{
"MLE":{
"content":{
"0":{
"by-branch":{
"AVERAGED": [
[244.53296386217, 618.2876907362825, 1, 0, 0.2834111151128771, 0.004089428207166563, 0, -0.2010719430727309, 1, 0.2834111151128771, 0.001028486161544642],
[244.53296386217, 618.2876907362825, 1, 0, 0.2834111151128771, 0.004089428207166563, 0, -0.2010719430727309, 1, 0.2834111151128771, 0.001029405521347617],
[243.2050786506639, 616.6439476965696, 0, 1, 0.2828462569572652, 0, 0.001621681366914295, 0.07973599412232413, 0.7171537430427348, 1, 0.001027670832565617],
[244.4567300838611, 618.3639245145914, 1, 0, 0.2833227609712573, 0.00409070349446689, 0, -0.2011346473146109, 1, 0.2833227609712573, 0.001028267376125016],
[244.4567300838611, 618.3639245145914, 1, 0, 0.2833227609712573, 0.00409070349446689, 0, -0.2011346473146109, 1, 0.2833227609712573, 0.001028223085668631],
[244.706986334924, 618.1136682635284, 0, 1, 0.2836128053156169, 0, 0.001617825411965582, 0.079546401760101, 0.7163871946843832, 1, 0.001027984234037974],
[244.5638506405822, 618.6969674108975, 0, 1, 0.2833023873278561, 0, 0.001616300148010692, 0.07947140648653903, 0.7166976126721439, 1, 0.001027532987977782],
[244.4731273151973, 618.3475272832552, 0, 1, 0.2833417651887025, 0, 0.001617213550434262, 0.07951631731289679, 0.7166582348112975, 1, 0.001028155515339322],
[244.53296386217, 618.2876907362825, 1, 0, 0.2834111151128771, 0.004089428207166563, 0, -0.2010719430727309, 1, 0.2834111151128771, 0.001028686504876116],
[244.53296386217, 618.6776276718754, 0, 1, 0.2832830901988829, 0, 0.001616350673230364, 0.07947389074682649, 0.7167169098011171, 1, 0.00102879220402721],
[244.6471497879513, 618.1735048105012, 1, 0, 0.2835434553914422, 0.004087519518893857, 0, -0.2009780953169394, 1, 0.2835434553914422, 0.001028263594734878],
[244.53296386217, 618.2876907362825, 1, 0, 0.2834111151128771, 0.004089428207166563, 0, -0.2010719430727309, 1, 0.2834111151128771, 0.001027977793889258],
[244.53296386217, 618.2876907362825, 1, 0, 0.2834111151128771, 0.004089428207166563, 0, -0.2010719430727309, 1, 0.2834111151128771, 0.001027910278599535],
[244.6114128175929, 618.259468298294, 0, 1, 0.2834855343608943, 0, 0.001617443890915919, 0.0795276428591269, 0.7165144656391057, 1, 0.001028356817494354],
[244.3589413894161, 618.4617132090365, 0, 1, 0.2832094249101375, 0, 0.001616914966023137, 0.07950163630013049, 0.7167905750898625, 1, 0.001031787965432694],
[243.53296386217, 616.2876907362825, 0, 1, 0.2832369315155649, 0, 0.001622618811038225, 0.07978208704827168, 0.7167630684844351, 1, 0.001029860827360119],
[244.4731273151973, 618.3475272832552, 0, 1, 0.2833417651887025, 0, 0.001617213550434262, 0.07951631731289679, 0.7166582348112975, 1, 0.001028878814503391],
[244.4567300838611, 618.5095752385645, 1, 0, 0.2832749419950134, 0.00409070349446689, 0, -0.2011346473146109, 1, 0.2832749419950134, 0.001028140185138994],
[244.6114128175929, 618.2092417808595, 0, 1, 0.2835020366213097, 0, 0.001617575300426318, 0.07953410409631106, 0.7164979633786903, 1, 0.001028223085668631],
[244.4827373447357, 618.4925999874486, 0, 1, 0.2833021139405137, 0, 0.001616834219229613, 0.07949766608379508, 0.7166978860594863, 1, 0.0007955306379590891]
],
"NAMES": [
["Node276"],
["Node283"],
["Node242"],
["Node241"],
["Node298"],
["Node14"],
["Node17"],
["Node214"],
["Node221"],
["Node177"],
["Node191"],
["Node140"],
["Node444"],
["Node453"],
["Node462"],
["Node7"],
["Node6"],
["Node59"],
["Node110"],
["Node87"]
],
"RESOLVED": [
[244.53296386217, 618.2876907362825, 1, 0, 0.2834111151128771, 0.004089428207166563, 0, -0.2010719430727309, 1, 0.2834111151128771, 0.001028486161544642],
[244.53296386217, 618.2876907362825, 1, 0, 0.2834111151128771, 0.004089428207166563, 0, -0.2010719430727309, 1, 0.2834111151128771, 0.001029405521347617],
[243.2050786506639, 616.6439476965696, 0, 1, 0.2828462569572652, 0, 0.001621681366914295, 0.07973599412232413, 0.7171537430427348, 1, 0.001027670832565617],
[244.4567300838611, 618.3639245145914, 1, 0, 0.2833227609712573, 0.00409070349446689, 0, -0.2011346473146109, 1, 0.2833227609712573, 0.001028267376125016],
[244.4567300838611, 618.3639245145914, 1, 0, 0.2833227609712573, 0.00409070349446689, 0, -0.2011346473146109, 1, 0.2833227609712573, 0.001028223085668631],
[244.706986334924, 618.1136682635284, 0, 1, 0.2836128053156169, 0, 0.001617825411965582, 0.079546401760101, 0.7163871946843832, 1, 0.001027984234037974],
[244.5638506405822, 618.6969674108975, 0, 1, 0.2833023873278561, 0, 0.001616300148010692, 0.07947140648653903, 0.7166976126721439, 1, 0.001027532987977782],
[244.4731273151973, 618.3475272832552, 0, 1, 0.2833417651887025, 0, 0.001617213550434262, 0.07951631731289679, 0.7166582348112975, 1, 0.001028155515339322],
[244.53296386217, 618.2876907362825, 1, 0, 0.2834111151128771, 0.004089428207166563, 0, -0.2010719430727309, 1, 0.2834111151128771, 0.001028686504876116],
[244.53296386217, 618.6776276718754, 0, 1, 0.2832830901988829, 0, 0.001616350673230364, 0.07947389074682649, 0.7167169098011171, 1, 0.00102879220402721],
[244.6471497879513, 618.1735048105012, 1, 0, 0.2835434553914422, 0.004087519518893857, 0, -0.2009780953169394, 1, 0.2835434553914422, 0.001028263594734878],
[244.53296386217, 618.2876907362825, 1, 0, 0.2834111151128771, 0.004089428207166563, 0, -0.2010719430727309, 1, 0.2834111151128771, 0.001027977793889258],
[244.53296386217, 618.2876907362825, 1, 0, 0.2834111151128771, 0.004089428207166563, 0, -0.2010719430727309, 1, 0.2834111151128771, 0.001027910278599535],
[244.6114128175929, 618.259468298294, 0, 1, 0.2834855343608943, 0, 0.001617443890915919, 0.0795276428591269, 0.7165144656391057, 1, 0.001028356817494354],
[244.3589413894161, 618.4617132090365, 0, 1, 0.2832094249101375, 0, 0.001616914966023137, 0.07950163630013049, 0.7167905750898625, 1, 0.001031787965432694],
[243.53296386217, 616.2876907362825, 0, 1, 0.2832369315155649, 0, 0.001622618811038225, 0.07978208704827168, 0.7167630684844351, 1, 0.001029860827360119],
[244.4731273151973, 618.3475272832552, 0, 1, 0.2833417651887025, 0, 0.001617213550434262, 0.07951631731289679, 0.7166582348112975, 1, 0.001028878814503391],
[244.4567300838611, 618.5095752385645, 1, 0, 0.2832749419950134, 0.00409070349446689, 0, -0.2011346473146109, 1, 0.2832749419950134, 0.001028140185138994],
[244.6114128175929, 618.2092417808595, 0, 1, 0.2835020366213097, 0, 0.001617575300426318, 0.07953410409631106, 0.7164979633786903, 1, 0.001028223085668631],
[244.4827373447357, 618.4925999874486, 0, 1, 0.2833021139405137, 0, 0.001616834219229613, 0.07949766608379508, 0.7166978860594863, 1, 0.0007955306379590891]
]
},
"by-site":{
"AVERAGED": [
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 1, 0, 0.3333333333333334, 1, 0, -49.16871818910043, 1, 0.3333333333333334, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2, 0, 0, 0.305634372335998, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8995469651313658, 2, 0, 0, 0.3102370735666325, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.880326906054434, 1.119673093945566, 0, 0, 0.626775635351478, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5901814976677936, 2.309365467463572, 0, 0, 0.2035426584790825, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.291301447946114, 0, 0, 0.221508065624569, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7310907095949185, 1.408307107918268, 1, 1, 0.3417273326214433, 1.367819323752696, 0.7100723942792424, -32.34057341502635, 0.8832224301394336, 0.56667709538232, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6607509624463591, 2.33924903755364, 0, 1, 0.2202503208154531, 0, 0.4274876184392015, 21.01901824036679, 0.779749679184547, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.390750313276594, 1.268567725409889, 1, 0, 0.5229725414728986, 0.7190363291337392, 0, -35.35409463490208, 1, 0.5229725414728986, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.880326906054434, 1.119673093945566, 0, 0, 0.626775635351478, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.291301447946114, 0, 0, 0.221508065624569, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 1, 0, 0.3333333333333334, 1, 0, -49.16871818910043, 1, 0.3333333333333334, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 1, 0, 0.3333333333333334, 1, 0, -49.16871818910043, 1, 0.3333333333333334, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8995469651313658, 2, 0, 0, 0.3102370735666325, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9980353786328963, 1.598196568465496, 0, 1, 0.3844168776015268, 0, 0.6257052603736644, 30.76512561675041, 0.6155831223984731, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8995469651313658, 2, 0, 0, 0.3102370735666325, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5901814976677936, 1.529491596277773, 0, 0, 0.2784304331425125, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.227225835709109, 1.717464270130518, 0, 1, 0.4167589089511975, 0, 0.5822537431442493, 28.62867021120845, 0.5832410910488025, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.880326906054434, 1.119673093945566, 0, 0, 0.626775635351478, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.880326906054434, 0, 0, 0.347182813832001, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.880326906054434, 0, 0, 0.347182813832001, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.242136552159795, 1.70111995027832, 0, 0, 0.4220279649873677, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.291301447946114, 0, 0, 0.221508065624569, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9969750777281001, 2.003024922271899, 0, 1, 0.3323250259093668, 0, 0.4992449114740748, 24.54723235961118, 0.6676749740906331, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2, 0, 0, 0.305634372335998, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5901814976677936, 2.309365467463572, 0, 0, 0.2035426584790825, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5901814976677936, 2, 0, 0, 0.2278533369955714, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2, 0, 0, 0.305634372335998, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.291301447946114, 0, 0, 0.221508065624569, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5941481111462673, 2.307938456710946, 0, 1, 0.2047313535464116, 0, 0.4332871169472624, 21.30417214814774, 0.7952686464535884, 1, 0.02033813442429087],
[1.880326906054434, 1.119673093945566, 0, 0, 0.626775635351478, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.991171545562804, 2.008828454437196, 1, 1, 0.3303905151876014, 1.008907090277882, 0.4978025862741801, -25.13035332253798, 0.8908421074740713, 0.5516231378492742, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.590181497667793, 0, 0, 0.3860733315022143, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5901814976677936, 2.309365467463572, 0, 0, 0.2035426584790825, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5901814976677936, 2.309365467463572, 0, 0, 0.2035426584790825, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.590181497667793, 0, 0, 0.3860733315022143, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 1, 0, 0.3333333333333334, 1, 0, -49.16871818910043, 1, 0.3333333333333334, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.880326906054434, 0, 0, 0.347182813832001, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.880326906054434, 0, 0, 0.347182813832001, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.590181497667793, 0, 0, 0.3860733315022143, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.291301447946114, 0, 0, 0.221508065624569, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9909130708254079, 2.009086929174591, 0, 2, 0.3303043569418027, 0, 0.9954770851163097, 48.94633226179097, 0.4484922543311324, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2, 0, 0, 0.305634372335998, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7470794085135015, 2.252920591486498, 0, 0, 0.2490264695045005, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5917419743097855, 1.550169268851055, 0, 1, 0.2762682049497746, 0, 0.6450908427188562, 31.71828985201275, 0.7237317950502253, 1, 0.02033813442429087],
[1.242136552159795, 1.70111995027832, 0, 0, 0.4220279649873677, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[7.821462379317424, 18.83271231030791, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.002057531659925738],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7427610456905658, 2.156785919440801, 1, 1, 0.2561645162581163, 1.346328009259387, 0.4636528785663041, -43.40000475357558, 0.9343797406102452, 0.4467087731264779, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7470794085135015, 2.252920591486498, 0, 0, 0.2490264695045005, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8995469651313658, 2, 0, 0, 0.3102370735666325, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8995469651313658, 2, 0, 0, 0.3102370735666325, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8995469651313658, 2, 0, 0, 0.3102370735666325, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6577281125347142, 2.342271887465285, 1, 0, 0.2192427041782381, 1.520385066325139, 0, -74.75538486505752, 1, 0.2192427041782381, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087]
],
"RESOLVED": [
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 1, 0, 0.3333333333333334, 1, 0, -49.16871818910043, 1, 0.3333333333333334, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2, 0, 0, 0.305634372335998, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8995469651313658, 2, 0, 0, 0.3102370735666325, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.880326906054434, 1.119673093945566, 0, 0, 0.626775635351478, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5901814976677936, 2.309365467463572, 0, 0, 0.2035426584790825, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.291301447946114, 0, 0, 0.221508065624569, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7310907095949185, 1.408307107918268, 1, 1, 0.3417273326214433, 1.367819323752696, 0.7100723942792424, -32.34057341502635, 0.8832224301394336, 0.56667709538232, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6607509624463591, 2.33924903755364, 0, 1, 0.2202503208154531, 0, 0.4274876184392015, 21.01901824036679, 0.779749679184547, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.390750313276594, 1.268567725409889, 1, 0, 0.5229725414728986, 0.7190363291337392, 0, -35.35409463490208, 1, 0.5229725414728986, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.880326906054434, 1.119673093945566, 0, 0, 0.626775635351478, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.291301447946114, 0, 0, 0.221508065624569, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 1, 0, 0.3333333333333334, 1, 0, -49.16871818910043, 1, 0.3333333333333334, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 1, 0, 0.3333333333333334, 1, 0, -49.16871818910043, 1, 0.3333333333333334, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8995469651313658, 2, 0, 0, 0.3102370735666325, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9980353786328963, 1.598196568465496, 0, 1, 0.3844168776015268, 0, 0.6257052603736644, 30.76512561675041, 0.6155831223984731, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8995469651313658, 2, 0, 0, 0.3102370735666325, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5901814976677936, 1.529491596277773, 0, 0, 0.2784304331425125, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.227225835709109, 1.717464270130518, 0, 1, 0.4167589089511975, 0, 0.5822537431442493, 28.62867021120845, 0.5832410910488025, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.880326906054434, 1.119673093945566, 0, 0, 0.626775635351478, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.880326906054434, 0, 0, 0.347182813832001, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.880326906054434, 0, 0, 0.347182813832001, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.242136552159795, 1.70111995027832, 0, 0, 0.4220279649873677, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.291301447946114, 0, 0, 0.221508065624569, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9969750777281001, 2.003024922271899, 0, 1, 0.3323250259093668, 0, 0.4992449114740748, 24.54723235961118, 0.6676749740906331, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2, 0, 0, 0.305634372335998, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5901814976677936, 2.309365467463572, 0, 0, 0.2035426584790825, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5901814976677936, 2, 0, 0, 0.2278533369955714, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2, 0, 0, 0.305634372335998, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.291301447946114, 0, 0, 0.221508065624569, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5941481111462673, 2.307938456710946, 0, 1, 0.2047313535464116, 0, 0.4332871169472624, 21.30417214814774, 0.7952686464535884, 1, 0.02033813442429087],
[1.880326906054434, 1.119673093945566, 0, 0, 0.626775635351478, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.991171545562804, 2.008828454437196, 1, 1, 0.3303905151876014, 1.008907090277882, 0.4978025862741801, -25.13035332253798, 0.8908421074740713, 0.5516231378492742, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.590181497667793, 0, 0, 0.3860733315022143, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5901814976677936, 2.309365467463572, 0, 0, 0.2035426584790825, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5901814976677936, 2.309365467463572, 0, 0, 0.2035426584790825, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.590181497667793, 0, 0, 0.3860733315022143, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 1, 0, 0.3333333333333334, 1, 0, -49.16871818910043, 1, 0.3333333333333334, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.880326906054434, 0, 0, 0.347182813832001, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.880326906054434, 0, 0, 0.347182813832001, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 1.590181497667793, 0, 0, 0.3860733315022143, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.291301447946114, 0, 0, 0.221508065624569, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9909130708254079, 2.009086929174591, 0, 2, 0.3303043569418027, 0, 0.9954770851163097, 48.94633226179097, 0.4484922543311324, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2, 0, 0, 0.305634372335998, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 1.819637004664413, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7470794085135015, 2.252920591486498, 0, 0, 0.2490264695045005, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.5917419743097855, 1.550169268851055, 0, 1, 0.2762682049497746, 0, 0.6450908427188562, 31.71828985201275, 0.7237317950502253, 1, 0.02033813442429087],
[1.242136552159795, 1.70111995027832, 0, 0, 0.4220279649873677, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2, 0, 0, 0.2458394056821177, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[7.821462379317424, 18.83271231030791, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.002057531659925738],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7427610456905658, 2.156785919440801, 1, 1, 0.2561645162581163, 1.346328009259387, 0.4636528785663041, -43.40000475357558, 0.9343797406102452, 0.4467087731264779, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7470794085135015, 2.252920591486498, 0, 0, 0.2490264695045005, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.377024039659908, 0, 0, 0.3503601835617438, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[1.394604108777659, 1.257350945714342, 0, 0, 0.5258777317569601, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 2.156897910845708, 0, 0, 0.256125892498524, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8995469651313658, 2, 0, 0, 0.3102370735666325, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.2573509457143424, 2.742649054285658, 0, 0, 0.08578364857144745, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8995469651313658, 2, 0, 0, 0.3102370735666325, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.742649054285658, 1.847532443382136, 0, 0, 0.2867169945250327, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8995469651313658, 2, 0, 0, 0.3102370735666325, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.7086985520538863, 2.291301447946114, 0, 0, 0.2362328506846288, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6519550544920015, 2.348044945507998, 0, 0, 0.2173183514973339, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.6577281125347142, 2.342271887465285, 1, 0, 0.2192427041782381, 1.520385066325139, 0, -74.75538486505752, 1, 0.2192427041782381, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.9999999999999998, 2, 0, 0, 0.3333333333333334, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087],
[0.8803269060544339, 2.119673093945566, 0, 0, 0.2934423020181446, 0, 0, 0, 1, 1, 0.02033813442429087]
]
}
}
},
"headers": [
["ES", "Expected synonymous sites"],
["EN", "Expected non-synonymous sites"],
["S", "Inferred synonymous substitutions"],
["N", "Inferred non-synonymous substitutions"],
["P[S]", "Expected proportion of synonymous sites"],
["dS", "Inferred synonymous susbsitution rate"],
["dN", "Inferred non-synonymous susbsitution rate"],
["dN-dS", "Scaled by the length of the tested branches"],
["P [dN/dS > 1]", "Binomial probability that S is no greater than the observed value, with Ps probability of success"],
["P [dN/dS < 1]", "Binomial probability that S is no less than the observed value, with Ps probability of success"],
["Total branch length", "The total length of branches contributing to inference at this site, and used to scale dN-dS"]
]
},
"analysis":{
"authors":"Sergei L Kosakovsky Pond and Simon DW Frost",
"citation":"Not So Different After All: A Comparison of Methods for Detecting Amino Acid Sites Under Selection (2005). _Mol Biol Evol_ 22 (5): 1208-1222",
"contact":"spond@temple.edu",
"info":"SLAC (Single Likelihood Ancestor Counting)\n uses a maximum likelihood ancestral state reconstruction\n and minimum path substitution counting to estimate site - level\n dS and dN,\n and applies a simple binomial - based test to test\n if dS differs drom dN.\n The estimates aggregate information over all branches,\n so the signal is derived from\n pervasive diversification or conservation. A subset of branches can be selected\n for testing as well.\n Multiple partitions within a NEXUS file are also supported\n for recombination - aware analysis.\n ",
"requirements":"in-frame codon alignment and a phylogenetic tree",
"version":"2.00"
},
"branch attributes":{
"0":{
"Node110":{
"Global MG94xREV":0.001028223085668631,
"Nucleotide GTR":0.001119168974676861,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "R", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AGA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node14":{
"Global MG94xREV":0.001027984234037974,
"Nucleotide GTR":0.001118908996722361,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "R", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "CGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node140":{
"Global MG94xREV":0.001027977793889258,
"Nucleotide GTR":0.001118901986945265,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTG", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node17":{
"Global MG94xREV":0.001027532987977782,
"Nucleotide GTR":0.001118417838142524,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "H", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAT", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node177":{
"Global MG94xREV":0.00102879220402721,
"Nucleotide GTR":0.001119788431309103,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "K", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "AAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node191":{
"Global MG94xREV":0.001028263594734878,
"Nucleotide GTR":0.001119213066752567,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAC", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node214":{
"Global MG94xREV":0.001028155515339322,
"Nucleotide GTR":0.001119095427781032,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "F", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "TTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node221":{
"Global MG94xREV":0.001028686504876116,
"Nucleotide GTR":0.001119673383113626,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCT", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node241":{
"Global MG94xREV":0.001028267376125016,
"Nucleotide GTR":0.001119217182605036,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAG", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node242":{
"Global MG94xREV":0.001027670832565617,
"Nucleotide GTR":0.001118567875024777,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "F", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAG", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTT", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node255":{
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "F", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "TTC", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node276":{
"Global MG94xREV":0.001028486161544642,
"Nucleotide GTR":0.001119455319500783,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCT", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node283":{
"Global MG94xREV":0.001029405521347617,
"Nucleotide GTR":0.001120455996282306,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCA", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node298":{
"Global MG94xREV":0.001028223085668631,
"Nucleotide GTR":0.001119168974676861,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAG", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node444":{
"Global MG94xREV":0.001027910278599535,
"Nucleotide GTR":0.001118828499957249,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTC", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node453":{
"Global MG94xREV":0.001028356817494354,
"Nucleotide GTR":0.001119314535024963,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "R", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AGG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node462":{
"Global MG94xREV":0.001031787965432694,
"Nucleotide GTR":0.001123049166520443,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "H", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CAT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node59":{
"Global MG94xREV":0.001028140185138994,
"Nucleotide GTR":0.001119078741631088,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTG", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node6":{
"Global MG94xREV":0.001028878814503391,
"Nucleotide GTR":0.001119882702444592,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "H", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CAC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node7":{
"Global MG94xREV":0.001029860827360119,
"Nucleotide GTR":0.001120951573915485,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "N", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "AAC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node87":{
"Global MG94xREV":0.0007955306379590891,
"Nucleotide GTR":0.0008658949802024128,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "R", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "AGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_402121_Hubei_20191230_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00115014043909077,
"Nucleotide GTR":0.001120525545228019,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCA", "TGG", "CAA", "CCA", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_402121_Hubei_20191230_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_402127_Hubei_20191230_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149060271759329,
"Nucleotide GTR":0.00111947319105729,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "N", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "AAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_402127_Hubei_20191230_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_414007_England_20200228_null_3":{
"Global MG94xREV":0.00114846523278399,
"Nucleotide GTR":0.001118893473703118,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAC", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_414007_England_20200228_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_414567_Hong_Kong_20200210_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148776041560649,
"Nucleotide GTR":0.001119196279484125,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "S", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "TCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_414567_Hong_Kong_20200210_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_414588_Minnesota_20200305_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149380015750739,
"Nucleotide GTR":0.001119784701980765,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "F", "F", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "TTC", "TTT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_414588_Minnesota_20200305_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_414590_Minnesota_20200309_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148377827596351,
"Nucleotide GTR":0.00111880831910616,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "F", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTC", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TTT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_414590_Minnesota_20200309_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_415453_Wales_20200310_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148466118377126,
"Nucleotide GTR":0.001118894336493173,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "P", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CCT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_415453_Wales_20200310_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_415622_Washington_20200309_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148776956904852,
"Nucleotide GTR":0.001119197171259188,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "F", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TTC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_415622_Washington_20200309_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_415644_Tbilisi_20200228_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149822166542371,
"Nucleotide GTR":0.001120215467859459,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "K", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "AAA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_415644_Tbilisi_20200228_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_415742_Taoyuan_20200227_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149060271759329,
"Nucleotide GTR":0.00111947319105729,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "S", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "AGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_415742_Taoyuan_20200227_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_416153_Copenhagen_20200302_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148970457936201,
"Nucleotide GTR":0.001119385689844647,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "G", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GGT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_416153_Copenhagen_20200302_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_416383_Shanghai_20200201_null_1":{
"Global MG94xREV":0.002299647865794557,
"Nucleotide GTR":0.002240434377465209,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "G", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "S", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GGT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "AGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_416383_Shanghai_20200201_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_416429_Vinhphuc_20200211_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148705497050365,
"Nucleotide GTR":0.001119127551420002,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "S", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "TCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_416429_Vinhphuc_20200211_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_416704_Washington_20200315_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148661053730538,
"Nucleotide GTR":0.001119084252468424,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "E", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAG", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_416704_Washington_20200315_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_417538_Reykjavik_20200317_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148465232758035,
"Nucleotide GTR":0.001118893473677832,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "CTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_417538_Reykjavik_20200317_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_417979_Madrid_20200303_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148297442072208,
"Nucleotide GTR":0.001118730003423826,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "G", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "GGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_417979_Madrid_20200303_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_418022_Portugal_20200315_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148297442072208,
"Nucleotide GTR":0.001118730003423826,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAG", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_418022_Portugal_20200315_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_418251_Madrid_20200225_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148776942068823,
"Nucleotide GTR":0.001119197156805172,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "F", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TTT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_418251_Madrid_20200225_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_418252_Madrid_20200304_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001152651040759214,
"Nucleotide GTR":0.001122971501571928,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "-", "D", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "---", "GAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_418252_Madrid_20200304_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_418357_Ontario_20200312_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTG", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_418357_Ontario_20200312_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_418692_England_20200317_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148776934614766,
"Nucleotide GTR":0.00111919714954305,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCT", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_418692_England_20200317_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_419251_Hong_Kong_20200226_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148978652236426,
"Nucleotide GTR":0.001119393673150348,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "E", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAA", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_419251_Hong_Kong_20200226_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_419699_New_York_20200318_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148466118377126,
"Nucleotide GTR":0.001118894336493173,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "CTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_419699_New_York_20200318_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_419840_Victoria_20200316_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148776041560649,
"Nucleotide GTR":0.001119196279484125,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "TTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_419840_Victoria_20200316_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_419884_Victoria_20200319_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00114829656214177,
"Nucleotide GTR":0.001118729146150662,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAG", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_419884_Victoria_20200319_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_419936_Victoria_20200321_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149070491343343,
"Nucleotide GTR":0.001119483147497875,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "S", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "AGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_419936_Victoria_20200321_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_420057_Hauts_de_France_20200322_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00114871819327534,
"Nucleotide GTR":0.001119139920730679,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "T", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTG", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "ACA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_420057_Hauts_de_France_20200322_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_420115_Comunitat_Valenciana_20200309_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148975704194449,
"Nucleotide GTR":0.001119390801017319,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "I", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ATT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_420115_Comunitat_Valenciana_20200309_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_420179_England_20200327_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148975681742256,
"Nucleotide GTR":0.001119390779143247,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "V", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GTT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_420179_England_20200327_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_420282_England_20200321_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001153034693906044,
"Nucleotide GTR":0.001123345276057998,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCA", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_420282_England_20200321_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_420298_New_York_20200319_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149377600759801,
"Nucleotide GTR":0.001119782349173277,
"amino-acid": [
["S", "N", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AAT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_420298_New_York_20200319_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_420431_Saint_Saulve_20200324_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149800837889448,
"Nucleotide GTR":0.001120194688396679,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCA", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_420431_Saint_Saulve_20200324_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_420841_Sud_Kivu_20200322_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0011482960716474,
"Nucleotide GTR":0.001118728668286,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "S", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AGC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_420841_Sud_Kivu_20200322_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_420943_Wales_20200321_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148975689221302,
"Nucleotide GTR":0.001119390786429716,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "F", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "TTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_420943_Wales_20200321_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_421178_Madrid_20200327_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149267680472988,
"Nucleotide GTR":0.00111967525921702,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "T", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "ACT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_421178_Madrid_20200327_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_421236_Hangzhou_20200120_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148296064813205,
"Nucleotide GTR":0.001118728661627779,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGG", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_421236_Hangzhou_20200120_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_421245_Jiangxi_20200125_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001152305376273189,
"Nucleotide GTR":0.001122634737579024,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "K", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "AAG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_421245_Jiangxi_20200125_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_421253_Jiangxi_20200126_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148661053730538,
"Nucleotide GTR":0.001119084252468424,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACG", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_421253_Jiangxi_20200126_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_421288_Wisconsin_20200326_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149214323038868,
"Nucleotide GTR":0.001119623275680115,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "Y", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "TAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_421288_Wisconsin_20200326_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_421511_Hauts_de_France_20200323_null_4":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTG", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_421511_Hauts_de_France_20200323_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_422507_New_York_20200320_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148705497050365,
"Nucleotide GTR":0.001119127551420002,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "I", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "ATT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_422507_New_York_20200320_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_422534_New_York_20200319_null_3":{
"Global MG94xREV":0.00114849373455087,
"Nucleotide GTR":0.001118921241579796,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "T", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ACC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_422534_New_York_20200319_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_422804_Netherlands_20200307_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001148493734614991,
"Nucleotide GTR":0.001118921241642265,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAC", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_422804_Netherlands_20200307_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_422849_Netherlands_20200316_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149070444136334,
"Nucleotide GTR":0.001119483101506398,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "T", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "ACA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_422849_Netherlands_20200316_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_422875_Noord_Brabant_20200311_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001148492765186517,
"Nucleotide GTR":0.001118920297175544,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "A", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GCG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_422875_Noord_Brabant_20200311_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_422957_Zuid_Holland_20200329_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001150267129517952,
"Nucleotide GTR":0.001120648973511354,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "K", "N", "Y", "G", "D", "S", "T", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "AAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "ACA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_422957_Zuid_Holland_20200329_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_423092_England_20200324_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149377600759801,
"Nucleotide GTR":0.001119782349173277,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTA", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_423092_England_20200324_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_423107_England_20200323_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0011482960716474,
"Nucleotide GTR":0.001118728668286,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGG", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_423107_England_20200323_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_423217_England_20200325_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148975689269204,
"Nucleotide GTR":0.001119390786476386,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "V", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GTT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_423217_England_20200325_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_423319_England_20200326_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148975681679868,
"Nucleotide GTR":0.001119390779082467,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "V", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GTC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_423319_England_20200326_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_423445_England_20200327_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148492831531055,
"Nucleotide GTR":0.001118920361811779,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCC", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_423445_England_20200327_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_423903_England_20200318_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148975704132095,
"Nucleotide GTR":0.00111939080095657,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "V", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GTT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_423903_England_20200318_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_424099_England_20200313_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148705496998471,
"Nucleotide GTR":0.001119127551369446,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "Y", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "TAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_424099_England_20200313_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_424140_England_20200321_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148705496995773,
"Nucleotide GTR":0.001119127551366816,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "D", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAT", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_424140_England_20200321_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_424185_USA_20200318_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001152474699538176,
"Nucleotide GTR":0.001122799700949905,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "-", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "L", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "---", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "CTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_424185_USA_20200318_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_424440_Reykjavik_20200319_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148973790060945,
"Nucleotide GTR":0.001119388936170719,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "I", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ATA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_424440_Reykjavik_20200319_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_424973_Taoyuan_20200317_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148705496998471,
"Nucleotide GTR":0.001119127551369446,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "C", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGT", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_424973_Taoyuan_20200317_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_425797_Scotland_20200306_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001148776041530809,
"Nucleotide GTR":0.001119196279455054,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAT", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_425797_Scotland_20200306_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_426011_Scotland_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001152213835536258,
"Nucleotide GTR":0.001122545553918774,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCT", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_426011_Scotland_20200331_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_426773_Victoria_20200322_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0011482960716474,
"Nucleotide GTR":0.001118728668286,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "R", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CGA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_426773_Victoria_20200322_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_427032_Victoria_20200330_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148975696551868,
"Nucleotide GTR":0.001119390793571528,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "TTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_427032_Victoria_20200330_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_427158_Victoria_20200330_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148295141011653,
"Nucleotide GTR":0.001118727761613134,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "A", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "GCG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_427158_Victoria_20200330_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_427291_Ohio_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001176256469533245,
"Nucleotide GTR":0.001145969115644409,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "-", "-", "-", "-", "-", "-", "-", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAC", "---", "---", "---", "---", "---", "---", "---", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_427291_Ohio_20200331_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_427380_Liege_20200408_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001149480691522754,
"Nucleotide GTR":0.001119882785458654,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "I", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ATA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_427380_Liege_20200408_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_427527_New_York_20200312_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "R", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AGA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_427527_New_York_20200312_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_427775_New_South_Wales_20200325_null_11":{
"Global MG94xREV":0.001148895791790471,
"Nucleotide GTR":0.001119312946272808,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACT", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_427775_New_South_Wales_20200325_null_11",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_428286_Wisconsin_20200323_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001148975681679868,
"Nucleotide GTR":0.001119390779082467,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "I", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ATT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_428286_Wisconsin_20200323_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_428306_Wisconsin_20200324_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148493734614991,
"Nucleotide GTR":0.001118921241642265,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAC", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_428306_Wisconsin_20200324_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_428347_Ile_De_France_20200323_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0011482960716474,
"Nucleotide GTR":0.001118728668286,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTG", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_428347_Ile_De_France_20200323_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_429598_Washington_20200331_null_3":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "H", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CAT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_429598_Washington_20200331_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_429607_Washington_20200331_null_6":{
"Global MG94xREV":0.001149195522427082,
"Nucleotide GTR":0.001119604959164099,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "H", "G", "C", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CAT", "GGA", "TGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_429607_Washington_20200331_null_6",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_429640_Connecticut_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148468167274957,
"Nucleotide GTR":0.001118896332634062,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "I", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "ATA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_429640_Connecticut_20200407_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_430234_Washington_20200319_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148466118377126,
"Nucleotide GTR":0.001118894336493173,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCC", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_430234_Washington_20200319_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_430394_New_Jersey_20200409_null_2":{
"Global MG94xREV":0.00114922709842944,
"Nucleotide GTR":0.001119635722117958,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "F", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "TTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_430394_New_Jersey_20200409_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_430398_New_York_20200410_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0011482960716474,
"Nucleotide GTR":0.001118728668286,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "M", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATG", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_430398_New_York_20200410_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_430679_Victoria_20200410_null_9":{
"Global MG94xREV":0.001148776041530809,
"Nucleotide GTR":0.001119196279455054,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAT", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_430679_Victoria_20200410_null_9",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_430719_Madrid_20200311_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001152213835669924,
"Nucleotide GTR":0.001122545554048998,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "I"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "ATC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1]
],
"original name":"epi_isl_430719_Madrid_20200311_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_430802_Buenos_Aires_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001152305453827759,
"Nucleotide GTR":0.001122634813136647,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "M", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "ATG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_430802_Buenos_Aires_20200331_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_430818_Ciudad_Autonoma_de_Buenos_Aires_20200419_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149070443894443,
"Nucleotide GTR":0.001119483101270735,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "S", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "AGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_430818_Ciudad_Autonoma_de_Buenos_Aires_20200419_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_430867_Washington_20200311_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148975689269204,
"Nucleotide GTR":0.001119390786476386,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "L", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CTC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_430867_Washington_20200311_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_431781_Fujian_20200319_null_1":{
"Global MG94xREV":0.002304961449531762,
"Nucleotide GTR":0.002245611142068802,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "F", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTT", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTT", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_431781_Fujian_20200319_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_432626_England_20200401_null_10":{
"Global MG94xREV":0.00114824102691159,
"Nucleotide GTR":0.001118675040893632,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCC", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_432626_England_20200401_null_10",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_432942_England_20200330_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAG", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_432942_England_20200330_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_433194_Scotland_20200419_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148775996892112,
"Nucleotide GTR":0.001119196235965757,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "F", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TTT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_433194_Scotland_20200419_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_433893_England_20200410_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148546104094346,
"Nucleotide GTR":0.001118972262663189,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "V", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "F", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAG", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GTA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTT", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_433893_England_20200410_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434077_Washington_20200404_null_2":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "H", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CAC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434077_Washington_20200404_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434340_Washington_20200325_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00114829656214177,
"Nucleotide GTR":0.001118729146150662,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "G", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "GGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434340_Washington_20200325_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434370_Antwerp_20200405_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148297442067796,
"Nucleotide GTR":0.001118730003419528,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "G", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GGT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434370_Antwerp_20200405_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434383_Antwerp_20200410_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148705496998471,
"Nucleotide GTR":0.001119127551369446,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "F", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "TTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434383_Antwerp_20200410_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434554_Manila_20200326_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148661053730538,
"Nucleotide GTR":0.001119084252468424,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGG", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434554_Manila_20200326_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434602_Virginia_20200408_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001149019305266437,
"Nucleotide GTR":0.001119433279408047,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "N", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "AAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434602_Virginia_20200408_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434622_Occitanie_20200301_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148297456532978,
"Nucleotide GTR":0.001118730017512245,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "S", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AGT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434622_Occitanie_20200301_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434941_Texas_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148466125116379,
"Nucleotide GTR":0.001118894343058896,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "CTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434941_Texas_20200401_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434955_Texas_20200330_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001148776942068823,
"Nucleotide GTR":0.001119197156805172,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "F", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "TTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434955_Texas_20200330_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_435006_Texas_20200401_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001149060271759329,
"Nucleotide GTR":0.00111947319105729,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "I", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATA", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_435006_Texas_20200401_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_435126_United_Arab_Emirates_20200225_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148465169180888,
"Nucleotide GTR":0.001118893411737728,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAC", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_435126_United_Arab_Emirates_20200225_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_435360_Utah_20200403_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001148776041560649,
"Nucleotide GTR":0.001119196279484125,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "L", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TTA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_435360_Utah_20200403_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_435397_Iowa_20200421_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148812637912819,
"Nucleotide GTR":0.001119231933519126,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "R", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "H", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "CGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAT", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_435397_Iowa_20200421_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_435551_Louisiana_20200425_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148661053730538,
"Nucleotide GTR":0.001119084252468424,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "V", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "GTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_435551_Louisiana_20200425_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_436250_Comunitat_Valenciana_20200319_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001150414552876123,
"Nucleotide GTR":0.001120792600874743,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "I", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "ATC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_436250_Comunitat_Valenciana_20200319_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_436390_Comunitat_Valenciana_20200317_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149019305266437,
"Nucleotide GTR":0.001119433279408047,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "I", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "ATT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_436390_Comunitat_Valenciana_20200317_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_436404_Comunitat_Valenciana_20200322_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148466118377126,
"Nucleotide GTR":0.001118894336493173,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAC", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_436404_Comunitat_Valenciana_20200322_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_436574_Wisconsin_20200403_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149609474264097,
"Nucleotide GTR":0.001120008252181287,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCT", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCT", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_436574_Wisconsin_20200403_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_436928_Utah_20200415_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001149159642038063,
"Nucleotide GTR":0.001119570002656963,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "I", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "ATT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_436928_Utah_20200415_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_436937_Utah_20200415_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00114846523278399,
"Nucleotide GTR":0.001118893473703118,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATC", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_436937_Utah_20200415_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_436998_Unknown_20200325_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148776956904852,
"Nucleotide GTR":0.001119197171259188,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "I", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ATT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_436998_Unknown_20200325_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437278_Bavaria_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00114922709842944,
"Nucleotide GTR":0.001119635722117958,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "Y", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "TAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437278_Bavaria_20200401_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437458_Indiana_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148705496998471,
"Nucleotide GTR":0.001119127551369446,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "S", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "TCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437458_Indiana_20200407_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437473_Madinah_20200329_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148776041560649,
"Nucleotide GTR":0.001119196279484125,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "TTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437473_Madinah_20200329_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437535_Oregon_20200408_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001149019305266437,
"Nucleotide GTR":0.001119433279408047,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "N", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "AAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437535_Oregon_20200408_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437540_Louisiana_20200412_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148493734614991,
"Nucleotide GTR":0.001118921241642265,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "P", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "CCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437540_Louisiana_20200412_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437695_Makkah_20200405_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00114829656214177,
"Nucleotide GTR":0.001118729146150662,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "G", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GGT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437695_Makkah_20200405_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437740_Madinah_20200420_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148776942006115,
"Nucleotide GTR":0.00111919715674408,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATT", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437740_Madinah_20200420_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437777_Virginia_20200416_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148143341192295,
"Nucleotide GTR":0.001118579870477782,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "R", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "S", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AGG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "TCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437777_Virginia_20200416_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437802_Virginia_20200413_null_11":{
"Global MG94xREV":0.00114866805298242,
"Nucleotide GTR":0.00111909107149701,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "F", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTT", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437802_Virginia_20200413_null_11",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437823_Washington_20200331_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001152213880688045,
"Nucleotide GTR":0.001122545597907951,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "N", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAT", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437823_Washington_20200331_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437886_Athens_20200317_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148661053734726,
"Nucleotide GTR":0.001119084252472503,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "K", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAG", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437886_Athens_20200317_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_438282_England_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149012704558498,
"Nucleotide GTR":0.00111942684866132,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "F", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "TTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_438282_England_20200331_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_438391_England_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148464293519725,
"Nucleotide GTR":0.00111889255862391,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCC", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_438391_England_20200331_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_438460_England_20200330_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149059398783933,
"Nucleotide GTR":0.001119472340560082,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "K", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AAA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_438460_England_20200330_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_438617_England_20200421_null_7":{
"Global MG94xREV":0.001148775053335156,
"Nucleotide GTR":0.00111919531670439,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAT", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_438617_England_20200421_null_7",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0]
]
},
"epi_isl_439342_Scotland_20200430_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148464293519725,
"Nucleotide GTR":0.00111889255862391,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAC", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439342_Scotland_20200430_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439386_England_20200331_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148975689221302,
"Nucleotide GTR":0.001119390786429716,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "V", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GTA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439386_England_20200331_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439438_England_20200331_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001149903475341946,
"Nucleotide GTR":0.001120294683043865,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "S", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "TCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439438_England_20200331_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439503_England_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149767688104552,
"Nucleotide GTR":0.00112016239218351,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCT", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTT", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439503_England_20200331_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439569_England_20200323_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148491849110422,
"Nucleotide GTR":0.001118919404687434,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAC", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439569_England_20200323_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439916_England_20200329_null_3":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "F", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAG", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTT", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439916_England_20200329_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439940_England_20200324_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148493734591994,
"Nucleotide GTR":0.001118921241619861,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGC", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439940_England_20200324_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440082_England_20200323_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148691484273315,
"Nucleotide GTR":0.001119113899457068,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAC", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440082_England_20200323_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440594_England_20200402_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148466139637859,
"Nucleotide GTR":0.001118894357206464,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAC", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440594_England_20200402_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440822_England_20200401_null_3":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "H", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAT", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440822_England_20200401_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440831_England_20200401_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001148296499277669,
"Nucleotide GTR":0.001118729084905245,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTG", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440831_England_20200401_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440923_England_20200424_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148973790060945,
"Nucleotide GTR":0.001119388936170719,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "S", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "TCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440923_England_20200424_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440982_England_20200331_null_4":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCT", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440982_England_20200331_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_441103_England_20200401_null_6":{
"Global MG94xREV":0.001148705496998471,
"Nucleotide GTR":0.001119127551369446,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "F", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "TTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_441103_England_20200401_null_6",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_441132_England_20200402_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001149377600759801,
"Nucleotide GTR":0.001119782349173277,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "I", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "ATC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_441132_England_20200402_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_441213_England_20200403_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148466118377126,
"Nucleotide GTR":0.001118894336493173,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCC", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_441213_England_20200403_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_441368_Northern_Ireland_20200323_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001148705497050365,
"Nucleotide GTR":0.001119127551420002,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACT", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_441368_Northern_Ireland_20200323_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_441705_England_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148466118377126,
"Nucleotide GTR":0.001118894336493173,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "T", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ACT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_441705_England_20200407_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_441813_England_20200403_null_2":{
"Global MG94xREV":0.003466920174687573,
"Nucleotide GTR":0.003377650665056923,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "N", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTA", "AAC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_441813_England_20200403_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442094_England_20200404_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148095184502064,
"Nucleotide GTR":0.00111853295377114,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "N", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAC", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442094_England_20200404_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442118_England_20200406_null_11":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "K", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "AAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442118_England_20200406_null_11",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442397_England_20200326_null_20":{
"Global MG94xREV":0.001148705496998471,
"Nucleotide GTR":0.001119127551369446,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "I", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "ATA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442397_England_20200326_null_20",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442413_England_20200410_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001148776956904852,
"Nucleotide GTR":0.001119197171259188,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTT", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442413_England_20200410_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442428_England_20200324_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148466139637859,
"Nucleotide GTR":0.001118894357206464,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTC", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442428_England_20200324_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442485_England_20200326_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001148776956901535,
"Nucleotide GTR":0.001119197171255958,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAT", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442485_England_20200326_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442548_England_20200412_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148434656884331,
"Nucleotide GTR":0.001118863685100378,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCC", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442548_England_20200412_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442945_England_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148705496995773,
"Nucleotide GTR":0.001119127551366816,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "F", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTT", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442945_England_20200407_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443003_England_20200407_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148776956901535,
"Nucleotide GTR":0.001119197171255958,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTT", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443003_England_20200407_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443246_Singapore_20200408_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148466118377126,
"Nucleotide GTR":0.001118894336493173,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "T", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ACT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443246_Singapore_20200408_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443257_Minnesota_20200330_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148426586742756,
"Nucleotide GTR":0.001118855822756371,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGC", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443257_Minnesota_20200330_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443307_Bourgogne_Franche_comte_20200409_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCA", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443307_Bourgogne_Franche_comte_20200409_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443332_England_20200415_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001148776934614766,
"Nucleotide GTR":0.00111919714954305,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAT", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443332_England_20200415_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443386_England_20200413_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148297456532978,
"Nucleotide GTR":0.001118730017512245,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "D", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "GAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0]
],
"original name":"epi_isl_443386_England_20200413_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443487_England_20200412_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001148776041560649,
"Nucleotide GTR":0.001119196279484125,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "M", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ATG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443487_England_20200412_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443522_England_20200414_null_13":{
"Global MG94xREV":0.001149302084007162,
"Nucleotide GTR":0.001119708776896754,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCT", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443522_England_20200414_null_13",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443523_England_20200414_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00114929286749345,
"Nucleotide GTR":0.001119699797698473,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "C", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "TGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443523_England_20200414_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443600_England_20200414_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148297442067796,
"Nucleotide GTR":0.001118730003419528,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "S", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AGT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443600_England_20200414_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443664_England_20200414_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001148297442067796,
"Nucleotide GTR":0.001118730003419528,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "V", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "GTT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443664_England_20200414_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443965_England_20200329_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001148945983661913,
"Nucleotide GTR":0.001119361845756907,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "S", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "TCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443965_England_20200329_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444166_England_20200410_null_18":{
"Global MG94xREV":0.001148705496995773,
"Nucleotide GTR":0.001119127551366816,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "N", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAT", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444166_England_20200410_null_18",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444225_England_20200415_null_7":{
"Global MG94xREV":0.001149680833458004,
"Nucleotide GTR":0.001120077773951796,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "V", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GTA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444225_England_20200415_null_7",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444434_England_20200101_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148837591976707,
"Nucleotide GTR":0.001119256245042391,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "I", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "ATT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444434_England_20200101_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444441_England_20200417_null_7":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "N", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "AAC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444441_England_20200417_null_7",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444449_England_20200415_null_10":{
"Global MG94xREV":0.001148705497050365,
"Nucleotide GTR":0.001119127551420002,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "I", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATT", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444449_England_20200415_null_10",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444467_Gujarat_20200429_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001148776041560649,
"Nucleotide GTR":0.001119196279484125,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "L", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CTA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444467_Gujarat_20200429_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444524_Illinois_20200317_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001150727327066039,
"Nucleotide GTR":0.001121097321461706,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "L", "N", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CTA", "AAC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444524_Illinois_20200317_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444647_New_York_20200329_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149834948257259,
"Nucleotide GTR":0.001120227920458774,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "T", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "ACT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444647_New_York_20200329_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444680_New_York_20200330_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148577298092274,
"Nucleotide GTR":0.001119002653448824,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "S", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "TCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444680_New_York_20200330_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444734_New_York_20200402_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148297456532978,
"Nucleotide GTR":0.001118730017512245,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "S", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AGT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444734_New_York_20200402_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445076_Luxembourg_20200422_null_8":{
"Global MG94xREV":0.00114933598383782,
"Nucleotide GTR":0.001119741803842804,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTA", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445076_Luxembourg_20200422_null_8",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445088_Iran_20200326_null_7":{
"Global MG94xREV":0.0002608072738646331,
"Nucleotide GTR":0.0002540917637655004,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "R", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "AGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445088_Iran_20200326_null_7",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445106_California_20200325_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148464293519725,
"Nucleotide GTR":0.00111889255862391,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "T", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ACA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445106_California_20200325_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445124_Louisiana_20200402_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148912217380104,
"Nucleotide GTR":0.001119328948920967,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "L", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CTA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445124_Louisiana_20200402_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445125_Louisiana_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148776956901535,
"Nucleotide GTR":0.001119197171255958,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "V", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GTG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445125_Louisiana_20200401_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445153_Louisiana_20200408_null_9":{
"Global MG94xREV":0.001148776934614766,
"Nucleotide GTR":0.00111919714954305,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAT", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445153_Louisiana_20200408_null_9",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445182_California_20200412_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148414056872026,
"Nucleotide GTR":0.001118843615516494,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCG", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445182_California_20200412_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445225_Stockholm_20200330_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148776942002824,
"Nucleotide GTR":0.001119197156740872,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCT", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445225_Stockholm_20200330_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445334_Puerto_Montt_20200329_null_6":{
"Global MG94xREV":0.001148776956901535,
"Nucleotide GTR":0.001119197171255958,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAT", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445334_Puerto_Montt_20200329_null_6",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445410_Wales_20200403_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149832908283366,
"Nucleotide GTR":0.001120225933012039,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "Q", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAA", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445410_Wales_20200403_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445770_Wales_20200408_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001149060264271981,
"Nucleotide GTR":0.001119473183762732,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAA", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445770_Wales_20200408_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446054_Wales_20200410_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001149060271759329,
"Nucleotide GTR":0.00111947319105729,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "Y", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TAT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446054_Wales_20200410_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446081_Wales_20200416_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001148776041560649,
"Nucleotide GTR":0.001119196279484125,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "S", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "TCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446081_Wales_20200416_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446375_Wales_20200410_null_7":{
"Global MG94xREV":0.001148680783351868,
"Nucleotide GTR":0.001119103474072974,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "C", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "TGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446375_Wales_20200410_null_7",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446473_Wales_20200413_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149060271759329,
"Nucleotide GTR":0.00111947319105729,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAA", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446473_Wales_20200413_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446504_Wales_20200411_null_6":{
"Global MG94xREV":0.001148776041560649,
"Nucleotide GTR":0.001119196279484125,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "F", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "TTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446504_Wales_20200411_null_6",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446603_Wales_20200413_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148466118377126,
"Nucleotide GTR":0.001118894336493173,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTC", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446603_Wales_20200413_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446629_Wales_20200408_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001148776956901535,
"Nucleotide GTR":0.001119197171255958,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "I", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ATT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446629_Wales_20200408_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446719_Wales_20200414_null_29":{
"Global MG94xREV":0.001148776041560649,
"Nucleotide GTR":0.001119196279484125,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "I", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ATT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446719_Wales_20200414_null_29",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446800_Wales_20200414_null_3":{
"Global MG94xREV":0.00114846523278399,
"Nucleotide GTR":0.001118893473703118,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTC", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446800_Wales_20200414_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446876_Wales_20200416_null_9":{
"Global MG94xREV":0.001148776956901535,
"Nucleotide GTR":0.001119197171255958,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAT", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446876_Wales_20200416_null_9",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_447256_Taipei_20200320_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148661053730538,
"Nucleotide GTR":0.001119084252468424,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "G", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GGT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_447256_Taipei_20200320_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_447367_Jerusalem_District_20200401_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148705497050365,
"Nucleotide GTR":0.001119127551420002,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "I", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATT", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_447367_Jerusalem_District_20200401_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_447389_North_District_20200329_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149060271759329,
"Nucleotide GTR":0.00111947319105729,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "N", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "AAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_447389_North_District_20200329_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_447404_North_District_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148156357490161,
"Nucleotide GTR":0.001118592551619812,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "R", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "C", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "CGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "TGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_447404_North_District_20200401_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_447468_Tel_Aviv_District_20200414_null_11":{
"Global MG94xREV":0.001148776934614766,
"Nucleotide GTR":0.00111919714954305,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "TTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_447468_Tel_Aviv_District_20200414_null_11",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_447940_England_20200429_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001149235316622514,
"Nucleotide GTR":0.001119643728701296,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "F", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "TTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAG", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_447940_England_20200429_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_447973_England_20200429_null_64":{
"Global MG94xREV":0.00114948457499748,
"Nucleotide GTR":0.001119886568938035,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "S", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "TCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_447973_England_20200429_null_64",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_448031_England_20200502_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148776942065531,
"Nucleotide GTR":0.001119197156801964,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "I", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ATT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_448031_England_20200502_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_448166_Scotland_20200412_null_8":{
"Global MG94xREV":0.001149893776924238,
"Nucleotide GTR":0.001120285234350103,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "S", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "AGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_448166_Scotland_20200412_null_8",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_448182_Scotland_20200413_null_2":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAG", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_448182_Scotland_20200413_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_448195_Scotland_20200421_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148297435300755,
"Nucleotide GTR":0.001118729996826731,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "V", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "GTA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_448195_Scotland_20200421_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_448216_Scotland_20200422_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00114866805298242,
"Nucleotide GTR":0.00111909107149701,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "C", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "TGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_448216_Scotland_20200422_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_448377_England_20200502_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148297442067796,
"Nucleotide GTR":0.001118730003419528,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "V", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "GTA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_448377_England_20200502_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_448463_England_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148297442067796,
"Nucleotide GTR":0.001118730003419528,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "V", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "GTT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_448463_England_20200407_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_448495_England_20200407_null_15":{
"Global MG94xREV":0.001148776934614766,
"Nucleotide GTR":0.00111919714954305,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "I", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ATA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_448495_England_20200407_null_15",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_448583_England_20200101_null_2":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTC", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_448583_England_20200101_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_448768_England_20200101_null_14":{
"Global MG94xREV":0.001148297442067796,
"Nucleotide GTR":0.001118730003419528,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAG", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_448768_England_20200101_null_14",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_448833_England_20200413_null_13":{
"Global MG94xREV":0.001148464293519725,
"Nucleotide GTR":0.00111889255862391,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "T", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ACG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_448833_England_20200413_null_13",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_448971_Northern_Ireland_20200328_null_23":{
"Global MG94xREV":0.001148705496998471,
"Nucleotide GTR":0.001119127551369446,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGT", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_448971_Northern_Ireland_20200328_null_23",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449007_England_20200419_null_9":{
"Global MG94xREV":0.001148776956901535,
"Nucleotide GTR":0.001119197171255958,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGT", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449007_England_20200419_null_9",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449009_England_20200420_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAC", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449009_England_20200420_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449035_England_20200503_null_6":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "F", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "TTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449035_England_20200503_null_6",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449051_England_20200504_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148661053730538,
"Nucleotide GTR":0.001119084252468424,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "R", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CGC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449051_England_20200504_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449097_England_20200506_null_26":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCT", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449097_England_20200506_null_26",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449130_England_20200408_null_64":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "R", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AGG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449130_England_20200408_null_64",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449180_Scotland_20200423_null_15":{
"Global MG94xREV":0.001148680783351868,
"Nucleotide GTR":0.001119103474072974,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "S", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "TCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449180_Scotland_20200423_null_15",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449217_Scotland_20200428_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001148466118314194,
"Nucleotide GTR":0.001118894336431861,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATC", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449217_Scotland_20200428_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449252_Scotland_20200427_null_7":{
"Global MG94xREV":0.0011490602718249,
"Nucleotide GTR":0.001119473191121171,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "K", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AAA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449252_Scotland_20200427_null_7",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449257_Scotland_20200428_null_8":{
"Global MG94xREV":0.001148468167274957,
"Nucleotide GTR":0.001118896332634062,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "N", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAT", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449257_Scotland_20200428_null_8",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449659_England_20200411_null_9":{
"Global MG94xREV":0.001148776041517339,
"Nucleotide GTR":0.001119196279441932,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "I", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ATA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449659_England_20200411_null_9",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449705_England_20200416_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001148776942006115,
"Nucleotide GTR":0.00111919715674408,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "M", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ATG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449705_England_20200416_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449708_England_20200416_null_6":{
"Global MG94xREV":0.001148776956901535,
"Nucleotide GTR":0.001119197171255958,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCT", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449708_England_20200416_null_6",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449709_England_20200416_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148776041560649,
"Nucleotide GTR":0.001119196279484125,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "F", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "TTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449709_England_20200416_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449940_Washington_20200413_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148296562029628,
"Nucleotide GTR":0.001118729146041407,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCG", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449940_Washington_20200413_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_449975_Washington_20200415_null_33":{
"Global MG94xREV":0.001148705497050365,
"Nucleotide GTR":0.001119127551420002,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "V", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GTT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_449975_Washington_20200415_null_33",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_450031_New_York_20200324_null_7":{
"Global MG94xREV":0.001148776041530809,
"Nucleotide GTR":0.001119196279455054,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "F", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "TTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_450031_New_York_20200324_null_7",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_450084_New_York_20200319_null_79":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "R", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "CGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_450084_New_York_20200319_null_79",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_450085_New_York_20200320_null_8":{
"Global MG94xREV":0.001148776041530809,
"Nucleotide GTR":0.001119196279455054,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "V", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GTA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_450085_New_York_20200320_null_8",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_450149_New_York_20200320_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148297456532978,
"Nucleotide GTR":0.001118730017512245,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "S", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AGT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_450149_New_York_20200320_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_450165_New_York_20200320_null_8":{
"Global MG94xREV":0.001148776956901535,
"Nucleotide GTR":0.001119197171255958,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAT"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_450165_New_York_20200320_null_8",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1]
]
},
"epi_isl_450410_Hong_Kong_20200131_null_3":{
"Global MG94xREV":0.00114829656214177,
"Nucleotide GTR":0.001118729146150662,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAG", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_450410_Hong_Kong_20200131_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_450464_California_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001148466118372811,
"Nucleotide GTR":0.001118894336488969,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCC", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_450464_California_20200407_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_450481_California_20200319_null_25216":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "P", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "CCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_450481_California_20200319_null_25216",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_450503_Hubei_20200126_null_7":{
"Global MG94xREV":0.001148776942002824,
"Nucleotide GTR":0.001119197156740872,
"amino-acid": [
["S", "S", "Q", "A", "W", "Q", "P", "G", "V", "A", "M", "S", "N", "L", "Y", "K", "M", "Q", "R", "M", "L", "L", "E", "K", "C", "D", "L", "Q", "N", "Y", "G", "D", "S", "A", "T", "L", "P", "K", "G", "I", "M", "M", "N", "V", "A", "K", "Y", "T", "Q", "L", "C", "Q", "Y", "L", "N", "T", "L", "T", "L", "A", "V", "P", "Y", "N", "M", "R", "V", "I", "H", "F", "G", "A", "G", "S", "D", "K", "G", "V", "A", "P", "G", "T", "A", "V", "L", "R", "Q", "W", "L", "P", "T", "G", "T", "L", "L", "V", "D", "S", "D", "L", "N", "D", "F", "V", "S", "D", "A", "D", "S", "T", "L", "I", "G", "D", "C", "A", "T", "V", "H", "T", "A", "N", "K", "W", "D", "L", "I", "I", "S", "D", "M", "Y", "D", "P", "K", "T", "K", "N", "V", "T", "K", "E", "N", "D", "S", "K", "E", "G", "F", "F", "T", "Y", "I", "C", "G", "F", "I", "Q", "Q", "K", "L", "A", "L", "G", "G", "S", "V", "A", "I", "K", "I", "T", "E", "H", "S", "W", "N", "A", "D", "L", "Y", "K", "L", "M", "G", "H", "F", "A", "W", "W", "T", "A", "F", "V", "T", "N", "V", "N", "A", "S", "S", "S", "E", "A", "F", "L", "I", "G", "C", "N", "Y", "L", "G", "K", "P", "R", "E", "Q", "I", "D", "G", "Y", "V", "M", "H", "A", "N", "Y", "I", "F", "W", "R", "N", "T", "N", "P", "I", "Q", "L", "S", "S", "Y", "-", "S", "L", "F", "D", "M", "S", "K", "F", "P", "L", "K", "L", "R", "G", "T", "A", "V", "M", "S", "L", "K", "E", "G", "Q", "I", "N", "D", "M", "I", "L", "S", "L", "L", "S", "K", "G", "R", "L", "I", "I", "R", "E", "N", "N", "R", "V", "V", "I", "S", "S", "D", "V", "L", "V", "N", "N"]
],
"codon": [
["TCT", "AGT", "CAA", "GCG", "TGG", "CAA", "CCG", "GGT", "GTT", "GCT", "ATG", "TCT", "AAT", "CTT", "TAC", "AAA", "ATG", "CAA", "AGA", "ATG", "CTA", "TTA", "GAA", "AAG", "TGT", "GAC", "CTT", "CAA", "AAT", "TAT", "GGT", "GAT", "AGT", "GCA", "ACA", "TTA", "CCT", "AAA", "GGC", "ATA", "ATG", "ATG", "AAT", "GTC", "GCA", "AAA", "TAT", "ACT", "CAA", "CTG", "TGT", "CAA", "TAT", "TTA", "AAC", "ACA", "TTA", "ACA", "TTA", "GCT", "GTA", "CCC", "TAT", "AAT", "ATG", "AGA", "GTT", "ATA", "CAT", "TTT", "GGT", "GCT", "GGT", "TCT", "GAT", "AAA", "GGA", "GTT", "GCA", "CCA", "GGT", "ACA", "GCT", "GTT", "TTA", "AGA", "CAG", "TGG", "TTG", "CCT", "ACG", "GGT", "ACG", "CTG", "CTT", "GTC", "GAT", "TCA", "GAT", "CTT", "AAT", "GAC", "TTT", "GTC", "TCT", "GAT", "GCA", "GAT", "TCA", "ACT", "TTG", "ATT", "GGT", "GAT", "TGT", "GCA", "ACT", "GTA", "CAT", "ACA", "GCT", "AAT", "AAA", "TGG", "GAT", "CTC", "ATT", "ATT", "AGT", "GAT", "ATG", "TAC", "GAC", "CCT", "AAG", "ACT", "AAA", "AAT", "GTT", "ACA", "AAA", "GAA", "AAT", "GAC", "TCT", "AAA", "GAG", "GGT", "TTT", "TTC", "ACT", "TAC", "ATT", "TGT", "GGG", "TTT", "ATA", "CAA", "CAA", "AAG", "CTA", "GCT", "CTT", "GGA", "GGT", "TCC", "GTG", "GCT", "ATA", "AAG", "ATA", "ACA", "GAA", "CAT", "TCT", "TGG", "AAT", "GCT", "GAT", "CTT", "TAT", "AAG", "CTC", "ATG", "GGA", "CAC", "TTC", "GCA", "TGG", "TGG", "ACA", "GCC", "TTT", "GTT", "ACT", "AAT", "GTG", "AAT", "GCG", "TCA", "TCA", "TCT", "GAA", "GCA", "TTT", "TTA", "ATT", "GGA", "TGT", "AAT", "TAT", "CTT", "GGC", "AAA", "CCA", "CGC", "GAA", "CAA", "ATA", "GAT", "GGT", "TAT", "GTC", "ATG", "CAT", "GCA", "AAT", "TAC", "ATA", "TTT", "TGG", "AGG", "AAT", "ACA", "AAT", "CCA", "ATT", "CAG", "TTG", "TCT", "TCC", "TAT", "---", "TCT", "TTA", "TTT", "GAC", "ATG", "AGT", "AAA", "TTT", "CCC", "CTT", "AAA", "TTA", "AGG", "GGT", "ACT", "GCT", "GTT", "ATG", "TCT", "TTA", "AAA", "GAA", "GGT", "CAA", "ATC", "AAT", "GAT", "ATG", "ATT", "TTA", "TCT", "CTT", "CTT", "AGT", "AAA", "GGT", "AGA", "CTT", "ATA", "ATT", "AGA", "GAA", "AAC", "AAC", "AGA", "GTT", "GTT", "ATT", "TCT", "AGT", "GAT", "GTT", "CTT", "GTT", "AAC", "AAC"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_450503_Hubei_20200126_null_7",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
}
},
"attributes":{
"Global MG94xREV":{
"attribute type":"branch length",
"display order":1
},
"Nucleotide GTR":{
"attribute type":"branch length",
"display order":0
},
"amino-acid":{
"attribute type":"node label",
"display order":1
},
"codon":{
"attribute type":"node label",
"display order":0
},
"nonsynonymous substitution count":{
"attribute type":"branch label",
"display order":1
},
"original name":{
"attribute type":"node label",
"display order":-1
},
"synonymous substitution count":{
"attribute type":"branch label",
"display order":0
}
}
},
"data partitions":{
"0":{
"coverage": [
[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298]
],
"name":"slac.filter.default"
}
},
"fits":{
"Global MG94xREV":{
"AIC-c":6791.705698972656,
"Equilibrium frequencies": [
[0.0365875350865182],
[0.01169771237612522],
[0.0168502298052885],
[0.05002355063302076],
[0.02216415324262755],
[0.007086290155363766],
[0.01020760416613912],
[0.03030348011553136],
[0.01753011006817927],
[0.00560470075435444],
[0.008073415781148553],
[0.02396768042789306],
[0.0314372435461568],
[0.01005106881432545],
[0.01447828548561497],
[0.0429819210442863],
[0.01663038160270051],
[0.005317040905695731],
[0.007659049758134802],
[0.02273754529191252],
[0.01007442358316861],
[0.003220979744945538],
[0.004639731868539051],
[0.01377404728193434],
[0.007968080366217063],
[0.002547542820073802],
[0.003669664681161824],
[0.01089419308255918],
[0.01428938449866409],
[0.004568580788565544],
[0.006580913745876794],
[0.01953686541860037],
[0.03074757815709328],
[0.009830570020461464],
[0.01416066309681524],
[0.04203899030494897],
[0.01862639919584526],
[0.00595520468598539],
[0.00857830696035833],
[0.02546655906392442],
[0.01473202357440046],
[0.004710100696429081],
[0.006784769242819157],
[0.02014205454011106],
[0.02641935568201787],
[0.0084467571592346],
[0.01216731910190072],
[0.03612131764345573],
[0.009683558089507669],
[0.04141031535250828],
[0.01834784943659449],
[0.005866147170674523],
[0.00845002208288614],
[0.02508571766663577],
[0.004639663173790251],
[0.00668330594767079],
[0.01984083880947132],
[0.02602426562261292],
[0.008320439552250239],
[0.01198536209717176],
[0.03558113893110162]
],
"Log Likelihood":-3123.799715601511,
"Rate Distributions":{
"non-synonymous/synonymous rate ratio for *background*": [
[0.6008638315100361, 1]
],
"non-synonymous/synonymous rate ratio for *test*": [
[0.5005151469403097, 1]
]
},
"display order":1,
"estimated parameters":271
},
"Nucleotide GTR":{
"AIC-c":7304.622204165646,
"Equilibrium frequencies": [
[0.315419915645559],
[0.1597831157826588],
[0.1944912551293403],
[0.3303057134424419]
],
"Log Likelihood":-3176.236068443447,
"Rate Distributions":{
"Substitution rate from nucleotide A to nucleotide C":0.2571595883063861,
"Substitution rate from nucleotide A to nucleotide G":1,
"Substitution rate from nucleotide A to nucleotide T":0.07964589975590336,
"Substitution rate from nucleotide C to nucleotide G":0,
"Substitution rate from nucleotide C to nucleotide T":1.806438595964679,
"Substitution rate from nucleotide G to nucleotide T":0.6630999528785582
},
"display order":0,
"estimated parameters":475
}
},
"input":{
"file name":"/data/shares/veg/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2/data/fasta/2020-05-21/sequences.methyltransferase.compressed.fas",
"number of sequences":235,
"number of sites":299,
"partition count":1,
"trees":{
"0":"(epi_isl_445125_Louisiana_20200401_null_1,epi_isl_445124_Louisiana_20200402_null_2,epi_isl_449252_Scotland_20200427_null_7,epi_isl_436404_Comunitat_Valenciana_20200322_null_1,epi_isl_421236_Hangzhou_20200120_null_2,epi_isl_444166_England_20200410_null_18,epi_isl_437695_Makkah_20200405_null_1,(epi_isl_436574_Wisconsin_20200403_null_1,epi_isl_439503_England_20200331_null_1,epi_isl_440982_England_20200331_null_4)Node276,epi_isl_420431_Saint_Saulve_20200324_null_1,(epi_isl_402121_Hubei_20191230_null_1,epi_isl_443307_Bourgogne_Franche_comte_20200409_null_1)Node283,epi_isl_443522_England_20200414_null_13,epi_isl_442428_England_20200324_null_1,epi_isl_434955_Texas_20200330_null_3,epi_isl_448768_England_20200101_null_14,epi_isl_434622_Occitanie_20200301_null_1,epi_isl_424140_England_20200321_null_1,((epi_isl_433893_England_20200410_null_1,epi_isl_439916_England_20200329_null_3)Node242,epi_isl_448182_Scotland_20200413_null_2)Node241,epi_isl_444225_England_20200415_null_7,epi_isl_448195_Scotland_20200421_null_1,epi_isl_426773_Victoria_20200322_null_1,epi_isl_434383_Antwerp_20200410_null_1,epi_isl_445106_California_20200325_null_1,epi_isl_445770_Wales_20200408_null_5,epi_isl_428347_Ile_De_France_20200323_null_1,epi_isl_445410_Wales_20200403_null_1,epi_isl_421288_Wisconsin_20200326_null_1,epi_isl_434602_Virginia_20200408_null_2,epi_isl_438617_England_20200421_null_7,(epi_isl_432942_England_20200330_null_1,epi_isl_449257_Scotland_20200428_null_8)Node298,epi_isl_415742_Taoyuan_20200227_null_1,(epi_isl_447404_North_District_20200401_null_1,epi_isl_450084_New_York_20200319_null_79)Node14,(epi_isl_435397_Iowa_20200421_null_1,epi_isl_440822_England_20200401_null_3)Node17,epi_isl_449709_England_20200416_null_1,epi_isl_434941_Texas_20200401_null_1,epi_isl_422507_New_York_20200320_null_1,epi_isl_439940_England_20200324_null_1,epi_isl_445153_Louisiana_20200408_null_9,(epi_isl_447940_England_20200429_null_1,epi_isl_449035_England_20200503_null_6)Node214,epi_isl_442094_England_20200404_null_1,epi_isl_449708_England_20200416_null_6,(epi_isl_432626_England_20200401_null_10,epi_isl_420282_England_20200321_null_1,epi_isl_449097_England_20200506_null_26)Node221,epi_isl_424440_Reykjavik_20200319_null_2,epi_isl_441213_England_20200403_null_2,epi_isl_435006_Texas_20200401_null_2,epi_isl_422849_Netherlands_20200316_null_1,epi_isl_449180_Scotland_20200423_null_15,epi_isl_446876_Wales_20200416_null_9,epi_isl_428286_Wisconsin_20200323_null_3,epi_isl_442397_England_20200326_null_20,epi_isl_443600_England_20200414_null_1,epi_isl_435126_United_Arab_Emirates_20200225_null_2,epi_isl_443246_Singapore_20200408_null_1,epi_isl_418251_Madrid_20200225_null_1,epi_isl_420841_Sud_Kivu_20200322_null_1,epi_isl_449975_Washington_20200415_null_33,epi_isl_450410_Hong_Kong_20200131_null_3,(epi_isl_422957_Zuid_Holland_20200329_null_1,epi_isl_442118_England_20200406_null_11)Node177,epi_isl_430234_Washington_20200319_null_1,epi_isl_450031_New_York_20200324_null_7,epi_isl_402127_Hubei_20191230_null_1,epi_isl_420943_Wales_20200321_null_1,epi_isl_441368_Northern_Ireland_20200323_null_4,(epi_isl_419251_Hong_Kong_20200226_null_2,epi_isl_449009_England_20200420_null_1)Node191,epi_isl_445225_Stockholm_20200330_null_2,epi_isl_443487_England_20200412_null_5,epi_isl_415453_Wales_20200310_null_1,epi_isl_423445_England_20200327_null_1,epi_isl_437458_Indiana_20200407_null_1,epi_isl_419936_Victoria_20200321_null_1,epi_isl_448216_Scotland_20200422_null_1,epi_isl_449659_England_20200411_null_9,epi_isl_418692_England_20200317_null_1,epi_isl_421178_Madrid_20200327_null_1,epi_isl_441103_England_20200401_null_6,epi_isl_448495_England_20200407_null_15,(epi_isl_418357_Ontario_20200312_null_1,epi_isl_431781_Fujian_20200319_null_1)Node140,epi_isl_430398_New_York_20200410_null_1,epi_isl_443386_England_20200413_null_1,epi_isl_418022_Portugal_20200315_null_1,epi_isl_430394_New_Jersey_20200409_null_2,epi_isl_436390_Comunitat_Valenciana_20200317_null_1,epi_isl_446719_Wales_20200414_null_29,epi_isl_416704_Washington_20200315_null_1,epi_isl_430867_Washington_20200311_null_1,epi_isl_444467_Gujarat_20200429_null_3,epi_isl_446473_Wales_20200413_null_1,epi_isl_428306_Wisconsin_20200324_null_1,epi_isl_444449_England_20200415_null_10,epi_isl_449217_Scotland_20200428_null_2,epi_isl_434370_Antwerp_20200405_null_1,epi_isl_421245_Jiangxi_20200125_null_1,epi_isl_439386_England_20200331_null_2,epi_isl_447389_North_District_20200329_null_1,epi_isl_441813_England_20200403_null_2,epi_isl_444434_England_20200101_null_2,epi_isl_446054_Wales_20200410_null_2,epi_isl_437802_Virginia_20200413_null_11,epi_isl_445076_Luxembourg_20200422_null_8,epi_isl_450149_New_York_20200320_null_1,epi_isl_419840_Victoria_20200316_null_1,epi_isl_422875_Noord_Brabant_20200311_null_3,epi_isl_442945_England_20200407_null_1,epi_isl_442413_England_20200410_null_4,epi_isl_425797_Scotland_20200306_null_5,epi_isl_423903_England_20200318_null_1,epi_isl_435551_Louisiana_20200425_null_1,epi_isl_438460_England_20200330_null_1,epi_isl_450464_California_20200407_null_1,epi_isl_436250_Comunitat_Valenciana_20200319_null_1,epi_isl_438282_England_20200331_null_1,epi_isl_447468_Tel_Aviv_District_20200414_null_11,epi_isl_427032_Victoria_20200330_null_1,epi_isl_437886_Athens_20200317_null_1,epi_isl_440831_England_20200401_null_4,epi_isl_437473_Madinah_20200329_null_1,epi_isl_423217_England_20200325_null_1,epi_isl_430802_Buenos_Aires_20200331_null_1,epi_isl_443332_England_20200415_null_3,epi_isl_449007_England_20200419_null_9,epi_isl_436937_Utah_20200415_null_1,epi_isl_414007_England_20200228_null_3,epi_isl_421253_Jiangxi_20200126_null_1,epi_isl_439569_England_20200323_null_1,epi_isl_416383_Shanghai_20200201_null_1,epi_isl_442548_England_20200412_null_1,epi_isl_446800_Wales_20200414_null_3,epi_isl_427158_Victoria_20200330_null_1,epi_isl_443257_Minnesota_20200330_null_2,epi_isl_423092_England_20200324_null_1,epi_isl_447367_Jerusalem_District_20200401_null_2,epi_isl_449705_England_20200416_null_5,epi_isl_417538_Reykjavik_20200317_null_1,epi_isl_444647_New_York_20200329_null_1,epi_isl_447973_England_20200429_null_64,epi_isl_443523_England_20200414_null_1,epi_isl_443664_England_20200414_null_5,epi_isl_446629_Wales_20200408_null_4,epi_isl_420298_New_York_20200319_null_1,epi_isl_448971_Northern_Ireland_20200328_null_23,epi_isl_439342_Scotland_20200430_null_1,epi_isl_435360_Utah_20200403_null_3,epi_isl_430818_Ciudad_Autonoma_de_Buenos_Aires_20200419_null_1,epi_isl_446375_Wales_20200410_null_7,epi_isl_448377_England_20200502_null_2,epi_isl_420179_England_20200327_null_1,epi_isl_424973_Taoyuan_20200317_null_1,epi_isl_440594_England_20200402_null_1,epi_isl_419884_Victoria_20200319_null_1,epi_isl_423107_England_20200323_null_1,epi_isl_447256_Taipei_20200320_null_2,epi_isl_442485_England_20200326_null_4,epi_isl_446504_Wales_20200411_null_6,epi_isl_426011_Scotland_20200331_null_1,epi_isl_441132_England_20200402_null_2,epi_isl_443003_England_20200407_null_2,epi_isl_446603_Wales_20200413_null_1,epi_isl_424099_England_20200313_null_1,epi_isl_437540_Louisiana_20200412_null_1,epi_isl_448031_England_20200502_null_2,epi_isl_445334_Puerto_Montt_20200329_null_6,epi_isl_427775_New_South_Wales_20200325_null_11,(epi_isl_414590_Minnesota_20200309_null_1,epi_isl_448583_England_20200101_null_2)Node444,epi_isl_414588_Minnesota_20200305_null_1,epi_isl_420115_Comunitat_Valenciana_20200309_null_1,epi_isl_449051_England_20200504_null_1,epi_isl_450165_New_York_20200320_null_8,epi_isl_434340_Washington_20200325_null_1,(epi_isl_437777_Virginia_20200416_null_2,epi_isl_449130_England_20200408_null_64)Node453,epi_isl_443965_England_20200329_null_3,epi_isl_450503_Hubei_20200126_null_7,epi_isl_430679_Victoria_20200410_null_9,(epi_isl_429598_Washington_20200331_null_3,epi_isl_429607_Washington_20200331_null_6)Node462,epi_isl_440082_England_20200323_null_1,((epi_isl_444441_England_20200417_null_7,epi_isl_444524_Illinois_20200317_null_4)Node7,epi_isl_434077_Washington_20200404_null_2)Node6,epi_isl_448166_Scotland_20200412_null_8,epi_isl_450085_New_York_20200320_null_8,epi_isl_419699_New_York_20200318_null_1,epi_isl_422534_New_York_20200319_null_3,epi_isl_430719_Madrid_20200311_null_2,epi_isl_437740_Madinah_20200420_null_1,(epi_isl_420057_Hauts_de_France_20200322_null_1,epi_isl_421511_Hauts_de_France_20200323_null_4)Node59,epi_isl_439438_England_20200331_null_2,epi_isl_444734_New_York_20200402_null_1,epi_isl_446081_Wales_20200416_null_4,epi_isl_415644_Tbilisi_20200228_null_1,epi_isl_427380_Liege_20200408_null_2,epi_isl_438391_England_20200331_null_1,epi_isl_417979_Madrid_20200303_null_2,epi_isl_437278_Bavaria_20200401_null_1,epi_isl_437535_Oregon_20200408_null_5,epi_isl_448463_England_20200407_null_1,epi_isl_416429_Vinhphuc_20200211_null_1,epi_isl_440923_England_20200424_null_1,epi_isl_441705_England_20200407_null_1,(epi_isl_427527_New_York_20200312_null_1,epi_isl_429640_Connecticut_20200407_null_1)Node110,epi_isl_415622_Washington_20200309_null_1,epi_isl_449940_Washington_20200413_null_1,epi_isl_436998_Unknown_20200325_null_1,epi_isl_422804_Netherlands_20200307_null_3,epi_isl_437823_Washington_20200331_null_2,epi_isl_448833_England_20200413_null_13,epi_isl_433194_Scotland_20200419_null_1,epi_isl_418252_Madrid_20200304_null_1,epi_isl_424185_USA_20200318_null_1,epi_isl_450481_California_20200319_null_25216,epi_isl_416153_Copenhagen_20200302_null_1,epi_isl_445182_California_20200412_null_1,epi_isl_444680_New_York_20200330_null_2,(epi_isl_427291_Ohio_20200331_null_1,epi_isl_445088_Iran_20200326_null_7)Node87,epi_isl_436928_Utah_20200415_null_2,epi_isl_414567_Hong_Kong_20200210_null_1,epi_isl_423319_England_20200326_null_2,epi_isl_434554_Manila_20200326_null_1)"
}
},
"tested":{
"0":{
"Node110":"test",
"Node14":"test",
"Node140":"test",
"Node17":"test",
"Node177":"test",
"Node191":"test",
"Node214":"test",
"Node221":"test",
"Node241":"test",
"Node242":"test",
"Node276":"test",
"Node283":"test",
"Node298":"test",
"Node444":"test",
"Node453":"test",
"Node462":"test",
"Node59":"test",
"Node6":"test",
"Node7":"test",
"Node87":"test",
"epi_isl_402121_Hubei_20191230_null_1":"background",
"epi_isl_402127_Hubei_20191230_null_1":"background",
"epi_isl_414007_England_20200228_null_3":"background",
"epi_isl_414567_Hong_Kong_20200210_null_1":"background",
"epi_isl_414588_Minnesota_20200305_null_1":"background",
"epi_isl_414590_Minnesota_20200309_null_1":"background",
"epi_isl_415453_Wales_20200310_null_1":"background",
"epi_isl_415622_Washington_20200309_null_1":"background",
"epi_isl_415644_Tbilisi_20200228_null_1":"background",
"epi_isl_415742_Taoyuan_20200227_null_1":"background",
"epi_isl_416153_Copenhagen_20200302_null_1":"background",
"epi_isl_416383_Shanghai_20200201_null_1":"background",
"epi_isl_416429_Vinhphuc_20200211_null_1":"background",
"epi_isl_416704_Washington_20200315_null_1":"background",
"epi_isl_417538_Reykjavik_20200317_null_1":"background",
"epi_isl_417979_Madrid_20200303_null_2":"background",
"epi_isl_418022_Portugal_20200315_null_1":"background",
"epi_isl_418251_Madrid_20200225_null_1":"background",
"epi_isl_418252_Madrid_20200304_null_1":"background",
"epi_isl_418357_Ontario_20200312_null_1":"background",
"epi_isl_418692_England_20200317_null_1":"background",
"epi_isl_419251_Hong_Kong_20200226_null_2":"background",
"epi_isl_419699_New_York_20200318_null_1":"background",
"epi_isl_419840_Victoria_20200316_null_1":"background",
"epi_isl_419884_Victoria_20200319_null_1":"background",
"epi_isl_419936_Victoria_20200321_null_1":"background",
"epi_isl_420057_Hauts_de_France_20200322_null_1":"background",
"epi_isl_420115_Comunitat_Valenciana_20200309_null_1":"background",
"epi_isl_420179_England_20200327_null_1":"background",
"epi_isl_420282_England_20200321_null_1":"background",
"epi_isl_420298_New_York_20200319_null_1":"background",
"epi_isl_420431_Saint_Saulve_20200324_null_1":"background",
"epi_isl_420841_Sud_Kivu_20200322_null_1":"background",
"epi_isl_420943_Wales_20200321_null_1":"background",
"epi_isl_421178_Madrid_20200327_null_1":"background",
"epi_isl_421236_Hangzhou_20200120_null_2":"background",
"epi_isl_421245_Jiangxi_20200125_null_1":"background",
"epi_isl_421253_Jiangxi_20200126_null_1":"background",
"epi_isl_421288_Wisconsin_20200326_null_1":"background",
"epi_isl_421511_Hauts_de_France_20200323_null_4":"background",
"epi_isl_422507_New_York_20200320_null_1":"background",
"epi_isl_422534_New_York_20200319_null_3":"background",
"epi_isl_422804_Netherlands_20200307_null_3":"background",
"epi_isl_422849_Netherlands_20200316_null_1":"background",
"epi_isl_422875_Noord_Brabant_20200311_null_3":"background",
"epi_isl_422957_Zuid_Holland_20200329_null_1":"background",
"epi_isl_423092_England_20200324_null_1":"background",
"epi_isl_423107_England_20200323_null_1":"background",
"epi_isl_423217_England_20200325_null_1":"background",
"epi_isl_423319_England_20200326_null_2":"background",
"epi_isl_423445_England_20200327_null_1":"background",
"epi_isl_423903_England_20200318_null_1":"background",
"epi_isl_424099_England_20200313_null_1":"background",
"epi_isl_424140_England_20200321_null_1":"background",
"epi_isl_424185_USA_20200318_null_1":"background",
"epi_isl_424440_Reykjavik_20200319_null_2":"background",
"epi_isl_424973_Taoyuan_20200317_null_1":"background",
"epi_isl_425797_Scotland_20200306_null_5":"background",
"epi_isl_426011_Scotland_20200331_null_1":"background",
"epi_isl_426773_Victoria_20200322_null_1":"background",
"epi_isl_427032_Victoria_20200330_null_1":"background",
"epi_isl_427158_Victoria_20200330_null_1":"background",
"epi_isl_427291_Ohio_20200331_null_1":"background",
"epi_isl_427380_Liege_20200408_null_2":"background",
"epi_isl_427527_New_York_20200312_null_1":"background",
"epi_isl_427775_New_South_Wales_20200325_null_11":"background",
"epi_isl_428286_Wisconsin_20200323_null_3":"background",
"epi_isl_428306_Wisconsin_20200324_null_1":"background",
"epi_isl_428347_Ile_De_France_20200323_null_1":"background",
"epi_isl_429598_Washington_20200331_null_3":"background",
"epi_isl_429607_Washington_20200331_null_6":"background",
"epi_isl_429640_Connecticut_20200407_null_1":"background",
"epi_isl_430234_Washington_20200319_null_1":"background",
"epi_isl_430394_New_Jersey_20200409_null_2":"background",
"epi_isl_430398_New_York_20200410_null_1":"background",
"epi_isl_430679_Victoria_20200410_null_9":"background",
"epi_isl_430719_Madrid_20200311_null_2":"background",
"epi_isl_430802_Buenos_Aires_20200331_null_1":"background",
"epi_isl_430818_Ciudad_Autonoma_de_Buenos_Aires_20200419_null_1":"background",
"epi_isl_430867_Washington_20200311_null_1":"background",
"epi_isl_431781_Fujian_20200319_null_1":"background",
"epi_isl_432626_England_20200401_null_10":"background",
"epi_isl_432942_England_20200330_null_1":"background",
"epi_isl_433194_Scotland_20200419_null_1":"background",
"epi_isl_433893_England_20200410_null_1":"background",
"epi_isl_434077_Washington_20200404_null_2":"background",
"epi_isl_434340_Washington_20200325_null_1":"background",
"epi_isl_434370_Antwerp_20200405_null_1":"background",
"epi_isl_434383_Antwerp_20200410_null_1":"background",
"epi_isl_434554_Manila_20200326_null_1":"background",
"epi_isl_434602_Virginia_20200408_null_2":"background",
"epi_isl_434622_Occitanie_20200301_null_1":"background",
"epi_isl_434941_Texas_20200401_null_1":"background",
"epi_isl_434955_Texas_20200330_null_3":"background",
"epi_isl_435006_Texas_20200401_null_2":"background",
"epi_isl_435126_United_Arab_Emirates_20200225_null_2":"background",
"epi_isl_435360_Utah_20200403_null_3":"background",
"epi_isl_435397_Iowa_20200421_null_1":"background",
"epi_isl_435551_Louisiana_20200425_null_1":"background",
"epi_isl_436250_Comunitat_Valenciana_20200319_null_1":"background",
"epi_isl_436390_Comunitat_Valenciana_20200317_null_1":"background",
"epi_isl_436404_Comunitat_Valenciana_20200322_null_1":"background",
"epi_isl_436574_Wisconsin_20200403_null_1":"background",
"epi_isl_436928_Utah_20200415_null_2":"background",
"epi_isl_436937_Utah_20200415_null_1":"background",
"epi_isl_436998_Unknown_20200325_null_1":"background",
"epi_isl_437278_Bavaria_20200401_null_1":"background",
"epi_isl_437458_Indiana_20200407_null_1":"background",
"epi_isl_437473_Madinah_20200329_null_1":"background",
"epi_isl_437535_Oregon_20200408_null_5":"background",
"epi_isl_437540_Louisiana_20200412_null_1":"background",
"epi_isl_437695_Makkah_20200405_null_1":"background",
"epi_isl_437740_Madinah_20200420_null_1":"background",
"epi_isl_437777_Virginia_20200416_null_2":"background",
"epi_isl_437802_Virginia_20200413_null_11":"background",
"epi_isl_437823_Washington_20200331_null_2":"background",
"epi_isl_437886_Athens_20200317_null_1":"background",
"epi_isl_438282_England_20200331_null_1":"background",
"epi_isl_438391_England_20200331_null_1":"background",
"epi_isl_438460_England_20200330_null_1":"background",
"epi_isl_438617_England_20200421_null_7":"background",
"epi_isl_439342_Scotland_20200430_null_1":"background",
"epi_isl_439386_England_20200331_null_2":"background",
"epi_isl_439438_England_20200331_null_2":"background",
"epi_isl_439503_England_20200331_null_1":"background",
"epi_isl_439569_England_20200323_null_1":"background",
"epi_isl_439916_England_20200329_null_3":"background",
"epi_isl_439940_England_20200324_null_1":"background",
"epi_isl_440082_England_20200323_null_1":"background",
"epi_isl_440594_England_20200402_null_1":"background",
"epi_isl_440822_England_20200401_null_3":"background",
"epi_isl_440831_England_20200401_null_4":"background",
"epi_isl_440923_England_20200424_null_1":"background",
"epi_isl_440982_England_20200331_null_4":"background",
"epi_isl_441103_England_20200401_null_6":"background",
"epi_isl_441132_England_20200402_null_2":"background",
"epi_isl_441213_England_20200403_null_2":"background",
"epi_isl_441368_Northern_Ireland_20200323_null_4":"background",
"epi_isl_441705_England_20200407_null_1":"background",
"epi_isl_441813_England_20200403_null_2":"background",
"epi_isl_442094_England_20200404_null_1":"background",
"epi_isl_442118_England_20200406_null_11":"background",
"epi_isl_442397_England_20200326_null_20":"background",
"epi_isl_442413_England_20200410_null_4":"background",
"epi_isl_442428_England_20200324_null_1":"background",
"epi_isl_442485_England_20200326_null_4":"background",
"epi_isl_442548_England_20200412_null_1":"background",
"epi_isl_442945_England_20200407_null_1":"background",
"epi_isl_443003_England_20200407_null_2":"background",
"epi_isl_443246_Singapore_20200408_null_1":"background",
"epi_isl_443257_Minnesota_20200330_null_2":"background",
"epi_isl_443307_Bourgogne_Franche_comte_20200409_null_1":"background",
"epi_isl_443332_England_20200415_null_3":"background",
"epi_isl_443386_England_20200413_null_1":"background",
"epi_isl_443487_England_20200412_null_5":"background",
"epi_isl_443522_England_20200414_null_13":"background",
"epi_isl_443523_England_20200414_null_1":"background",
"epi_isl_443600_England_20200414_null_1":"background",
"epi_isl_443664_England_20200414_null_5":"background",
"epi_isl_443965_England_20200329_null_3":"background",
"epi_isl_444166_England_20200410_null_18":"background",
"epi_isl_444225_England_20200415_null_7":"background",
"epi_isl_444434_England_20200101_null_2":"background",
"epi_isl_444441_England_20200417_null_7":"background",
"epi_isl_444449_England_20200415_null_10":"background",
"epi_isl_444467_Gujarat_20200429_null_3":"background",
"epi_isl_444524_Illinois_20200317_null_4":"background",
"epi_isl_444647_New_York_20200329_null_1":"background",
"epi_isl_444680_New_York_20200330_null_2":"background",
"epi_isl_444734_New_York_20200402_null_1":"background",
"epi_isl_445076_Luxembourg_20200422_null_8":"background",
"epi_isl_445088_Iran_20200326_null_7":"background",
"epi_isl_445106_California_20200325_null_1":"background",
"epi_isl_445124_Louisiana_20200402_null_2":"background",
"epi_isl_445125_Louisiana_20200401_null_1":"background",
"epi_isl_445153_Louisiana_20200408_null_9":"background",
"epi_isl_445182_California_20200412_null_1":"background",
"epi_isl_445225_Stockholm_20200330_null_2":"background",
"epi_isl_445334_Puerto_Montt_20200329_null_6":"background",
"epi_isl_445410_Wales_20200403_null_1":"background",
"epi_isl_445770_Wales_20200408_null_5":"background",
"epi_isl_446054_Wales_20200410_null_2":"background",
"epi_isl_446081_Wales_20200416_null_4":"background",
"epi_isl_446375_Wales_20200410_null_7":"background",
"epi_isl_446473_Wales_20200413_null_1":"background",
"epi_isl_446504_Wales_20200411_null_6":"background",
"epi_isl_446603_Wales_20200413_null_1":"background",
"epi_isl_446629_Wales_20200408_null_4":"background",
"epi_isl_446719_Wales_20200414_null_29":"background",
"epi_isl_446800_Wales_20200414_null_3":"background",
"epi_isl_446876_Wales_20200416_null_9":"background",
"epi_isl_447256_Taipei_20200320_null_2":"background",
"epi_isl_447367_Jerusalem_District_20200401_null_2":"background",
"epi_isl_447389_North_District_20200329_null_1":"background",
"epi_isl_447404_North_District_20200401_null_1":"background",
"epi_isl_447468_Tel_Aviv_District_20200414_null_11":"background",
"epi_isl_447940_England_20200429_null_1":"background",
"epi_isl_447973_England_20200429_null_64":"background",
"epi_isl_448031_England_20200502_null_2":"background",
"epi_isl_448166_Scotland_20200412_null_8":"background",
"epi_isl_448182_Scotland_20200413_null_2":"background",
"epi_isl_448195_Scotland_20200421_null_1":"background",
"epi_isl_448216_Scotland_20200422_null_1":"background",
"epi_isl_448377_England_20200502_null_2":"background",
"epi_isl_448463_England_20200407_null_1":"background",
"epi_isl_448495_England_20200407_null_15":"background",
"epi_isl_448583_England_20200101_null_2":"background",
"epi_isl_448768_England_20200101_null_14":"background",
"epi_isl_448833_England_20200413_null_13":"background",
"epi_isl_448971_Northern_Ireland_20200328_null_23":"background",
"epi_isl_449007_England_20200419_null_9":"background",
"epi_isl_449009_England_20200420_null_1":"background",
"epi_isl_449035_England_20200503_null_6":"background",
"epi_isl_449051_England_20200504_null_1":"background",
"epi_isl_449097_England_20200506_null_26":"background",
"epi_isl_449130_England_20200408_null_64":"background",
"epi_isl_449180_Scotland_20200423_null_15":"background",
"epi_isl_449217_Scotland_20200428_null_2":"background",
"epi_isl_449252_Scotland_20200427_null_7":"background",
"epi_isl_449257_Scotland_20200428_null_8":"background",
"epi_isl_449659_England_20200411_null_9":"background",
"epi_isl_449705_England_20200416_null_5":"background",
"epi_isl_449708_England_20200416_null_6":"background",
"epi_isl_449709_England_20200416_null_1":"background",
"epi_isl_449940_Washington_20200413_null_1":"background",
"epi_isl_449975_Washington_20200415_null_33":"background",
"epi_isl_450031_New_York_20200324_null_7":"background",
"epi_isl_450084_New_York_20200319_null_79":"background",
"epi_isl_450085_New_York_20200320_null_8":"background",
"epi_isl_450149_New_York_20200320_null_1":"background",
"epi_isl_450165_New_York_20200320_null_8":"background",
"epi_isl_450410_Hong_Kong_20200131_null_3":"background",
"epi_isl_450464_California_20200407_null_1":"background",
"epi_isl_450481_California_20200319_null_25216":"background",
"epi_isl_450503_Hubei_20200126_null_7":"background"
}
},
"timers":{
"Model fitting":{
"order":1,
"timer":4
},
"Primary SLAC analysis":{
"order":2,
"timer":2
},
"Total time":{
"order":0,
"timer":7
}
}
}