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]
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}
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"headers": [
["ES", "Expected synonymous sites"],
["EN", "Expected non-synonymous sites"],
["S", "Inferred synonymous substitutions"],
["N", "Inferred non-synonymous substitutions"],
["P[S]", "Expected proportion of synonymous sites"],
["dS", "Inferred synonymous susbsitution rate"],
["dN", "Inferred non-synonymous susbsitution rate"],
["dN-dS", "Scaled by the length of the tested branches"],
["P [dN/dS > 1]", "Binomial probability that S is no greater than the observed value, with Ps probability of success"],
["P [dN/dS < 1]", "Binomial probability that S is no less than the observed value, with Ps probability of success"],
["Total branch length", "The total length of branches contributing to inference at this site, and used to scale dN-dS"]
]
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"analysis":{
"authors":"Sergei L Kosakovsky Pond and Simon DW Frost",
"citation":"Not So Different After All: A Comparison of Methods for Detecting Amino Acid Sites Under Selection (2005). _Mol Biol Evol_ 22 (5): 1208-1222",
"contact":"spond@temple.edu",
"info":"SLAC (Single Likelihood Ancestor Counting)\n uses a maximum likelihood ancestral state reconstruction\n and minimum path substitution counting to estimate site - level\n dS and dN,\n and applies a simple binomial - based test to test\n if dS differs drom dN.\n The estimates aggregate information over all branches,\n so the signal is derived from\n pervasive diversification or conservation. A subset of branches can be selected\n for testing as well.\n Multiple partitions within a NEXUS file are also supported\n for recombination - aware analysis.\n ",
"requirements":"in-frame codon alignment and a phylogenetic tree",
"version":"2.00"
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"branch attributes":{
"0":{
"Node1066":{
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["S", "L", "E", "N", "V", "A", "F", "N", "V", "V", "N", "K", "G", "H", "F", "D", "G", "Q", "Q", "G", "E", "V", "P", "V", "S", "I", "I", "N", "N", "T", "V", "Y", "T", "K", "V", "D", "G", "V", "D", "V", "E", "L", "F", "E", "N", "K", "T", "T", "L", "P", "V", "N", "V", "A", "F", "E", "L", "W", "A", "K", "R", "N", "I", "K", "P", "V", "P", "E", "V", "K", "I", "L", "N", "N", "L", "G", "V", "D", "I", "A", "A", "N", "T", "V", "I", "W", "D", "Y", "K", "R", "D", "A", "P", "A", "H", "I", "S", "T", "I", "G", "V", "C", "S", "M", "T", "D", "I", "A", "K", "K", "P", "T", "E", "T", "I", "C", "A", "P", "L", "T", "V", "F", "F", "D", "G", "R", "V", "D", "G", "Q", "V", "D", "L", "F", "R", "N", "A", "R", "N", "G", "V", "L", "I", "T", "E", "G", "S", "V", "K", "G", "L", "Q", "P", "S", "V", "G", "P", "K", "Q", "A", "S", "L", "N", "G", "V", "T", "L", "I", "G", "E", "A", "V", "K", "T", "Q", "F", "N", "Y", "Y", "K", "K", "V", "D", "G", "V", "V", "Q", "Q", "L", "P", "E", "T", "Y", "F", "T", "Q", "S", "R", "N", "L", "Q", "E", "F", "K", "P", "R", "S", "Q", "M", "E", "I", "D", "F", "L", "E", "L", "A", "M", "D", "E", "F", "I", "E", "R", "Y", "K", "L", "E", "G", "Y", "A", "F", "E", "H", "I", "V", "Y", "G", "D", "F", "S", "H", "S", "Q", "L", "G", "G", "L", "H", "L", "L", "I", "G", "L", "A", "K", "R", "F", "K", "E", "S", "P", "F", "E", "L", "E", "D", "F", "I", "P", "M", "D", "S", "T", "V", "K", "N", "Y", "F", "I", "T", "D", "A", "Q", "T", "G", "S", "S", "K", "C", "V", "C", "S", "V", "I", "D", "L", "L", "L", "D", "D", "F", "V", "E", "I", "I", "K", "S", "Q", "D", "L", "S", "V", "V", "S", "K", "V", "V", "K", "V", "T", "I", "D", "Y", "T", "E", "I", "S", "F", "M", "L", "W", "C", "K", "D", "G", "H", "V", "E", "T", "F", "Y", "P", "K", "L", "Q"]
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"Node1151":{
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"Node1526":{
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"Node1563":{
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"Node1618":{
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"Nucleotide GTR":0.0005378182520237802,
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"Node1642":{
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"Node209":{
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"Node683":{
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"epi_isl_417413_Turkey_20200317_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009741129474922849,
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"epi_isl_419494_Wales_20200320_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009738058407116735,
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"epi_isl_420981_Wales_20200323_null_1":{
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"epi_isl_421847_England_20200326_null_1":{
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"epi_isl_422057_Wales_20200328_null_1":{
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"epi_isl_422709_Netherlands_20200322_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009737614789792353,
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"epi_isl_423130_England_20200324_null_1":{
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"epi_isl_423648_England_20200323_null_1":{
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"epi_isl_423913_England_20200318_null_1":{
"Global MG94xREV":0.000973151966880032,
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"epi_isl_424311_Washington_20200324_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009791374603404536,
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"epi_isl_425485_England_20200317_null_1":{
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"epi_isl_427052_Victoria_20200330_null_1":{
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"epi_isl_430474_Victoria_20200331_null_1":{
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"epi_isl_430634_Northern_Territory_20200101_null_1":{
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"epi_isl_431901_Wales_20200404_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_432181_Wales_20200404_null_1":{
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"epi_isl_432760_England_20200322_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009738130733549449,
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"epi_isl_435053_Gujarat_20200407_null_1":{
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"epi_isl_435722_New_York_20200416_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_436429_Delhi_20200405_null_1":{
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"epi_isl_436876_Michigan_20200327_null_3":{
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"epi_isl_437536_West_Bengal_20200319_null_1":{
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"epi_isl_438058_Vienna_20200317_null_5":{
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"epi_isl_439445_England_20200331_null_1":{
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"epi_isl_440508_England_20200312_null_1":{
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"epi_isl_444283_England_20200416_null_1":{
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"epi_isl_445256_Santiago_20200310_null_3":{
"Global MG94xREV":0.0009738407404284683,
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"epi_isl_445335_Puerto_Montt_20200329_null_1":{
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"epi_isl_446846_Wales_20200417_null_3":{
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"epi_isl_447416_Tel_Aviv_District_20200317_null_1":{
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"epi_isl_448231_England_20200412_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_448775_England_20200407_null_1":{
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"epi_isl_449064_England_20200504_null_1":{
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"epi_isl_450806_Virgin_Islands_20200408_null_4":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_451775_Vaud_20200326_null_1":{
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"epi_isl_451823_Aargau_20200331_null_1":{
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"epi_isl_451891_Ticino_20200406_null_1":{
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"epi_isl_452739_Basque_Country_20200308_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0005661114812150138,
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"epi_isl_453456_England_20200501_null_3":{
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"epi_isl_454143_Portugal_20200325_null_1":{
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"epi_isl_454525_Maharashtra_20200312_null_1":{
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"epi_isl_454681_California_20200512_null_2":{
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"epi_isl_456420_Victoria_20200414_null_3":{
"Global MG94xREV":0.0009738245757171866,
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"epi_isl_456465_Victoria_20200429_null_1":{
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"epi_isl_456619_Victoria_20200519_null_1":{
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"epi_isl_456643_Victoria_20200520_null_3":{
"Global MG94xREV":0.0004306383942283038,
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"epi_isl_457280_England_20200416_null_3":{
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"epi_isl_458001_North_Carolina_20200401_null_2":{
"Global MG94xREV":0.000430325046211111,
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"epi_isl_458469_England_20200430_null_6":{
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"epi_isl_458540_England_20200507_null_1":{
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"epi_isl_458737_England_20200418_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009732593489752413,
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"epi_isl_459222_England_20200505_null_1":{
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"epi_isl_459982_Morocco_20200418_null_1":{
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"epi_isl_460368_Massachusetts_20200326_null_2":{
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"epi_isl_461487_Gujarat_20200527_null_2":{
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"epi_isl_461637_Scotland_20200424_null_12":{
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"epi_isl_462165_Boussu_20200328_null_1":{
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"epi_isl_462337_Singapore_20200407_null_1":{
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"epi_isl_462414_Singapore_20200409_null_1":{
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"epi_isl_462850_Minnesota_20200430_null_11":{
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"epi_isl_463045_Odisha_20200512_null_1":{
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"epi_isl_463233_British_Columbia_20200301_null_2":{
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"epi_isl_464323_England_20200303_null_1":{
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"epi_isl_464745_England_20200310_null_1":{
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"epi_isl_464788_England_20200310_null_1":{
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"epi_isl_465047_England_20200312_null_1":{
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"epi_isl_465174_England_20200417_null_5":{
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"epi_isl_465319_England_20200420_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_465353_England_20200413_null_1":{
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"epi_isl_465539_England_20200501_null_1":{
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"epi_isl_465652_England_20200513_null_1":{
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"epi_isl_466011_England_20200401_null_1":{
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"epi_isl_466286_England_20200407_null_1":{
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"epi_isl_466400_England_20200412_null_2":{
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"epi_isl_466612_England_20200416_null_2":{
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"epi_isl_466883_Bavaria_20200415_null_11":{
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"epi_isl_467154_Basque_Country_20200317_null_4":{
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"epi_isl_467299_Morocco_20200521_null_1":{
"Global MG94xREV":0.002930769533983064,
"Nucleotide GTR":0.002902161678027955,
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"epi_isl_467946_California_20200501_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009742528559811568,
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"epi_isl_468150_Bucuresti_20200101_null_1":{
"Global MG94xREV":0.000973206846403049,
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"epi_isl_468239_Bern_20200420_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009737976016537545,
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"epi_isl_468279_Zurich_20200427_null_5":{
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"epi_isl_468478_California_20200430_null_1":{
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"epi_isl_468636_California_20200402_null_1":{
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"epi_isl_469032_Gujarat_20200602_null_3":{
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"epi_isl_469583_England_20200423_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0004706494195641703,
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"epi_isl_470290_England_20200422_null_7":{
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"epi_isl_470366_England_20200409_null_3":{
"Global MG94xREV":0.0009739412891373463,
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"epi_isl_470466_England_20200407_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001946303910048355,
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"original name":"epi_isl_470834_Western_Australia_20200407_null_1",
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"epi_isl_471910_Michigan_20200429_null_36":{
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"epi_isl_472516_Wales_20200504_null_1":{
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"epi_isl_472549_Wales_20200406_null_2":{
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"epi_isl_472705_Wales_20200502_null_2":{
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"epi_isl_472835_Wales_20200513_null_1":{
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"epi_isl_473018_Wales_20200519_null_1":{
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"epi_isl_473309_England_20200505_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009721528424053972,
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"epi_isl_473565_Scotland_20200420_null_2":{
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"epi_isl_474055_Wales_20200509_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009738515633550384,
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"epi_isl_474240_Wales_20200402_null_2":{
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"epi_isl_474498_Wales_20200424_null_20":{
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"epi_isl_474563_Wales_20200427_null_6":{
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"epi_isl_474786_Wales_20200430_null_17":{
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"epi_isl_475077_Ghent_20200323_null_26":{
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"epi_isl_475234_Nebraska_20200505_null_26":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_475552_Stockholm_20200304_null_1":{
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"epi_isl_475719_Donostia_San_Sebatian_20200325_null_2386":{
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