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"headers": [
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["EN", "Expected non-synonymous sites"],
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["N", "Inferred non-synonymous substitutions"],
["P[S]", "Expected proportion of synonymous sites"],
["dS", "Inferred synonymous susbsitution rate"],
["dN", "Inferred non-synonymous susbsitution rate"],
["dN-dS", "Scaled by the length of the tested branches"],
["P [dN/dS > 1]", "Binomial probability that S is no greater than the observed value, with Ps probability of success"],
["P [dN/dS < 1]", "Binomial probability that S is no less than the observed value, with Ps probability of success"],
["Total branch length", "The total length of branches contributing to inference at this site, and used to scale dN-dS"]
]
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"analysis":{
"authors":"Sergei L Kosakovsky Pond and Simon DW Frost",
"citation":"Not So Different After All: A Comparison of Methods for Detecting Amino Acid Sites Under Selection (2005). _Mol Biol Evol_ 22 (5): 1208-1222",
"contact":"spond@temple.edu",
"info":"SLAC (Single Likelihood Ancestor Counting)\n uses a maximum likelihood ancestral state reconstruction\n and minimum path substitution counting to estimate site - level\n dS and dN,\n and applies a simple binomial - based test to test\n if dS differs drom dN.\n The estimates aggregate information over all branches,\n so the signal is derived from\n pervasive diversification or conservation. A subset of branches can be selected\n for testing as well.\n Multiple partitions within a NEXUS file are also supported\n for recombination - aware analysis.\n ",
"requirements":"in-frame codon alignment and a phylogenetic tree",
"version":"2.00"
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"branch attributes":{
"0":{
"Node1001":{
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"Node1151":{
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"Node179":{
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"Node369":{
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"Node886":{
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"Node995":{
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"epi_isl_417140_Washington_20200301_null_2":{
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"epi_isl_419429_Wales_20200317_null_1":{
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"epi_isl_420696_England_20200329_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009735532124359002,
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"epi_isl_420823_Utah_20200327_null_1":{
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"epi_isl_421281_Indiana_20200319_null_1":{
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"epi_isl_421948_England_20200331_null_1":{
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"epi_isl_422116_Wales_20200324_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009732299345603327,
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"epi_isl_423324_England_20200326_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009747968047744706,
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"epi_isl_424138_England_20200320_null_1":{
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"epi_isl_425159_Wisconsin_20200330_null_1":{
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"epi_isl_425404_England_20200319_null_1":{
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"epi_isl_427052_Victoria_20200330_null_1":{
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"epi_isl_428487_Karnataka_20200414_null_1":{
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"epi_isl_430483_Victoria_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009743044594669849,
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"epi_isl_430572_Victoria_20200407_null_1":{
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"epi_isl_430644_Victoria_20200326_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_434694_Samut_Prakarn_20200122_null_1":{
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"epi_isl_435554_Louisiana_20200425_null_2":{
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"epi_isl_436729_Abruzzo_20200427_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_437463_Makkah_20200323_null_1":{
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"epi_isl_439297_Scotland_20200427_null_1":{
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"epi_isl_439408_England_20200330_null_1":{
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"epi_isl_440247_England_20200321_null_1":{
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"epi_isl_440364_England_20200320_null_1":{
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"epi_isl_440591_England_20200402_null_1":{
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"epi_isl_441224_England_20200402_null_1":{
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"epi_isl_441783_England_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009738177615989809,
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"epi_isl_443011_England_20200410_null_1":{
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"epi_isl_443510_England_20200416_null_2":{
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"epi_isl_444670_New_Jersey_20200330_null_2":{
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"epi_isl_445149_Louisiana_20200408_null_1":{
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"epi_isl_445452_Wales_20200403_null_3":{
"Global MG94xREV":0.000973202550871837,
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"epi_isl_445606_Wales_20200405_null_1":{
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"epi_isl_446835_Wales_20200415_null_6":{
"Global MG94xREV":0.0009795217255895081,
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"epi_isl_447025_Bangkok_20200402_null_3":{
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"epi_isl_447309_South_Coast_District_20200321_null_2":{
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"epi_isl_447547_Gujarat_20200428_null_3":{
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"epi_isl_448135_Scotland_20200408_null_1":{
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"epi_isl_448318_England_20200422_null_1":{
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"epi_isl_448423_England_20200429_null_1":{
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"epi_isl_448749_England_20200101_null_6":{
"Global MG94xREV":0.0004665292559369422,
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"epi_isl_450211_Bavaria_20200201_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_451809_Basel_Land_20200331_null_2":{
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"epi_isl_451846_Basel_Land_20200331_null_1":{
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"epi_isl_451903_Valais_20200407_null_1":{
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"epi_isl_451977_Malopolska_20200403_null_2":{
"Global MG94xREV":0.0009738201279836607,
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"epi_isl_452674_Basque_Country_20200326_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_453402_England_20200410_null_2":{
"Global MG94xREV":0.0009729809914232583,
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"epi_isl_453635_England_20200506_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009739862038198524,
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"epi_isl_454087_Portugal_20200319_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009727282882488258,
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"epi_isl_454645_Connecticut_20200421_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009738161213324858,
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"epi_isl_454786_Utrecht_20200311_null_4":{
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"epi_isl_455308_Odisha_20200404_null_1":{
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"epi_isl_456420_Victoria_20200414_null_3":{
"Global MG94xREV":0.0009734467955178883,
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"epi_isl_456465_Victoria_20200429_null_1":{
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"epi_isl_456619_Victoria_20200519_null_1":{
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"epi_isl_456643_Victoria_20200520_null_3":{
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"epi_isl_457280_England_20200416_null_3":{
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"epi_isl_458090_Gujarat_20200524_null_1":{
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"epi_isl_458548_England_20200507_null_1":{
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"epi_isl_458855_England_20200401_null_2":{
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"epi_isl_458976_England_20200410_null_2":{
"Global MG94xREV":0.0009729807694749686,
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"epi_isl_459279_England_20200501_null_5":{
"Global MG94xREV":0.0009742936690157392,
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"epi_isl_459498_England_20200422_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009732303265667586,
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"epi_isl_459938_Delhi_20200511_null_1":{
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"epi_isl_460066_Minnesota_20200316_null_1":{
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"epi_isl_460453_Massachusetts_20200326_null_1":{
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"epi_isl_461637_Scotland_20200424_null_12":{
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"epi_isl_462414_Singapore_20200409_null_1":{
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"epi_isl_462677_Michigan_20200429_null_1":{
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"epi_isl_463000_Asturias_20200530_null_2":{
"Global MG94xREV":0.000973674096969527,
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"epi_isl_464094_Taoyuan_20200411_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_464323_England_20200303_null_1":{
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"epi_isl_464399_England_20200304_null_1":{
"Global MG94xREV":0.000972995678229531,
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"epi_isl_464497_England_20200304_null_1":{
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"epi_isl_465063_England_20200313_null_4":{
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"epi_isl_465323_England_20200418_null_1":{
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"epi_isl_466102_England_20200404_null_3":{
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"epi_isl_466196_England_20200402_null_1":{
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"epi_isl_466588_England_20200415_null_1":{
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"epi_isl_466805_British_Columbia_20200401_null_2":{
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"epi_isl_467270_Galicia_20200407_null_1":{
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"epi_isl_467946_California_20200501_null_1":{
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"epi_isl_468075_Dhaka_20200514_null_4":{
"Global MG94xREV":0.0009738914389286418,
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"epi_isl_468380_California_20200419_null_3":{
"Global MG94xREV":0.0009737116839393427,
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"epi_isl_468434_California_20200501_null_2":{
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"epi_isl_468535_California_20200405_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009735754313872553,
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"epi_isl_468749_Santiago_20200429_null_2":{
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"epi_isl_468986_Balear_Islands_20200404_null_1":{
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"epi_isl_469237_Newfoundland_and_Labrador_20200322_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_469342_England_20200519_null_1":{
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"epi_isl_469554_England_20200423_null_2":{
"Global MG94xREV":0.000466794276845943,
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"Global MG94xREV":0.0009729819978133865,
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"epi_isl_470269_England_20200418_null_1":{
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"epi_isl_470451_England_20200408_null_2":{
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"epi_isl_471904_Michigan_20200517_null_16":{
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"epi_isl_472126_England_20200528_null_1":{
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"epi_isl_472543_Wales_20200419_null_1":{
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"epi_isl_473195_Wales_20200526_null_2":{
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"epi_isl_473255_Wales_20200530_null_9":{
"Global MG94xREV":0.0004662488939264217,
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"epi_isl_473588_Scotland_20200421_null_10":{
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"epi_isl_473698_Scotland_20200516_null_1":{
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"epi_isl_474052_Wales_20200426_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0004665292868777505,
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"epi_isl_474235_Wales_20200402_null_10":{
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"epi_isl_474388_Wales_20200414_null_3":{
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"epi_isl_474510_Wales_20200424_null_14":{
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"epi_isl_474699_Wales_20200502_null_3":{
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"epi_isl_474786_Wales_20200430_null_17":{
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"epi_isl_475077_Ghent_20200323_null_26":{
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"epi_isl_475172_Rangpur_20200607_null_5":{
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"epi_isl_475236_Nebraska_20200505_null_4":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_475572_London_20200317_null_224":{
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"epi_isl_475727_Utah_20200511_null_2":{
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"epi_isl_475997_Singapore_20200131_null_2":{
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"epi_isl_476050_Michigan_20200429_null_42":{
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