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"headers": [
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["EN", "Expected non-synonymous sites"],
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["N", "Inferred non-synonymous substitutions"],
["P[S]", "Expected proportion of synonymous sites"],
["dS", "Inferred synonymous susbsitution rate"],
["dN", "Inferred non-synonymous susbsitution rate"],
["dN-dS", "Scaled by the length of the tested branches"],
["P [dN/dS > 1]", "Binomial probability that S is no greater than the observed value, with Ps probability of success"],
["P [dN/dS < 1]", "Binomial probability that S is no less than the observed value, with Ps probability of success"],
["Total branch length", "The total length of branches contributing to inference at this site, and used to scale dN-dS"]
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"analysis":{
"authors":"Sergei L Kosakovsky Pond and Simon DW Frost",
"citation":"Not So Different After All: A Comparison of Methods for Detecting Amino Acid Sites Under Selection (2005). _Mol Biol Evol_ 22 (5): 1208-1222",
"contact":"spond@temple.edu",
"info":"SLAC (Single Likelihood Ancestor Counting)\n uses a maximum likelihood ancestral state reconstruction\n and minimum path substitution counting to estimate site - level\n dS and dN,\n and applies a simple binomial - based test to test\n if dS differs drom dN.\n The estimates aggregate information over all branches,\n so the signal is derived from\n pervasive diversification or conservation. A subset of branches can be selected\n for testing as well.\n Multiple partitions within a NEXUS file are also supported\n for recombination - aware analysis.\n ",
"requirements":"in-frame codon alignment and a phylogenetic tree",
"version":"2.00"
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"branch attributes":{
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"Node1037":{
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"Node1124":{
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"Node1227":{
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"Node1266":{
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"Node1284":{
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"Node1386":{
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"Node194":{
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"Node253":{
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"Node479":{
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"Node792":{
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"Node808":{
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"Node906":{
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"Node945":{
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"Node989":{
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"epi_isl_416748_ARA_2020_03_04_null_1":{
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"epi_isl_419429_Wales_2020_03_17_null_1":{
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"epi_isl_420694_England_2020_03_28_null_1":{
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"epi_isl_420726_England_2020_03_27_null_1":{
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"epi_isl_421895_England_2020_03_27_null_1":{
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"epi_isl_422057_Wales_2020_03_28_null_1":{
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"epi_isl_422709_Netherlands_2020_03_22_null_1":{
"Global MG94xREV":0.000972478491346687,
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"epi_isl_423068_England_2020_03_23_null_1":{
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"epi_isl_423328_England_2020_03_27_null_2":{
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"epi_isl_423446_England_2020_03_29_null_1":{
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"epi_isl_423927_England_2020_03_18_null_1":{
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"epi_isl_430483_Victoria_2020_03_31_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009738894267284117,
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"epi_isl_430520_Victoria_2020_04_02_null_1":{
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"original name":"epi_isl_430621_Victoria_2020_04_10_null_1",
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"epi_isl_430634_Northern_Territory_2020_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_432181_Wales_2020_04_04_null_1":{
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"epi_isl_434146_Washington_2020_03_26_null_1":{
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"epi_isl_434988_Texas_2020_03_31_null_1":{
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"epi_isl_435066_Delhi_2020_03_18_null_1":{
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"epi_isl_435696_Singapore_2020_04_20_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_436117_Victoria_2020_04_10_null_1":{
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"epi_isl_436729_Abruzzo_2020_04_27_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_437430_Virginia_2020_04_15_null_1":{
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"epi_isl_437846_Washington_2020_04_04_null_1":{
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"epi_isl_439476_England_2020_03_30_null_1":{
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"epi_isl_440325_England_2020_03_20_null_2":{
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"epi_isl_440508_England_2020_03_12_null_1":{
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"epi_isl_441079_England_2020_04_03_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009721038969775076,
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"epi_isl_441783_England_2020_04_01_null_1":{
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"epi_isl_442935_England_2020_04_08_null_2":{
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"epi_isl_443615_England_2020_04_14_null_2":{
"Global MG94xREV":0.0004009605989381101,
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"epi_isl_445306_Santiago_2020_03_16_null_4":{
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"epi_isl_445788_Wales_2020_03_28_null_1":{
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"epi_isl_446555_Wales_2020_04_14_null_2":{
"Global MG94xREV":0.0009734902614909604,
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"epi_isl_446846_Wales_2020_04_17_null_3":{
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"epi_isl_447044_Gujarat_2020_05_03_null_3":{
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"epi_isl_447517_Comunitat_Valenciana_2020_04_01_null_1":{
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"original name":"epi_isl_447517_Comunitat_Valenciana_2020_04_01_null_1",
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"epi_isl_447547_Gujarat_2020_04_28_null_3":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_449072_England_2020_05_04_null_1":{
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"epi_isl_449142_England_2020_null_1":{
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"epi_isl_449697_England_2020_04_15_null_1":{
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"epi_isl_450843_Dhaka_2020_05_06_null_3":{
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"epi_isl_451809_Basel_Land_2020_03_31_null_2":{
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"epi_isl_451876_Bern_2020_04_07_null_1":{
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"epi_isl_451894_Basel_Land_2020_04_07_null_2":{
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"epi_isl_452884_England_2020_05_06_null_2":{
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"epi_isl_453654_England_2020_05_13_null_1":{
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"epi_isl_454455_Stockholm_2020_03_05_null_2":{
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"epi_isl_454619_California_2020_04_26_null_1":{
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"epi_isl_454627_California_2020_04_30_null_2":{
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"Global MG94xREV":0.0004425950904522265,
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"epi_isl_455406_Hubei_2020_03_02_null_2":{
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"epi_isl_455883_Stockholm_2020_03_07_null_5":{
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"epi_isl_456534_Victoria_2020_05_14_null_1":{
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"epi_isl_456621_Victoria_2020_05_18_null_1":{
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"epi_isl_456702_England_2020_05_19_null_2":{
"Global MG94xREV":0.0009733748905015033,
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"epi_isl_457753_Washington_DC_2020_03_16_null_3":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_459231_England_2020_05_06_null_17":{
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"epi_isl_459464_England_2020_04_28_null_3":{
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"epi_isl_459508_Scotland_2020_03_22_null_15":{
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"epi_isl_459978_Morocco_2020_04_20_null_12":{
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"epi_isl_460369_Massachusetts_2020_03_25_null_17":{
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"epi_isl_461228_Utrecht_2020_04_20_null_9":{
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"epi_isl_461552_England_2020_05_25_null_2":{
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"epi_isl_461629_Scotland_2020_04_24_null_6":{
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"epi_isl_461762_Scotland_2020_04_03_null_7":{
"Global MG94xREV":0.0009733748905015033,
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"epi_isl_461935_England_2020_05_22_null_1":{
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"epi_isl_462293_Singapore_2020_02_09_null_1":{
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"epi_isl_462688_Michigan_2020_04_29_null_11":{
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"epi_isl_462729_Michigan_2020_04_24_null_2":{
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"epi_isl_462924_Wyoming_2020_03_23_null_2":{
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