",
"contact":"spond@temple.edu",
"info":"SLAC (Single Likelihood Ancestor Counting)\n uses a maximum likelihood ancestral state reconstruction\n and minimum path substitution counting to estimate site - level\n dS and dN,\n and applies a simple binomial - based test to test\n if dS differs drom dN.\n The estimates aggregate information over all branches,\n so the signal is derived from\n pervasive diversification or conservation. A subset of branches can be selected\n for testing as well.\n Multiple partitions within a NEXUS file are also supported\n for recombination - aware analysis.\n ",
"requirements":"in-frame codon alignment and a phylogenetic tree",
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"Node151":{
"Global MG94xREV":0.001165137227293983,
"Nucleotide GTR":0.001150652251102288,
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"Node176":{
"Global MG94xREV":0.001162076083193872,
"Nucleotide GTR":0.001147629163119836,
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"Node183":{
"Global MG94xREV":0.001164305744462238,
"Nucleotide GTR":0.001149831105258101,
"amino-acid": [
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"Node218":{
"Global MG94xREV":0.000732463310395878,
"Nucleotide GTR":0.0007233573326931358,
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"Node220":{
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"Nucleotide GTR":4.866300933793986e-07,
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"Node229":{
"Global MG94xREV":4.598942326105643e-05,
"Nucleotide GTR":4.541768313860469e-05,
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"Node231":{
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"Node233":{
"Global MG94xREV":4.636923876944585e-05,
"Nucleotide GTR":4.579277678379433e-05,
"amino-acid": [
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"Node235":{
"Global MG94xREV":4.428894849077693e-05,
"Nucleotide GTR":4.373834865634025e-05,
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"Node237":{
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"Node297":{
"Global MG94xREV":0.001165044327702305,
"Nucleotide GTR":0.001150560506437553,
"amino-acid": [
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"Node315":{
"Global MG94xREV":0.001164479293699294,
"Nucleotide GTR":0.001150002496932506,
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"Node331":{
"Global MG94xREV":0.001167051587232476,
"Nucleotide GTR":0.001152542811734157,
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"Node337":{
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"Node343":{
"Global MG94xREV":0.001163656323397814,
"Nucleotide GTR":0.001149189757790878,
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"Node349":{
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"Nucleotide GTR":0.00114994422453305,
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"Node355":{
"Global MG94xREV":0.00116387685568571,
"Nucleotide GTR":0.001149407548423231,
"amino-acid": [
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"Node361":{
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"Nucleotide GTR":0.00115058733937006,
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"Node369":{
"Global MG94xREV":0.001164596825567374,
"Nucleotide GTR":0.001150118567645391,
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"Node375":{
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"Nucleotide GTR":0.001150209724793603,
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"Node383":{
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"Nucleotide GTR":0.001149449896889965,
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"Node391":{
"Global MG94xREV":0.001164596691100084,
"Nucleotide GTR":0.001150118434849796,
"amino-acid": [
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"Node397":{
"Global MG94xREV":0.001163982472473056,
"Nucleotide GTR":0.001149511852183565,
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"Node4":{
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"Node400":{
"Global MG94xREV":0.001163832806403361,
"Nucleotide GTR":0.001149364046761188,
"amino-acid": [
["S", "A", "V", "K", "R", "T", "I", "K", "G", "T", "H", "H", "W", "L", "L", "L", "T", "I", "L", "T", "S", "L", "L", "V", "L", "V", "Q", "S", "T", "Q", "W", "S", "L", "F", "F", "F", "L", "-", "-", "Y", "E", "N", "A", "F", "L", "P", "F", "A", "M", "G", "I", "I", "A", "M", "S", "A", "F", "A", "T", "M", "F", "V", "K", "H", "K", "H", "A", "F", "L", "C", "L", "F", "L", "L", "P", "S", "L", "A", "T", "V", "A", "Y", "F", "N", "M", "V", "Y", "M", "P", "A", "S", "W", "V", "M", "R", "I", "M", "T", "W", "L", "D", "M", "V", "D", "T", "S", "L", "S", "G", "F", "K", "L", "K", "D", "C", "V", "M", "Y", "A", "S", "A", "V", "V", "L", "L", "I", "L", "M", "T", "A", "R", "T", "V", "Y", "D", "D", "G", "A", "R", "R", "V", "W", "T", "L", "M", "N", "V", "L", "T", "L", "V", "Y", "K", "V", "Y", "Y", "G", "N", "A", "L", "D", "Q", "A", "I", "S", "M", "W", "A", "L", "I", "I", "S", "V", "T", "S", "N", "Y", "S", "G", "V", "V", "T", "T", "V", "M", "F", "L", "A", "R", "G", "I", "V", "F", "M", "C", "V", "E", "Y", "C", "P", "I", "F", "F", "I", "T", "G", "N", "T", "L", "Q", "C", "I", "M", "L", "V", "Y", "C", "F", "L", "G", "Y", "F", "C", "T", "C", "Y", "F", "G", "L", "F", "C", "L", "L", "N", "R", "Y", "F", "R", "L", "T", "L", "G", "V", "Y", "D", "Y", "L", "V", "S", "T", "Q", "E", "F", "R", "Y", "M", "N", "S", "Q", "G", "L", "L", "P", "P", "K", "N", "S", "I", "D", "A", "F", "K", "L", "N", "I", "K", "L", "L", "G", "V", "G", "G", "K", "P", "C", "I", "K", "V", "A", "T", "V", "Q"]
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"Node410":{
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"Nucleotide GTR":0.00114932905931526,
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"Node419":{
"Global MG94xREV":0.001169168466808887,
"Nucleotide GTR":0.001154633374281514,
"amino-acid": [
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"Node427":{
"Global MG94xREV":0.001165135624995898,
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"Node433":{
"Global MG94xREV":0.00116478193542445,
"Nucleotide GTR":0.001150301376218283,
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"Node439":{
"Global MG94xREV":0.001165879330741078,
"Nucleotide GTR":0.001151385128725584,
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"Node450":{
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"Nucleotide GTR":0.001150129516312975,
"amino-acid": [
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"Node460":{
"Global MG94xREV":0.001164858215851712,
"Nucleotide GTR":0.001150376708327917,
"amino-acid": [
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"Node466":{
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"Nucleotide GTR":0.00115024463512021,
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"Node481":{
"Global MG94xREV":0.001164047359770704,
"Nucleotide GTR":0.001149575932802874,
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"Node491":{
"Global MG94xREV":0.001165209446776109,
"Nucleotide GTR":0.001150723572752422,
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"Node500":{
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"Nucleotide GTR":0.001149822585296311,
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"Node510":{
"Global MG94xREV":0.001165183834281381,
"Nucleotide GTR":0.001150698278672013,
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"Node520":{
"Global MG94xREV":0.001164744937337164,
"Nucleotide GTR":0.001150264838090908,
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"Node531":{
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"Nucleotide GTR":0.001149244729578321,
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"Node540":{
"Global MG94xREV":0.001165205557013755,
"Nucleotide GTR":0.001150719731347561,
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"Node551":{
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"Nucleotide GTR":0.00115036665282266,
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"Node561":{
"Global MG94xREV":0.001165084129953902,
"Nucleotide GTR":0.001150599813867894,
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"Node567":{
"Global MG94xREV":0.001164772752382323,
"Nucleotide GTR":0.001150292307339659,
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"Node577":{
"Global MG94xREV":0.001163775640789195,
"Nucleotide GTR":0.001149307591829455,
"amino-acid": [
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"Node585":{
"Global MG94xREV":0.001165395040519413,
"Nucleotide GTR":0.001150906859195872,
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"Node599":{
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"Node605":{
"Global MG94xREV":0.001163859982269226,
"Nucleotide GTR":0.001149390884776918,
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"Node612":{
"Global MG94xREV":0.001163945405487977,
"Nucleotide GTR":0.001149475246014933,
"amino-acid": [
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["AGT", "GCA", "GTG", "GAA", "AGA", "ACA", "ATC", "AAG", "GGT", "ACA", "CAC", "CAC", "TGG", "TTG", "TTA", "CTC", "ACA", "ATT", "TTG", "ACT", "TCA", "CTT", "TTA", "GTT", "TTA", "GTC", "CAG", "AGT", "ACT", "CAA", "TGG", "TCT", "TTG", "TTC", "TTT", "TTT", "TTG", "---", "---", "TAT", "GAA", "AAT", "GCC", "TTT", "TTA", "CCT", "TTT", "GCT", "ATG", "GGT", "ATT", "ATT", "GCT", "ATG", "TCT", "GCT", "TTT", "GCA", "ATG", "ATG", "TTT", "GTC", "AAA", "CAT", "AAG", "CAT", "GCA", "TTT", "CTC", "TGT", "TTG", "TTT", "TTG", "TTA", "CCT", "TCT", "CTT", "GCC", "ACT", "GTA", "GCT", "TAT", "TTT", "AAT", "ATG", "GTC", "TAT", "ATG", "CCT", "GCT", "AGT", "TGG", "GTG", "ATG", "CGT", "ATT", "ATG", "ACA", "TGG", "TTG", "GAT", "ATG", "GTT", "GAT", "ACT", "AGT", "TTG", "TCT", "GGT", "TTT", "AAG", "CTA", "AAA", "GAC", "TGT", "GTT", "ATG", "TAT", "GCA", "TCA", "GCT", "GTA", "GTG", "TTA", "CTA", "ATC", "CTT", "ATG", "ACA", "GCA", "AGA", "ACT", "GTG", "TAT", "GAT", "GAT", "GGT", "GCT", "AGG", "AGA", "GTG", "TGG", "ACA", "CTT", "ATG", "AAT", "GTC", "TTG", "ACA", "CTC", "GTT", "TAT", "AAA", "GTT", "TAT", "TAT", "GGT", "AAT", "GCT", "TTA", "GAT", "CAA", "GCC", "ATT", "TCC", "ATG", "TGG", "GCT", "CTT", "ATA", "ATC", "TCT", "GTT", "ACT", "TCT", "AAC", "TAC", "TCA", "GGT", "GTA", "GTT", "ACA", "ACT", "GTC", "ATG", "TTT", "TTG", "GCC", "AGA", "GGT", "ATT", "GTT", "TTT", "ATG", "TGT", "GTT", "GAG", "TAT", "TGC", "CCT", "ATT", "TTC", "TTC", "ATA", "ACT", "GGT", "AAT", "ACA", "CTT", "CAG", "TGT", "ATA", "ATG", "CTA", "GTT", "TAT", "TGT", "TTC", "TTA", "GGC", "TAT", "TTT", "TGT", "ACT", "TGT", "TAC", "TTT", "GGC", "CTC", "TTT", "TGT", "TTA", "CTC", "AAC", "CGC", "TAC", "TTT", "AGA", "CTG", "ACT", "CTT", "GGT", "GTT", "TAT", "GAT", "TAC", "TTA", "GTT", "TCT", "ACA", "CAG", "GAG", "TTT", "AGA", "TAT", "ATG", "AAT", "TCA", "CAG", "GGA", "CTA", "CTC", "CCA", "CCC", "AAG", "AAT", "AGC", "ATA", "GAT", "GCC", "TTC", "AAA", "CTC", "AAC", "ATT", "AAA", "TTG", "TTG", "GGT", "GTT", "GGT", "GGC", "AAA", "CCT", "TGT", "ATC", "AAA", "GTA", "GCC", "ACT", "GTA", "CAG"]
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],
"codon": [
["AGT", "GCA", "GTG", "AAA", "AGA", "ACA", "ATC", "AAG", "GGT", "ACA", "CAC", "CAC", "TGG", "TTG", "TTA", "CTC", "ACA", "ATT", "TTG", "ACT", "TCA", "CTT", "TTA", "GTT", "TTA", "GTC", "CAG", "AGT", "ACT", "CAA", "TGG", "TCT", "TTG", "TTC", "TTT", "TTT", "TTG", "TTT", "TTG", "TAT", "GAA", "AAT", "GCC", "TTT", "TTA", "CCT", "TTT", "GCT", "ATG", "GGT", "ATT", "ATT", "GCT", "ATG", "TCT", "GCT", "TTT", "GCA", "ATG", "ATG", "TTT", "GTC", "AAA", "CAT", "AAG", "CAT", "GCA", "TTT", "CTC", "TGT", "TTG", "TTT", "TTG", "TTA", "CCT", "TCT", "CTT", "GCC", "ACT", "GTA", "GCT", "TAT", "TTT", "AAT", "ATG", "GTC", "TAT", "ATG", "CCT", "GCT", "AGT", "TGG", "GTG", "ATG", "CGT", "ATT", "ATG", "ACA", "TGG", "TTG", "GAT", "ATG", "GTT", "GAT", "ACT", "AGT", "TTG", "TCT", "GGT", "TTT", "AAG", "CTA", "AAA", "GAC", "TGT", "GTT", "ATG", "TAT", "GCA", "TCA", "GCT", "GTA", "GTG", "TTA", "CTA", "ATC", "CTT", "ATG", "ACA", "GCA", "AGA", "ACT", "GTG", "TAT", "GAT", "GAT", "GGT", "GCT", "AGG", "AGA", "GTG", "TGG", "ACA", "CTT", "ATG", "AAT", "GTC", "TTG", "ACA", "CTC", "GTT", "TAT", "AAA", "GTT", "TAT", "TAT", "GGT", "AAT", "GCT", "TTA", "GAT", "CAA", "GCC", "ATT", "TCC", "ATG", "TGG", "GCT", "CTT", "ATA", "ATC", "TCT", "GTT", "ACT", "TCT", "AAC", "TAC", "TCA", "GGT", "GTA", "GTT", "ACA", "ACT", "GTC", "ATG", "TTT", "TTG", "GCC", "AGA", "GGT", "ATT", "GTT", "TTT", "ATG", "TGT", "GTT", "GAG", "TAT", "TGC", "CCT", "ATT", "TTC", "TTC", "ATA", "ACT", "GGT", "AAT", "ACA", "CTT", "CAG", "TGT", "ATA", "ATG", "CTA", "GTT", "TAT", "TGT", "TTC", "TTA", "GGC", "TAT", "TTT", "TGT", "ACT", "TGT", "TAC", "TTT", "GGC", "CTC", "TTT", "TGT", "TTA", "CTC", "AAC", "CGC", "TAC", "TTT", "AGA", "CTG", "ACT", "CTT", "GGT", "GTT", "TAT", "GAT", "TAC", "TTA", "GTT", "TCT", "ACA", "CAG", "GAG", "TTT", "AGA", "TAT", "ATG", "AAT", "TCA", "CAG", "GGA", "CTA", "CTC", "CCA", "CCC", "AAG", "AAT", "AGC", "ATA", "GAT", "GCC", "TTC", "AAA", "CTC", "AAC", "ATT", "AAA", "TTG", "TTG", "GGT", "GTT", "GGT", "GGC", "AAA", "CCT", "TGT", "ATC", "AAA", "GTA", "GCC", "ACT", "GTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
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]
},
"Node661":{
"Global MG94xREV":0.001163836373495233,
"Nucleotide GTR":0.001149367569507003,
"amino-acid": [
["S", "A", "V", "K", "R", "T", "I", "K", "G", "T", "H", "H", "W", "L", "L", "L", "T", "I", "L", "T", "S", "L", "L", "V", "L", "V", "Q", "S", "T", "Q", "W", "S", "L", "F", "F", "F", "L", "-", "-", "Y", "E", "N", "A", "F", "L", "P", "F", "A", "M", "G", "I", "I", "A", "M", "S", "A", "F", "A", "M", "M", "F", "V", "K", "H", "K", "H", "A", "F", "L", "C", "L", "F", "L", "L", "P", "S", "L", "A", "T", "V", "A", "Y", "F", "N", "M", "V", "Y", "M", "P", "A", "S", "W", "V", "M", "R", "I", "M", "T", "W", "L", "D", "M", "V", "D", "T", "S", "L", "S", "G", "F", "K", "L", "K", "D", "C", "V", "M", "Y", "A", "S", "A", "V", "V", "L", "L", "I", "L", "M", "T", "A", "R", "T", "V", "Y", "D", "D", "G", "A", "R", "R", "V", "W", "T", "L", "M", "N", "V", "L", "T", "L", "V", "Y", "K", "V", "Y", "Y", "G", "N", "A", "L", "D", "Q", "A", "I", "S", "M", "W", "A", "L", "I", "I", "S", "V", "T", "S", "N", "Y", "S", "G", "V", "V", "T", "T", "V", "M", "F", "L", "A", "R", "G", "I", "V", "F", "M", "C", "V", "E", "Y", "C", "P", "I", "F", "F", "I", "T", "G", "N", "T", "L", "Q", "C", "I", "M", "L", "V", "Y", "C", "F", "L", "G", "Y", "F", "C", "T", "C", "Y", "F", "G", "L", "F", "C", "L", "L", "N", "R", "Y", "F", "R", "L", "T", "L", "G", "V", "Y", "D", "Y", "L", "V", "S", "T", "Q", "E", "F", "R", "Y", "M", "N", "S", "Q", "G", "L", "L", "P", "P", "K", "N", "S", "I", "D", "A", "F", "K", "L", "N", "I", "K", "L", "L", "G", "V", "G", "G", "K", "P", "C", "I", "K", "V", "A", "T", "V", "Q"]
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"codon": [
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"Node714":{
"Global MG94xREV":0.001163832964761957,
"Nucleotide GTR":0.001149364203151072,
"amino-acid": [
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"Node771":{
"Global MG94xREV":0.001166814298220727,
"Nucleotide GTR":0.001152308472697404,
"amino-acid": [
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"Node816":{
"Global MG94xREV":0.001165049254514723,
"Nucleotide GTR":0.001150565371999878,
"amino-acid": [
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"Node877":{
"Global MG94xREV":0.001163949360116882,
"Nucleotide GTR":0.001149479151479924,
"amino-acid": [
["S", "A", "V", "K", "R", "T", "I", "K", "G", "T", "H", "H", "W", "L", "L", "L", "T", "I", "L", "T", "S", "L", "L", "V", "L", "V", "Q", "S", "T", "Q", "W", "S", "L", "F", "F", "F", "L", "-", "-", "Y", "E", "N", "A", "F", "L", "P", "F", "A", "M", "G", "I", "I", "A", "M", "S", "A", "F", "A", "M", "M", "F", "V", "K", "H", "K", "H", "A", "F", "L", "C", "L", "F", "L", "L", "P", "S", "L", "A", "T", "V", "A", "Y", "F", "N", "M", "V", "Y", "M", "P", "A", "S", "W", "V", "M", "R", "I", "M", "T", "W", "L", "D", "M", "V", "D", "T", "S", "L", "S", "G", "F", "K", "L", "K", "D", "C", "V", "M", "Y", "A", "S", "A", "V", "V", "L", "L", "I", "L", "M", "T", "A", "R", "T", "V", "Y", "D", "D", "G", "A", "R", "R", "V", "W", "T", "L", "M", "N", "V", "L", "T", "L", "V", "Y", "K", "V", "Y", "Y", "G", "D", "A", "L", "D", "Q", "A", "I", "S", "M", "W", "A", "L", "I", "I", "S", "V", "T", "S", "N", "Y", "S", "G", "V", "V", "T", "T", "V", "M", "F", "L", "A", "R", "G", "I", "V", "F", "M", "C", "V", "E", "Y", "C", "P", "I", "F", "F", "I", "T", "G", "N", "T", "L", "Q", "C", "I", "M", "L", "V", "Y", "C", "F", "L", "G", "Y", "F", "C", "T", "C", "Y", "F", "G", "L", "F", "C", "L", "L", "N", "R", "Y", "F", "R", "L", "T", "L", "G", "V", "Y", "D", "Y", "L", "V", "S", "T", "Q", "E", "F", "R", "Y", "M", "N", "S", "Q", "G", "L", "L", "P", "P", "K", "N", "S", "I", "D", "A", "F", "K", "L", "N", "I", "K", "L", "L", "G", "V", "G", "G", "K", "P", "C", "I", "K", "V", "A", "T", "V", "Q"]
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"Node896":{
"Global MG94xREV":0.001164318467632263,
"Nucleotide GTR":0.001149843670253784,
"amino-acid": [
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"Node987":{
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"Nucleotide GTR":0.001150581246857621,
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"epi_isl_406798_Hubei_20191226_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001166785423605099,
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"epi_isl_413902_Guangdong_20200228_null_1":{
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"original name":"epi_isl_415644_Tbilisi_20200228_null_1",
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"epi_isl_416382_Shanghai_20200208_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164492612223205,
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"epi_isl_417088_Washington_20200302_null_1":{
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"epi_isl_417177_Hong_Kong_20200123_null_1":{
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"original name":"epi_isl_417386_New_South_Wales_20200304_null_1",
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"epi_isl_417413_Turkey_20200317_null_1":{
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"original name":"epi_isl_417445_Lombardy_20200224_null_1",
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"epi_isl_417797_Reykjavik_20200313_null_1":{
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"epi_isl_418017_Portugal_20200316_null_1":{
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"epi_isl_418251_Madrid_20200225_null_1":{
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"epi_isl_419187_ARA_20200322_null_1":{
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"epi_isl_419688_Comunitat_Valenciana_20200309_null_1":{
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"epi_isl_419869_Victoria_20200318_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001165323521586204,
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"original name":"epi_isl_419941_Victoria_20200321_null_1",
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"epi_isl_420051_Ile_de_France_20200319_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001166801020015425,
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"epi_isl_420241_England_20200326_null_1":{
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"epi_isl_420495_England_20200319_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165021972223739,
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"epi_isl_421375_New_York_20200316_null_1":{
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"epi_isl_422000_England_20200402_null_1":{
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"original name":"epi_isl_422072_Wales_20200328_null_2",
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"epi_isl_422414_Taipei_20200316_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164907649386286,
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"original name":"epi_isl_422565_Pichincha_20200330_null_2",
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"epi_isl_422878_Noord_Brabant_20200311_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164080722872623,
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"epi_isl_423168_England_20200325_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001164015924431001,
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"original name":"epi_isl_423187_England_20200329_null_1",
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"epi_isl_424010_England_20200320_null_6":{
"Global MG94xREV":0.001164757171770537,
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"original name":"epi_isl_424174_Connecticut_20200313_null_1",
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"epi_isl_424413_Reykjavik_20200319_null_1":{
"Global MG94xREV":0.004709557599834349,
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"original name":"epi_isl_424421_Reykjavik_20200319_null_2",
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"epi_isl_424532_Reykjavik_20200320_null_3":{
"Global MG94xREV":0.00116429405759983,
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"epi_isl_425162_Wisconsin_20200330_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001164756702115806,
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"epi_isl_426513_Arizona_20200311_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00116412462201966,
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"epi_isl_426880_Victoria_20200323_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164124147605489,
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"epi_isl_427149_Victoria_20200408_null_3":{
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"epi_isl_427178_Washington_20200327_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001166800955943714,
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"epi_isl_427805_New_South_Wales_20200320_null_1":{
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"epi_isl_428463_Guangdong_20200217_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164681889978182,
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"epi_isl_429053_California_20200408_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164015734288883,
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"original name":"epi_isl_429146_Varmland_20200308_null_24",
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"epi_isl_429701_Minas_gerais_20200320_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164290389909678,
"Nucleotide GTR":0.00114981594159321,
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"epi_isl_430353_New_York_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164757165958077,
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"original name":"epi_isl_430401_Connecticut_20200410_null_3",
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"epi_isl_431833_Manila_20200322_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165010153442631,
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"epi_isl_432118_Wales_20200327_null_1":{
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"epi_isl_432822_England_20200406_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165429793026956,
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"epi_isl_433038_England_20200403_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001165324145925735,
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"epi_isl_433999_England_20200413_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164015912728435,
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"epi_isl_435422_Balassagyarmat_20200327_null_1":{
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"epi_isl_436050_New_York_20200302_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164015444231491,
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"epi_isl_437193_Kinshasa_20200414_null_1":{
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"epi_isl_437303_Styria_20200417_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164379143980136,
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"epi_isl_437608_Thailand_20200313_null_1":{
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"epi_isl_438715_England_20200425_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001164438530398404,
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"epi_isl_438972_Kanto_20200327_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001165089179267248,
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"epi_isl_439291_Scotland_20200427_null_2":{
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"epi_isl_439498_England_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164625123825951,
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"epi_isl_439717_England_20200408_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165012165962301,
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},
"epi_isl_440086_England_20200323_null_2":{
"Global MG94xREV":0.00116577415411995,
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"epi_isl_440200_England_20200315_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00116484647912865,
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"epi_isl_440617_England_20200401_null_1":{
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"original name":"epi_isl_440722_England_20200405_null_2",
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"epi_isl_440751_England_20200403_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165315997008658,
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"epi_isl_440918_England_20200419_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164628166693107,
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"epi_isl_440980_England_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164124614322674,
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"epi_isl_441093_England_20200401_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001164015741840324,
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"epi_isl_441717_Northern_Ireland_20200331_null_1":{
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"epi_isl_441893_England_20200430_null_1":{
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},
"epi_isl_442367_England_20200417_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164199952684359,
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"epi_isl_442599_England_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165323535873419,
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"epi_isl_442943_England_20200408_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165202090131941,
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"epi_isl_443052_England_20200412_null_1":{
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"epi_isl_443186_Washington_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164846460410333,
"Nucleotide GTR":0.001150365099030087,
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"original name":"epi_isl_443445_England_20200416_null_1",
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},
"epi_isl_443517_England_20200416_null_1":{
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"epi_isl_443658_England_20200417_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001164588654671402,
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"epi_isl_444410_England_20200420_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164424657558484,
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"original name":"epi_isl_444415_England_20200420_null_5",
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},
"epi_isl_444600_Illinois_20200321_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164015725985701,
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"epi_isl_444759_New_York_20200403_null_1":{
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"epi_isl_444916_Unknown_20200328_null_4":{
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"epi_isl_445242_Norrbotten_20200422_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001166785369584161,
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"original name":"epi_isl_445775_Wales_20200409_null_1",
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"epi_isl_446194_Wales_20200406_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165658352851759,
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"epi_isl_446714_Wales_20200413_null_5":{
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"original name":"epi_isl_447086_Michigan_20200328_null_1",
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},
"epi_isl_447213_Michigan_20200324_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001163848352650789,
"Nucleotide GTR":0.001149379399737797,
"amino-acid": [
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"epi_isl_447255_New_Taipei_City_20200317_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164592933428852,
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"epi_isl_447563_Telangana_20200331_null_1":{
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"epi_isl_447618_Taipei_20200325_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164179964362626,
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"original name":"epi_isl_447792_Valle_del_Cauca_20200403_null_1",
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},
"epi_isl_447864_Telangana_20200416_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164458254079161,
"Nucleotide GTR":0.001149981718876752,
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"epi_isl_448292_England_20200413_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164723923058187,
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"epi_isl_448342_England_20200423_null_1":{
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"epi_isl_448528_England_20200405_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164713289344693,
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"epi_isl_449373_England_20200328_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165453134969984,
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"original name":"epi_isl_449465_England_20200402_null_3",
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"epi_isl_449538_England_20200330_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001164026460904751,
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"original name":"epi_isl_449717_England_20200415_null_2",
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},
"epi_isl_449805_Utah_20200327_null_5":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_449939_Washington_20200414_null_1":{
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"epi_isl_450016_New_York_20200318_null_1":{
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"epi_isl_450772_Minnesota_20200330_null_1":{
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"epi_isl_450842_Dhaka_20200506_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001164803611340885,
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"original name":"epi_isl_451275_Louisiana_20200507_null_5",
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"epi_isl_451336_Sichuan_20200129_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164803623688247,
"Nucleotide GTR":0.001150322794853768,
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"epi_isl_451427_New_York_20200320_null_1":{
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"original name":"epi_isl_451486_New_South_Wales_20200326_null_1",
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"epi_isl_451547_New_South_Wales_20200401_null_4":{
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"original name":"epi_isl_451557_New_South_Wales_20200331_null_1",
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"epi_isl_451731_Graubunden_20200316_null_4":{
"Global MG94xREV":0.0011648036113293,
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"epi_isl_451996_Denmark_20200309_null_1":{
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"epi_isl_452459_Andalusia_20200313_null_1":{
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"original name":"epi_isl_452587_Andalusia_20200329_null_1",
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"epi_isl_452633_Basque_Country_20200328_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164015387947202,
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"original name":"epi_isl_452829_Virginia_20200420_null_1",
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"epi_isl_452914_England_20200507_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165491221602054,
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"epi_isl_453245_England_20200405_null_3":{
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"epi_isl_453410_England_20200409_null_5":{
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"original name":"epi_isl_453430_England_20200405_null_20",
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},
"epi_isl_453469_Northern_Ireland_20200324_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165597688071463,
"Nucleotide GTR":0.001151106987435264,
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"epi_isl_453862_Portugal_20200327_null_2":{
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"epi_isl_454548_Maharashtra_20200403_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164501272561444,
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"epi_isl_454561_Maharashtra_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164336254078478,
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"epi_isl_455016_Gujarat_20200427_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001164803624943065,
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"original name":"epi_isl_455023_Gujarat_20200502_null_2",
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"epi_isl_455048_New_South_Wales_20200324_null_9":{
"Global MG94xREV":0.001165377821872048,
"Nucleotide GTR":0.001150889854610586,
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"epi_isl_455297_Zuid_Holland_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165913738245178,
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"epi_isl_455385_Hubei_20200207_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164863325877476,
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"original name":"epi_isl_455424_Osun_State_20200329_null_6",
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"epi_isl_455650_West_Bengal_20200420_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164080707867906,
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"original name":"epi_isl_455670_West_Bengal_20200503_null_2",
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"epi_isl_455758_Odisha_20200507_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001166998393332588,
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"original name":"epi_isl_456509_Victoria_20200507_null_2",
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},
"epi_isl_456594_Victoria_20200510_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001163972539058841,
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"original name":"epi_isl_456685_England_20200101_null_4",
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},
"epi_isl_456886_Scotland_20200510_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001163904861915051,
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"original name":"epi_isl_457247_England_20200513_null_1",
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},
"epi_isl_457264_England_20200507_null_4":{
"Global MG94xREV":0.00116480363570459,
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"original name":"epi_isl_457270_England_20200417_null_9",
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"epi_isl_457805_Washington_DC_20200313_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165556298583273,
"Nucleotide GTR":0.001151066112500843,
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"epi_isl_458111_Gujarat_20200517_null_1":{
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"epi_isl_458431_England_20200501_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165444063236257,
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"original name":"epi_isl_458750_England_20200418_null_4",
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},
"epi_isl_458825_England_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164800964928649,
"Nucleotide GTR":0.001150320169147847,
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"epi_isl_459037_England_20200409_null_1":{
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"epi_isl_459205_England_20200503_null_3":{
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"epi_isl_459351_Northern_Ireland_20200419_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_459600_Scotland_20200326_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165327669451272,
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"epi_isl_460362_Massachusetts_20200327_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001165573728294638,
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"original name":"epi_isl_461012_Limburg_20200425_null_1",
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"epi_isl_461038_Limburg_20200406_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001163835187290083,
"Nucleotide GTR":0.001149366398048745,
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"epi_isl_461059_Limburg_20200101_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001164712996374414,
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"epi_isl_461124_Netherlands_20200413_null_1":{
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"epi_isl_461187_Noord_Brabant_20200428_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001164020371697823,
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"epi_isl_461364_Zuid_Holland_20200423_null_8":{
"Global MG94xREV":0.001165098619672973,
"Nucleotide GTR":0.001150614123450898,
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"epi_isl_461543_England_20200101_null_2":{
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"epi_isl_461823_England_20200428_null_15":{
"Global MG94xREV":0.001164080406483698,
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"original name":"epi_isl_462050_England_20200419_null_2",
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},
"epi_isl_462283_Singapore_20200127_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001163972374217294,
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"epi_isl_462477_Andalusia_20200313_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001166785441972076,
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"epi_isl_463013_Odisha_20200509_null_1":{
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"epi_isl_463038_Odisha_20200511_null_1":{
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"original name":"epi_isl_463067_Odisha_20200514_null_17",
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},
"epi_isl_463106_Virginia_20200518_null_9":{
"Global MG94xREV":0.001164713295253997,
"Nucleotide GTR":0.001150233589381853,
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"epi_isl_463259_British_Columbia_20200301_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001164985899774743,
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"epi_isl_463333_Washington_20200422_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001165323650095536,
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"epi_isl_463457_Washington_20200501_null_2":{
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"original name":"epi_isl_463666_Washington_20200505_null_3",
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},
"epi_isl_463893_Tuzla_20200525_null_1":{
"Global MG94xREV":0.003498042732071403,
"Nucleotide GTR":0.003454555094302536,
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"original name":"epi_isl_463913_Quebec_20200411_null_2",
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"epi_isl_464058_Ontario_20200415_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165631994244547,
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"epi_isl_464162_Dhaka_20200601_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001164803633547534,
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"epi_isl_464959_England_20200312_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164080714325421,
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"epi_isl_464972_England_20200312_null_7":{
"Global MG94xREV":0.001164681894198977,
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"epi_isl_465440_England_20200424_null_4":{
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"original name":"epi_isl_465469_England_20200428_null_1",
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"epi_isl_465574_England_20200501_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164680315010326,
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"epi_isl_465638_England_20200507_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165301975860753,
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"original name":"epi_isl_465801_England_20200311_null_1",
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},
"epi_isl_465829_England_20200326_null_7":{
"Global MG94xREV":0.001164853081002062,
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"epi_isl_465973_England_20200331_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001163931859033656,
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"epi_isl_466064_England_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001169167739249196,
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},
"epi_isl_466387_England_20200413_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001167180595735635,
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"epi_isl_466451_England_20200414_null_54":{
"Global MG94xREV":0.001165865687842091,
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"original name":"epi_isl_466694_Dhaka_20200601_null_1",
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"epi_isl_466751_British_Columbia_20200401_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001164080710881083,
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"epi_isl_466999_Vaud_20200505_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001164800964793708,
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"epi_isl_467300_Sarajevo_20200408_null_1":{
"Global MG94xREV":0.002340990851249409,
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"epi_isl_467405_New_York_20200508_null_2":{
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"epi_isl_467570_New_Mexico_20200403_null_2":{
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"epi_isl_467653_New_Mexico_20200403_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164607890081608,
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"epi_isl_467666_Mongolia_20200325_null_4":{
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"epi_isl_467850_Massachusetts_20200314_null_1":{
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"epi_isl_468076_Dhaka_20200516_null_2":{
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"epi_isl_468095_Oregon_20200423_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164269347785728,
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"epi_isl_468210_Basel_Stadt_20200417_null_1":{
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"epi_isl_468333_Galicia_20200429_null_1":{
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"epi_isl_468580_New_York_20200312_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165366652237997,
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"epi_isl_468817_Aragon_20200323_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001169167053922347,
"Nucleotide GTR":0.001154631978959966,
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"epi_isl_469041_Gujarat_20200608_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165995177596154,
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"epi_isl_469146_Singapore_20200606_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165301970158034,
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"original name":"epi_isl_469183_Connecticut_20200401_null_3",
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"epi_isl_469188_Connecticut_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164948438869036,
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"epi_isl_469336_England_20200515_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001164312355559486,
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"epi_isl_470026_Northern_Ireland_20200407_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001165716124283363,
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"epi_isl_470289_England_20200418_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001164448378895622,
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"original name":"epi_isl_470374_England_20200406_null_1",
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"epi_isl_470392_England_20200409_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001163965711261802,
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"original name":"epi_isl_470851_Western_Australia_20200227_null_3",
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},
"epi_isl_470878_NW_20200428_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165965121802958,
"Nucleotide GTR":0.001151469853233705,
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"epi_isl_471243_Wisconsin_20200403_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164168360894054,
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"original name":"epi_isl_471587_Telangana_20200418_null_8",
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"epi_isl_471721_Michigan_20200427_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00116916707941729,
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"epi_isl_471957_England_20200401_null_10":{
"Global MG94xREV":0.00116437596862478,
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"original name":"epi_isl_472124_England_20200527_null_6",
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},
"epi_isl_472230_England_20200329_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164713293934279,
"Nucleotide GTR":0.00115023358807854,
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"epi_isl_472298_England_20200504_null_12":{
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"epi_isl_472829_Wales_20200517_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164306216036427,
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"epi_isl_473148_Wales_20200516_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"original name":"epi_isl_473234_Wales_20200521_null_4",
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"epi_isl_473318_England_20200506_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001165103986574832,
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},
"epi_isl_473489_England_20200604_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001165076621644626,
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"epi_isl_473580_Scotland_20200421_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001166785356968399,
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"epi_isl_473820_Scotland_20200411_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001163881877310442,
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"epi_isl_473945_Scotland_20200605_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001164370532824493,
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"epi_isl_474128_Wales_20200511_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"codon": [
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"original name":"epi_isl_474202_Wales_20200510_null_42",
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},
"epi_isl_474204_Wales_20200510_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001163972381795586,
"Nucleotide GTR":0.001149501886953312,
"amino-acid": [
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"original name":"epi_isl_474341_Wales_20200413_null_2",
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"epi_isl_474647_Wales_20200430_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164168069248882,
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"codon": [
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"original name":"epi_isl_474658_Wales_20200429_null_2",
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"epi_isl_474748_Wales_20200502_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001164681889298114,
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"original name":"epi_isl_474781_Wales_20200502_null_5",
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"epi_isl_474817_Castilla_La_Mancha_20200402_null_9":{
"Global MG94xREV":0,
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"original name":"epi_isl_474846_Andalusia_20200401_null_2",
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"epi_isl_474861_Andalusia_20200316_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001164713295253997,
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"original name":"epi_isl_475003_ELKANA_20200315_null_2",
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"epi_isl_475032_Gujarat_20200611_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164080710892203,
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"epi_isl_475166_Rangpur_20200607_null_18":{
"Global MG94xREV":0.001164713446801307,
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"original name":"epi_isl_475280_England_20200331_null_2",
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},
"epi_isl_475418_England_20200523_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001165485361247337,
"Nucleotide GTR":0.001150996057057269,
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"original name":"epi_isl_475507_England_20200523_null_1",
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"epi_isl_475514_Uppsala_20200504_null_21":{
"Global MG94xREV":0.001164713289355851,
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"epi_isl_475593_California_20200404_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001169363985177785,
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"epi_isl_475631_California_20200325_null_1":{
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"epi_isl_475666_California_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164168368414353,
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"epi_isl_475696_California_20200326_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001169364003239202,
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"epi_isl_475731_Utah_20200512_null_7":{
"Global MG94xREV":0.001164713295253997,
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"original name":"epi_isl_475759_Rangpur_20200607_null_11",
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"epi_isl_475856_Austria_20200321_null_1":{
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"epi_isl_475923_Innsbruck_20200401_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001165250202548416,
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"epi_isl_475993_Singapore_20200427_null_5":{
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"epi_isl_476020_Missouri_20200619_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_476048_Michigan_20200429_null_9":{
"Global MG94xREV":0.001163972374217294,
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"original name":"epi_isl_476065_Michigan_20200531_null_2",
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},
"epi_isl_476096_Zurich_20200527_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001164080875255762,
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"original name":"epi_isl_476179_Minas_Gerais_20200316_null_63",
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"epi_isl_476204_S_o_Paulo_20200325_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165193851025252,
"Nucleotide GTR":0.001150708170887808,
"amino-acid": [
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"epi_isl_476753_Minnesota_20200514_null_1":{
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"epi_isl_476762_Minnesota_20200601_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164080710892203,
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"original name":"epi_isl_476936_Washington_20200312_null_26",
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"epi_isl_476961_Tournai_20200411_null_51":{
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"epi_isl_477007_Heverlee_20200513_null_2":{
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"epi_isl_477169_Tbilisi_20200501_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165080737441716,
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"epi_isl_477273_Minnesota_20200520_null_3":{
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"epi_isl_477762_England_20200613_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164499808622341,
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"original name":"epi_isl_477767_England_20200429_null_23",
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"epi_isl_477830_Scotland_20200408_null_2":{
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"epi_isl_477977_Scotland_20200416_null_28":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_478047_Scotland_20200423_null_27":{
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"original name":"epi_isl_478086_Scotland_20200521_null_6",
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},
"epi_isl_478091_Scotland_20200522_null_19":{
"Global MG94xREV":0.001161975058506064,
"Nucleotide GTR":0.001147529394370095,
"amino-acid": [
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"epi_isl_478110_Scotland_20200527_null_1":{
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"epi_isl_478393_England_20200615_null_8":{
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"epi_isl_478470_England_20200411_null_1":{
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"original name":"epi_isl_478475_England_20200323_null_4",
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"epi_isl_478576_England_20200325_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165359335094613,
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"epi_isl_478621_England_20200329_null_5":{
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"epi_isl_478719_England_20200617_null_5":{
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"epi_isl_478783_England_20200415_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164803629933496,
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"epi_isl_478809_England_20200416_null_38":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_478960_England_20200418_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001164860462835097,
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"original name":"epi_isl_479108_England_20200501_null_8",
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},
"epi_isl_479116_England_20200422_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001166465306276284,
"Nucleotide GTR":0.001151963819417872,
"amino-acid": [
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"epi_isl_479146_England_20200422_null_26":{
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"original name":"epi_isl_479149_England_20200419_null_47",
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},
"epi_isl_479180_England_20200326_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164080406494835,
"Nucleotide GTR":0.001149608568690411,
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"epi_isl_479268_England_20200424_null_7":{
"Global MG94xREV":0.001164080866692944,
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"epi_isl_479281_England_20200522_null_119":{
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"epi_isl_479463_Wales_20200518_null_9":{
"Global MG94xREV":0.001164901701701448,
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"original name":"epi_isl_479468_Wales_20200608_null_20",
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"epi_isl_479637_New_Brunswick_20200326_null_29":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_479702_Egypt_20200602_null_1":{
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"original name":"epi_isl_479863_Kansai_20200217_null_9",
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"epi_isl_479874_Hokkaido_20200312_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001165782660741295,
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"original name":"epi_isl_480221_Kanto_20200401_null_63",
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},
"epi_isl_480246_Istanbul_20200426_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164502207375699,
"Nucleotide GTR":0.001150025125746278,
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"epi_isl_480300_Smolyan_20200414_null_3":{
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"original name":"epi_isl_480305_Vidin_20200517_null_12",
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},
"epi_isl_480432_Montevideo_20200507_null_17":{
"Global MG94xREV":0.001163972058072752,
"Nucleotide GTR":0.001149501567254998,
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"epi_isl_480704_Victoria_20200615_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001165311949983825,
"Nucleotide GTR":0.001150824801641125,
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"epi_isl_480882_Florida_20200423_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001163972365314964,
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"original name":"epi_isl_480923_Florida_20200506_null_30",
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},
"epi_isl_480935_Florida_20200514_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001164080714325421,
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"epi_isl_481017_Catalunya_20200408_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001165200264811309,
"Nucleotide GTR":0.00115071450493773,
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"original name":"epi_isl_481050_Madrid_20200513_null_297",
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},
"epi_isl_481075_Madrid_20200308_null_25":{
"Global MG94xREV":0.001164713293934279,
"Nucleotide GTR":0.00115023358807854,
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"epi_isl_481093_Madrid_20200603_null_2":{
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"original name":"epi_isl_481210_Norway_20200504_null_103",
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"epi_isl_481229_Ghent_20200416_null_57":{
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"epi_isl_481275_Maryland_20200406_null_11":{
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"epi_isl_481625_Uusimaa_20200428_null_22":{
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"epi_isl_481720_Uusimaa_20200508_null_13":{
"Global MG94xREV":0.00116520223400484,
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"epi_isl_481934_England_20200504_null_97":{
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"original name":"epi_isl_481966_England_20200416_null_79",
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},
"epi_isl_481970_England_20200605_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001164771844991257,
"Nucleotide GTR":0.001150291411229273,
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"epi_isl_481997_England_20200420_null_64":{
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"epi_isl_482015_England_20200531_null_4":{
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"epi_isl_482147_Northern_Ireland_20200430_null_21":{
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"original name":"epi_isl_482183_England_20200420_null_6",
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},
"epi_isl_482191_England_20200420_null_12":{
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"epi_isl_482348_Oregon_20200416_null_1":{
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"epi_isl_482379_Oregon_20200425_null_10":{
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"epi_isl_482417_Oregon_20200507_null_1":{
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"original name":"epi_isl_482455_Oregon_20200327_null_40",
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},
"epi_isl_482688_Singapore_20200602_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001164685602887818,
"Nucleotide GTR":0.001150206241286936,
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"epi_isl_482701_Dhaka_20200521_null_11":{
"Global MG94xREV":0.001164681849961736,
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"epi_isl_482729_KwaZulu_Natal_20200615_null_18":{
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"epi_isl_482857_KwaZulu_Natal_20200617_null_94":{
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"epi_isl_482995_Minnesota_20200311_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001164713295253997,
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"original name":"epi_isl_483022_Utah_20200511_null_4",
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"epi_isl_483073_South_Australia_20200303_null_3":{
"Global MG94xREV":0.00116462347599805,
"Nucleotide GTR":0.001150144886758139,
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"original name":"epi_isl_483073_South_Australia_20200303_null_3",
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"original name":"epi_isl_483125_South_Australia_20200323_null_173",
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},
"epi_isl_483188_California_20200401_null_16":{
"Global MG94xREV":0.001164713446801307,
"Nucleotide GTR":0.001150233739045128,
"amino-acid": [
["S", "A", "V", "K", "R", "T", "I", "K", "G", "T", "H", "H", "W", "L", "L", "L", "T", "I", "L", "T", "S", "L", "L", "V", "L", "V", "Q", "S", "T", "Q", "W", "S", "L", "F", "F", "F", "L", "-", "-", "Y", "E", "N", "A", "F", "L", "P", "F", "A", "M", "G", "I", "I", "A", "M", "S", "A", "F", "A", "M", "M", "F", "V", "K", "H", "K", "H", "A", "F", "L", "C", "L", "F", "L", "L", "P", "S", "L", "A", "T", "V", "A", "Y", "F", "N", "M", "V", "Y", "M", "P", "A", "S", "W", "V", "M", "R", "I", "M", "T", "W", "L", "D", "M", "V", "D", "T", "S", "L", "S", "G", "F", "K", "L", "K", "D", "C", "V", "M", "Y", "A", "S", "A", "V", "V", "L", "L", "I", "L", "M", "T", "A", "R", "T", "V", "Y", "D", "D", "G", "A", "R", "R", "V", "W", "T", "L", "M", "N", "V", "L", "T", "L", "V", "Y", "K", "V", "Y", "Y", "G", "N", "A", "L", "D", "Q", "A", "I", "S", "M", "W", "A", "L", "I", "I", "S", "V", "T", "S", "N", "Y", "S", "G", "V", "V", "T", "T", "V", "M", "F", "L", "A", "R", "G", "I", "V", "F", "M", "C", "V", "E", "Y", "C", "P", "I", "F", "F", "I", "T", "G", "N", "T", "L", "Q", "C", "I", "M", "L", "V", "Y", "C", "F", "L", "G", "Y", "F", "C", "T", "C", "Y", "F", "G", "L", "F", "C", "L", "L", "N", "R", "Y", "F", "R", "L", "T", "L", "G", "V", "Y", "D", "Y", "L", "V", "S", "T", "Q", "E", "F", "R", "Y", "M", "N", "S", "Q", "G", "L", "L", "P", "P", "K", "N", "S", "I", "D", "A", "F", "K", "L", "N", "I", "K", "L", "L", "G", "V", "G", "G", "K", "P", "C", "I", "K", "V", "A", "T", "V", "Q"]
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"epi_isl_483444_California_20200402_null_5":{
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"original name":"epi_isl_483475_California_20200421_null_15",
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"epi_isl_483502_California_20200623_null_13":{
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"original name":"epi_isl_483508_California_20200623_null_2",
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"epi_isl_483516_California_20200615_null_22":{
"Global MG94xREV":0.001164713293934279,
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"epi_isl_483541_California_20200621_null_42":{
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"epi_isl_483553_Bahrein_20200330_null_30":{
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"epi_isl_483629_Rajshahi_20200620_null_84":{
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"epi_isl_483647_Sylhet_20200614_null_8":{
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"original name":"epi_isl_483699_Chattogram_20200620_null_17",
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},
"epi_isl_483705_Sylhet_20200624_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001164810207126015,
"Nucleotide GTR":0.001150329296446293,
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"original name":"epi_isl_483717_Kfar_Saba_20200318_null_5770",
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"epi_isl_483877_Gujarat_20200613_null_47446":{
"Global MG94xREV":0,
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"display order":0,
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"input":{
"file name":"/data/shares/veg/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2/data/fasta/2020-07-08/sequences.nsp6.compressed.fas",
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