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"headers": [
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["EN", "Expected non-synonymous sites"],
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["Total branch length", "The total length of branches contributing to inference at this site, and used to scale dN-dS"]
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"analysis":{
"authors":"Sergei L Kosakovsky Pond and Simon DW Frost",
"citation":"Not So Different After All: A Comparison of Methods for Detecting Amino Acid Sites Under Selection (2005). _Mol Biol Evol_ 22 (5): 1208-1222",
"contact":"spond@temple.edu",
"info":"SLAC (Single Likelihood Ancestor Counting)\n uses a maximum likelihood ancestral state reconstruction\n and minimum path substitution counting to estimate site - level\n dS and dN,\n and applies a simple binomial - based test to test\n if dS differs drom dN.\n The estimates aggregate information over all branches,\n so the signal is derived from\n pervasive diversification or conservation. A subset of branches can be selected\n for testing as well.\n Multiple partitions within a NEXUS file are also supported\n for recombination - aware analysis.\n ",
"requirements":"in-frame codon alignment and a phylogenetic tree",
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"Node1045":{
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"Node1245":{
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"Node1272":{
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"Node221":{
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"Node271":{
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"Node471":{
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"Node780":{
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"Node851":{
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"Node904":{
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"Node995":{
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"epi_isl_416390_Shanghai_20200131_null_2":{
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"epi_isl_417140_Washington_20200301_null_2":{
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"epi_isl_417413_Turkey_20200317_null_1":{
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"epi_isl_417487_Oslo_20200301_null_1":{
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"epi_isl_419427_Wales_20200318_null_1":{
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"epi_isl_421336_Wisconsin_20200324_null_1":{
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"epi_isl_421948_England_20200331_null_1":{
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"epi_isl_422312_Wales_20200328_null_1":{
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"epi_isl_423227_England_20200324_null_1":{
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"epi_isl_423412_England_20200329_null_1":{
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"epi_isl_423825_England_20200322_null_1":{
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"epi_isl_427090_Victoria_20200403_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009819499421145764,
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"epi_isl_430511_Victoria_20200402_null_4":{
"Global MG94xREV":0.0009726560793994546,
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"epi_isl_430595_Victoria_20200408_null_1":{
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"epi_isl_432013_Wales_20200331_null_2":{
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"epi_isl_434988_Texas_20200331_null_1":{
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"epi_isl_435066_Delhi_20200318_null_1":{
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"epi_isl_435696_Singapore_20200420_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_436117_Victoria_20200410_null_1":{
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"epi_isl_436729_Abruzzo_20200427_null_1":{
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"epi_isl_437430_Virginia_20200415_null_1":{
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"epi_isl_437846_Washington_20200404_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009733796713734827,
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"epi_isl_438167_Washington_20200423_null_1":{
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"epi_isl_438534_England_20200331_null_1":{
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"epi_isl_439681_England_20200407_null_1":{
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"epi_isl_440247_England_20200321_null_1":{
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"epi_isl_440364_England_20200320_null_1":{
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"epi_isl_442854_England_20200408_null_1":{
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"epi_isl_442963_England_20200407_null_1":{
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"epi_isl_443625_England_20200414_null_6":{
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"epi_isl_444241_England_20200418_null_2":{
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"epi_isl_445266_Antofagasta_20200312_null_2":{
"Global MG94xREV":0.0009725764518555491,
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"epi_isl_445335_Puerto_Montt_20200329_null_1":{
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"epi_isl_445511_Wales_20200404_null_1":{
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"epi_isl_445916_Wales_20200401_null_3":{
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"epi_isl_446084_Wales_20200416_null_1":{
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"epi_isl_446410_Wales_20200410_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009741561470828108,
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"epi_isl_446829_Wales_20200415_null_5":{
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"epi_isl_446978_Wales_20200416_null_8":{
"Global MG94xREV":0.0009735503876977828,
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"epi_isl_447297_South_Coast_District_20200324_null_2":{
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"epi_isl_447416_Tel_Aviv_District_20200317_null_1":{
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"epi_isl_448135_Scotland_20200408_null_1":{
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"epi_isl_448574_England_20200101_null_6":{
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"epi_isl_448739_England_20200101_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0003991673685732483,
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"epi_isl_449109_England_20200408_null_2":{
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"epi_isl_449604_England_20200428_null_2":{
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"epi_isl_450721_Wisconsin_20200401_null_26":{
"Global MG94xREV":0.0009731849346983533,
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"epi_isl_451729_Sankt_Gallen_20200316_null_1":{
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"epi_isl_451846_Basel_Land_20200331_null_1":{
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"epi_isl_451903_Valais_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
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"epi_isl_452674_Basque_Country_20200326_null_1":{
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"epi_isl_453337_England_20200412_null_1":{
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"epi_isl_454052_Portugal_20200318_null_3":{
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"epi_isl_454595_Pula_20200309_null_1":{
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"epi_isl_455224_Netherlands_20200101_null_1":{
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"epi_isl_455311_Odisha_20200507_null_2":{
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"epi_isl_456230_Canterbury_20200324_null_1":{
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"epi_isl_456567_Victoria_20200510_null_3":{
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"epi_isl_456643_Victoria_20200520_null_3":{
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"epi_isl_458367_England_20200501_null_7":{
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"epi_isl_458737_England_20200418_null_1":{
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"epi_isl_458824_England_20200415_null_22":{
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"epi_isl_459283_England_20200501_null_6":{
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"epi_isl_459464_England_20200428_null_3":{
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"epi_isl_459508_Scotland_20200322_null_15":{
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"epi_isl_459866_Ontario_20200318_null_9":{
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"epi_isl_459966_Marocco_20200315_null_7":{
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"epi_isl_460368_Massachusetts_20200326_null_2":{
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"epi_isl_460693_Netherlands_20200327_null_4":{
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"epi_isl_461176_Noord_Brabant_20200101_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0009734628444638153,
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"epi_isl_461242_Utrecht_20200407_null_40":{
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"epi_isl_461507_England_20200101_null_5":{
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"epi_isl_461629_Scotland_20200424_null_6":{
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"epi_isl_461863_England_20200521_null_2":{
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"epi_isl_461899_England_20200518_null_179":{
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"epi_isl_462325_Singapore_20200429_null_2":{
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