{
"MLE":{
"content":{
"0":{
"by-branch":{
"AVERAGED": [
[164.3619080547806, 408.7337110702587, 0, 1, 0.2867966576078812, 0, 0.002446580678118098, 0.4093303508218697, 0.7132033423921188, 1, 0.001495242997836157],
[164.0164516873846, 408.4700858780493, 1, 0, 0.2864983557253307, 0.006096949359116731, 0, -1.020062997485161, 1, 0.2864983557253307, 0.001493406015455789],
[163.9789671469649, 408.6169315150219, 1, 0, 0.2863781726871301, 0.006098343082645214, 0, -1.020296177345513, 1, 0.2863781726871302, 0.001494170841515691],
[164.0164516873846, 408.4700858780493, 0, 1, 0.2864983557253307, 0, 0.002448159692895001, 0.4095945312261228, 0.7135016442746693, 1, 0.001494212322761791]
],
"NAMES": [
["Node249"],
["Node18"],
["Node42"],
["Node59"]
],
"RESOLVED": [
[164.3619080547806, 408.7337110702587, 0, 1, 0.2867966576078812, 0, 0.002446580678118098, 0.4093303508218697, 0.7132033423921188, 1, 0.001495242997836157],
[164.0164516873846, 408.4700858780493, 1, 0, 0.2864983557253307, 0.006096949359116731, 0, -1.020062997485161, 1, 0.2864983557253307, 0.001493406015455789],
[163.9789671469649, 408.6169315150219, 1, 0, 0.2863781726871301, 0.006098343082645214, 0, -1.020296177345513, 1, 0.2863781726871302, 0.001494170841515691],
[164.0164516873846, 408.4700858780493, 0, 1, 0.2864983557253307, 0, 0.002448159692895001, 0.4095945312261228, 0.7135016442746693, 1, 0.001494212322761791]
]
},
"by-site":{
"AVERAGED": [
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.2707668235037894, 2.72923317649621, 0, 0, 0.09025560783459648, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 1.864866206400727, 0, 0, 0.3490564403202442, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.037002775716806, 0, 0, 0.2431063610286967, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 1.864866206400727, 0, 0, 0.3490564403202442, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2, 0, 0, 0.2567577632149941, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.405900617103062, 0, 0, 0.3415398035862265, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.962033694877293, 0, 0, 0.2709627886602127, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2, 0, 0, 0.2567577632149941, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.037002775716806, 0, 0, 0.2431063610286967, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 1.480869697942575, 0, 0, 0.3064276803720956, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 1, 0, 0.3333333333333333, 1, 0, -167.3071133451137, 1, 0.3333333333333333, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.962033694877293, 0, 0, 0.2709627886602127, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.345176830448612, 1.564458097448721, 0, 0, 0.4623180789971866, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.345176830448612, 1.564458097448721, 0, 0, 0.4623180789971866, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.962033694877293, 0, 0, 0.2709627886602127, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.405900617103062, 0, 0, 0.3415398035862265, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.345176830448612, 1.564458097448721, 0, 0, 0.4623180789971866, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.962033694877293, 0, 0, 0.2709627886602127, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.405900617103062, 0, 0, 0.3415398035862265, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.405900617103062, 0, 0, 0.3415398035862265, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2, 0, 0, 0.2567577632149941, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 1.480869697942575, 0, 0, 0.3064276803720956, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8578311952332617, 2, 0, 0, 0.3001686022127853, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.037002775716806, 0, 0, 0.2431063610286967, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7828621143937491, 2.217137885606251, 0, 0, 0.2609540381312497, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 1.480869697942575, 0, 0, 0.3064276803720956, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8578311952332617, 2, 0, 0, 0.3001686022127853, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.345176830448612, 1.564458097448721, 0, 0, 0.4623180789971866, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7812778068945816, 2.218722193105418, 0, 0, 0.2604259356315272, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.9671852083200208, 2.032814791679979, 0, 0, 0.3223950694400069, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8578311952332617, 2, 0, 0, 0.3001686022127853, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.218722193105418, 0, 0, 0.2374568466193135, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.345176830448612, 1.564458097448721, 0, 0, 0.4623180789971866, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.2707668235037894, 2.72923317649621, 0, 0, 0.09025560783459648, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.2707668235037894, 2.72923317649621, 0, 0, 0.09025560783459648, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.864866206400727, 1.135133793599273, 0, 0, 0.6216220688002424, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.2707668235037894, 2.72923317649621, 0, 0, 0.09025560783459648, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2, 0, 0, 0.2567577632149941, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2, 0, 0, 0.2567577632149941, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.218722193105418, 0, 0, 0.2374568466193135, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2, 0, 0, 0.2567577632149941, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 1.864866206400727, 0, 0, 0.3490564403202442, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.345176830448612, 1.564458097448721, 0, 0, 0.4623180789971866, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.08642101950616773, 1.757421549459896, 0, 1, 0.04687006415880094, 0, 0.5690154421443891, 95.20033107397131, 0.9531299358411991, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.962033694877293, 0, 0, 0.2709627886602127, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.9671852083200208, 2.032814791679979, 0, 0, 0.3223950694400069, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.405900617103062, 0, 0, 0.3415398035862265, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 1.480869697942575, 0, 0, 0.3064276803720956, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7812778068945816, 2.218722193105418, 0, 0, 0.2604259356315272, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.405900617103062, 0, 0, 0.3415398035862265, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 1, 0.3333333333333333, 0, 0.5, 83.65355667255686, 0.6666666666666667, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.962033694877293, 0, 0, 0.2709627886602127, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7812778068945816, 2.218722193105418, 0, 0, 0.2604259356315272, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 1.864866206400727, 0, 0, 0.3490564403202442, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.420145911288125, 1.270766823503789, 0, 0, 0.5277562118334332, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 1.691471808686604, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7812778068945816, 2.218722193105418, 0, 0, 0.2604259356315272, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.410775323069945, 1.307476090318759, 1, 0, 0.5190010446131632, 0.7088300905518611, 0, -118.5923163023874, 1, 0.5190010446131632, 0.005977032177569427],
[0.7828621143937491, 2.217137885606251, 0, 0, 0.2609540381312497, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.420145911288125, 1.270766823503789, 0, 0, 0.5277562118334332, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 1.480869697942575, 0, 0, 0.3064276803720956, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427]
],
"RESOLVED": [
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.2707668235037894, 2.72923317649621, 0, 0, 0.09025560783459648, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 1.864866206400727, 0, 0, 0.3490564403202442, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.037002775716806, 0, 0, 0.2431063610286967, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 1.864866206400727, 0, 0, 0.3490564403202442, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2, 0, 0, 0.2567577632149941, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.405900617103062, 0, 0, 0.3415398035862265, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.962033694877293, 0, 0, 0.2709627886602127, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2, 0, 0, 0.2567577632149941, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.037002775716806, 0, 0, 0.2431063610286967, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 1.480869697942575, 0, 0, 0.3064276803720956, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 1, 0, 0.3333333333333333, 1, 0, -167.3071133451137, 1, 0.3333333333333333, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.962033694877293, 0, 0, 0.2709627886602127, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.345176830448612, 1.564458097448721, 0, 0, 0.4623180789971866, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.345176830448612, 1.564458097448721, 0, 0, 0.4623180789971866, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.962033694877293, 0, 0, 0.2709627886602127, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.405900617103062, 0, 0, 0.3415398035862265, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.345176830448612, 1.564458097448721, 0, 0, 0.4623180789971866, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.962033694877293, 0, 0, 0.2709627886602127, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.405900617103062, 0, 0, 0.3415398035862265, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.405900617103062, 0, 0, 0.3415398035862265, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2, 0, 0, 0.2567577632149941, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 1.480869697942575, 0, 0, 0.3064276803720956, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8578311952332617, 2, 0, 0, 0.3001686022127853, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.037002775716806, 0, 0, 0.2431063610286967, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7828621143937491, 2.217137885606251, 0, 0, 0.2609540381312497, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 1.480869697942575, 0, 0, 0.3064276803720956, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8578311952332617, 2, 0, 0, 0.3001686022127853, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 2.203567099576564, 0, 0, 0.2289372782927075, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.345176830448612, 1.564458097448721, 0, 0, 0.4623180789971866, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7812778068945816, 2.218722193105418, 0, 0, 0.2604259356315272, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.9671852083200208, 2.032814791679979, 0, 0, 0.3223950694400069, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8578311952332617, 2, 0, 0, 0.3001686022127853, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.218722193105418, 0, 0, 0.2374568466193135, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.345176830448612, 1.564458097448721, 0, 0, 0.4623180789971866, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.2707668235037894, 2.72923317649621, 0, 0, 0.09025560783459648, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.2707668235037894, 2.72923317649621, 0, 0, 0.09025560783459648, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.864866206400727, 1.135133793599273, 0, 0, 0.6216220688002424, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.2707668235037894, 2.72923317649621, 0, 0, 0.09025560783459648, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2, 0, 0, 0.2567577632149941, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2, 0, 0, 0.2567577632149941, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.218722193105418, 0, 0, 0.2374568466193135, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2, 0, 0, 0.2567577632149941, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 1.864866206400727, 0, 0, 0.3490564403202442, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.345176830448612, 1.564458097448721, 0, 0, 0.4623180789971866, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.08642101950616773, 1.757421549459896, 0, 1, 0.04687006415880094, 0, 0.5690154421443891, 95.20033107397131, 0.9531299358411991, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.962033694877293, 0, 0, 0.2709627886602127, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.9671852083200208, 2.032814791679979, 0, 0, 0.3223950694400069, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.405900617103062, 0, 0, 0.3415398035862265, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 1.480869697942575, 0, 0, 0.3064276803720956, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7812778068945816, 2.218722193105418, 0, 0, 0.2604259356315272, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.405900617103062, 0, 0, 0.3415398035862265, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 1, 0.3333333333333333, 0, 0.5, 83.65355667255686, 0.6666666666666667, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 1.962033694877293, 0, 0, 0.2709627886602127, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7812778068945816, 2.218722193105418, 0, 0, 0.2604259356315272, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 3, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.8648662064007271, 2.135133793599273, 0, 0, 0.288288735466909, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 1.864866206400727, 0, 0, 0.3490564403202442, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.420145911288125, 1.270766823503789, 0, 0, 0.5277562118334332, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0, 1.691471808686604, 0, 0, 0, null, 0, null, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7812778068945816, 2.218722193105418, 0, 0, 0.2604259356315272, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.410775323069945, 1.307476090318759, 1, 0, 0.5190010446131632, 0.7088300905518611, 0, -118.5923163023874, 1, 0.5190010446131632, 0.005977032177569427],
[0.7828621143937491, 2.217137885606251, 0, 0, 0.2609540381312497, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6909127347919144, 2.309087265208086, 0, 0, 0.2303042449306381, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.7292331764962106, 2.128598018737051, 0, 0, 0.2551701366100769, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[1.420145911288125, 1.270766823503789, 0, 0, 0.5277562118334332, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427],
[0.6542640956566981, 1.480869697942575, 0, 0, 0.3064276803720956, 0, 0, 0, 1, 1, 0.005977032177569427]
]
}
}
},
"headers": [
["ES", "Expected synonymous sites"],
["EN", "Expected non-synonymous sites"],
["S", "Inferred synonymous substitutions"],
["N", "Inferred non-synonymous substitutions"],
["P[S]", "Expected proportion of synonymous sites"],
["dS", "Inferred synonymous susbsitution rate"],
["dN", "Inferred non-synonymous susbsitution rate"],
["dN-dS", "Scaled by the length of the tested branches"],
["P [dN/dS > 1]", "Binomial probability that S is no greater than the observed value, with Ps probability of success"],
["P [dN/dS < 1]", "Binomial probability that S is no less than the observed value, with Ps probability of success"],
["Total branch length", "The total length of branches contributing to inference at this site, and used to scale dN-dS"]
]
},
"analysis":{
"authors":"Sergei L Kosakovsky Pond and Simon DW Frost",
"citation":"Not So Different After All: A Comparison of Methods for Detecting Amino Acid Sites Under Selection (2005). _Mol Biol Evol_ 22 (5): 1208-1222",
"contact":"spond@temple.edu",
"info":"SLAC (Single Likelihood Ancestor Counting)\n uses a maximum likelihood ancestral state reconstruction\n and minimum path substitution counting to estimate site - level\n dS and dN,\n and applies a simple binomial - based test to test\n if dS differs drom dN.\n The estimates aggregate information over all branches,\n so the signal is derived from\n pervasive diversification or conservation. A subset of branches can be selected\n for testing as well.\n Multiple partitions within a NEXUS file are also supported\n for recombination - aware analysis.\n ",
"requirements":"in-frame codon alignment and a phylogenetic tree",
"version":"2.00"
},
"branch attributes":{
"0":{
"Node164":{
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node18":{
"Global MG94xREV":0.001493406015455789,
"Nucleotide GTR":0.001683988393488809,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCC", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node249":{
"Global MG94xREV":0.001495242997836157,
"Nucleotide GTR":0.00168605980406006,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "C", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGT", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node42":{
"Global MG94xREV":0.001494170841515691,
"Nucleotide GTR":0.001684850823527649,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTG", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"Node59":{
"Global MG94xREV":0.001494212322761791,
"Nucleotide GTR":0.001684897598441007,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "P", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CCT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_406592_Guangdong_20200113_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001723096048629444,
"Nucleotide GTR":0.001687347838999693,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "H", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CAT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_406592_Guangdong_20200113_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_406799_Wuhan_20191231_null_1":{
"Global MG94xREV":0.01052852146658967,
"Nucleotide GTR":0.01031009151152222,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "S", "R", "C", "E", "D", "K", "R", "S", "K", "L", "T", "M", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "TCT", "AGA", "TGT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "TCA", "AAA", "CTT", "ACT", "ATG", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_406799_Wuhan_20191231_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_413870_Guangdong_20200228_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720248860363873,
"Nucleotide GTR":0.001684559719921271,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "S", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AGT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_413870_Guangdong_20200228_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_415537_Wales_20200308_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "C", "E", "I", "-", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGT", "GAA", "ATC", "---", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_415537_Wales_20200308_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_417445_Lombardy_20200224_null_1":{
"Global MG94xREV":0.003479075400877604,
"Nucleotide GTR":0.003406896768208108,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "-", "A", "S", "A", "L", "R", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "---", "GCA", "TCA", "GCT", "TTG", "AGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_417445_Lombardy_20200224_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_417919_Kuala_Lumpur_20200314_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720223970985303,
"Nucleotide GTR":0.001684535346910154,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "P", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "CCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_417919_Kuala_Lumpur_20200314_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_418081_Washington_20200315_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721968647689428,
"Nucleotide GTR":0.001686243827681612,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "N", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AAT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_418081_Washington_20200315_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_418385_Finland_20200313_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00172024890017446,
"Nucleotide GTR":0.001684559758905926,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCG", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_418385_Finland_20200313_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_418697_England_20200316_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721380774700154,
"Nucleotide GTR":0.001685668150998441,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "F", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "TTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_418697_England_20200316_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_419246_Hong_Kong_20200223_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721699778134788,
"Nucleotide GTR":0.001685980536228792,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "C", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGT", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_419246_Hong_Kong_20200223_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_419986_Victoria_20200323_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720989345742147,
"Nucleotide GTR":0.001685284842820735,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "N", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAT", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_419986_Victoria_20200323_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_420031_Kinshasa_20200321_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721968653885475,
"Nucleotide GTR":0.001686243833749114,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "I", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "ATC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_420031_Kinshasa_20200321_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_421393_New_York_20200318_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721328616499915,
"Nucleotide GTR":0.00168561707489823,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAA", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_421393_New_York_20200318_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_421482_Portugal_20200318_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00172024886816069,
"Nucleotide GTR":0.001684559727556329,
"amino-acid": [
["A", "M", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATG", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_421482_Portugal_20200318_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_421731_New_York_20200318_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721380779702229,
"Nucleotide GTR":0.001685668155896742,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTT", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_421731_New_York_20200318_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_421980_England_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721901461881334,
"Nucleotide GTR":0.001686178035743787,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "I", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "ATA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_421980_England_20200331_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_422717_Netherlands_20200322_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001721313668609017,
"Nucleotide GTR":0.001685602437123728,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "V", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GTT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_422717_Netherlands_20200322_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_423012_Washington_20200319_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720450286962984,
"Nucleotide GTR":0.00168475696762374,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAG", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_423012_Washington_20200319_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_423085_England_20200325_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720648095784073,
"Nucleotide GTR":0.001684950672604413,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "F", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "TTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_423085_England_20200325_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_423898_England_20200318_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721012985216187,
"Nucleotide GTR":0.001685307991858463,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "D", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAT", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_423898_England_20200318_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_423992_England_20200321_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720248898286572,
"Nucleotide GTR":0.001684559757057204,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "S", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AGT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_423992_England_20200321_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_424171_Washington_20200319_null_1":{
"Global MG94xREV":0.005216657083035374,
"Nucleotide GTR":0.005108429714561501,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "L", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCA", "TTA", "GCA", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_424171_Washington_20200319_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_424348_Mexico_City_20200313_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720580635466923,
"Nucleotide GTR":0.001684884611852634,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAT", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_424348_Mexico_City_20200313_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_424636_Li_ge_20200403_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721313631861223,
"Nucleotide GTR":0.001685602401138319,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "S", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "TCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_424636_Li_ge_20200403_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_426025_New_York_20200303_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721380779814062,
"Nucleotide GTR":0.001685668156006256,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "V", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GTA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_426025_New_York_20200303_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_426787_Victoria_20200323_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001720817041962662,
"Nucleotide GTR":0.001685116113741357,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTC", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_426787_Victoria_20200323_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_426867_Victoria_20200326_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721968627850159,
"Nucleotide GTR":0.001686243808253939,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "H", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CAT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_426867_Victoria_20200326_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_427305_Santa_Catarina_20200310_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721380774700154,
"Nucleotide GTR":0.001685668150998441,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAT", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_427305_Santa_Catarina_20200310_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_427387_Liege_20200407_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721342841931115,
"Nucleotide GTR":0.001685631005201544,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCT", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_427387_Liege_20200407_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_427480_New_York_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721901461881334,
"Nucleotide GTR":0.001686178035743787,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "T", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "ACA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_427480_New_York_20200401_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_427634_New_York_20200406_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721313647837739,
"Nucleotide GTR":0.001685602416783379,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "V", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GTT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_427634_New_York_20200406_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_427674_New_South_Wales_20200322_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721313631861223,
"Nucleotide GTR":0.001685602401138319,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATT", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_427674_New_South_Wales_20200322_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_428349_Ile_De_France_20200323_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001723539925391204,
"Nucleotide GTR":0.001687782506872871,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "N", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "AAT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_428349_Ile_De_France_20200323_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_428677_Madrid_20200311_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721375556046496,
"Nucleotide GTR":0.001685663040613577,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "D", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GAT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_428677_Madrid_20200311_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_428720_Ankara_20200321_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721262175302168,
"Nucleotide GTR":0.001685552012122694,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "S", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "TCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_428720_Ankara_20200321_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_428729_Wisconsin_20200402_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720248898286572,
"Nucleotide GTR":0.001684559757057204,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "G", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "GGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_428729_Wisconsin_20200402_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_429023_California_20200331_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721420150821116,
"Nucleotide GTR":0.00168570671020277,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "I", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "ATT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_429023_California_20200331_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_429470_Unknown_20200323_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00172126219569113,
"Nucleotide GTR":0.001685552032088656,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "N", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAT", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_429470_Unknown_20200323_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_429571_Unknown_20200326_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720316025519597,
"Nucleotide GTR":0.001684625491635189,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "V", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "GTT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_429571_Unknown_20200326_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_429694_Minas_gerais_20200318_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTG", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_429694_Minas_gerais_20200318_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_430228_Washington_20200323_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720224029957266,
"Nucleotide GTR":0.001684535404658654,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "L", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "CTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_430228_Washington_20200323_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_430593_Victoria_20200408_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001721380779814062,
"Nucleotide GTR":0.001685668156006256,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAT", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_430593_Victoria_20200408_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_432107_Wales_20200325_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001720224055896871,
"Nucleotide GTR":0.001684535430060106,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCC", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_432107_Wales_20200325_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_432600_England_20200329_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720223970985303,
"Nucleotide GTR":0.001684535346910154,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCC", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_432600_England_20200329_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_432817_England_20200323_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721262200784109,
"Nucleotide GTR":0.001685552037075975,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "H", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAT", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_432817_England_20200323_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_433057_England_20200404_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721515113958744,
"Nucleotide GTR":0.001685799703187803,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAT", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_433057_England_20200404_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_433296_Scotland_20200323_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001725701345876945,
"Nucleotide GTR":0.001689899085451695,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACA", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_433296_Scotland_20200323_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_433360_Scotland_20200328_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721968692888941,
"Nucleotide GTR":0.001686243871943395,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "I", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "ATA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_433360_Scotland_20200328_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_433488_England_20200101_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001720248937176512,
"Nucleotide GTR":0.001684559795140315,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAG", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_433488_England_20200101_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_433733_England_20200405_null_4":{
"Global MG94xREV":0.00172450810848819,
"Nucleotide GTR":0.001688730603560662,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCT", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_433733_England_20200405_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_433749_England_20200406_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001720248957026517,
"Nucleotide GTR":0.001684559814578501,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "S", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AGT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_433749_England_20200406_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434038_England_20200414_null_2":{
"Global MG94xREV":0.00172257140540607,
"Nucleotide GTR":0.001686834080286176,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "T", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "ACT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434038_England_20200414_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434248_Washington_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721968626615078,
"Nucleotide GTR":0.001686243807044482,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "T", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "ACT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434248_Washington_20200401_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434249_Washington_20200402_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721968626615078,
"Nucleotide GTR":0.001686243807044482,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTA", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434249_Washington_20200402_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434329_Washington_20200325_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001721380774700154,
"Nucleotide GTR":0.001685668150998441,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "L", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TTA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434329_Washington_20200325_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434385_Antwerp_20200411_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721380774700154,
"Nucleotide GTR":0.001685668150998441,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAT", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434385_Antwerp_20200411_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434838_Texas_20200321_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720223998329914,
"Nucleotide GTR":0.001684535373687463,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAC", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434838_Texas_20200321_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434875_Texas_20200324_null_3":{
"Global MG94xREV":0.00172024886816069,
"Nucleotide GTR":0.001684559727556329,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCG", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434875_Texas_20200324_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_434980_Texas_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720190369805396,
"Nucleotide GTR":0.001684502442837078,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "G", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GGT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_434980_Texas_20200331_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_435059_EC_20200320_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720877022542004,
"Nucleotide GTR":0.0016851748499337,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "C", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGC", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_435059_EC_20200320_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_435457_Louisiana_20200402_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "P", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CCT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_435457_Louisiana_20200402_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_435461_Louisiana_20200403_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721380779814062,
"Nucleotide GTR":0.001685668156006256,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "I", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ATA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_435461_Louisiana_20200403_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_435534_New_York_20200420_null_2":{
"Global MG94xREV":0.00172024886816069,
"Nucleotide GTR":0.001684559727556329,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "G", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GGT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_435534_New_York_20200420_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_435588_California_20200302_null_1":{
"Global MG94xREV":0.01049148256032186,
"Nucleotide GTR":0.01027382103286865,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "E", "V", "P", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GAA", "GTG", "CCT", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1.5, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_435588_California_20200302_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.5, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_436321_Comunitat_Valenciana_20200319_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721262222426029,
"Nucleotide GTR":0.001685552058268898,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "F", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "TTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_436321_Comunitat_Valenciana_20200319_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_436449_Bihar_20200412_null_5":{
"Global MG94xREV":0.00172126234843728,
"Nucleotide GTR":0.001685552181665858,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "H"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAT"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1]
],
"original name":"epi_isl_436449_Bihar_20200412_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_436523_Florida_20200415_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001721313638378202,
"Nucleotide GTR":0.001685602407520095,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "I", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ATT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_436523_Florida_20200415_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_436618_Wisconsin_20200424_null_13":{
"Global MG94xREV":0.001720424164783928,
"Nucleotide GTR":0.001684731387388431,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGC", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_436618_Wisconsin_20200424_null_13",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_436895_Wisconsin_20200428_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001720781157908331,
"Nucleotide GTR":0.001685080974155505,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "L", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TTA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_436895_Wisconsin_20200428_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437082_California_20200423_null_6":{
"Global MG94xREV":0.001720382926197758,
"Nucleotide GTR":0.001684691004358531,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "V", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "GTC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437082_California_20200423_null_6",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437167_Michigan_20200326_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721514917430628,
"Nucleotide GTR":0.001685799510736956,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "L", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CTA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437167_Michigan_20200326_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437351_Kinshasa_20200416_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721514917430628,
"Nucleotide GTR":0.001685799510736956,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "V", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GTA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437351_Kinshasa_20200416_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437356_Kinshasa_20200418_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721313631861223,
"Nucleotide GTR":0.001685602401138319,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "F", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TTT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437356_Kinshasa_20200418_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437465_Makkah_20200323_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720807983923582,
"Nucleotide GTR":0.001685107243624872,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCT", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCC", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437465_Makkah_20200323_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437538_West_Bengal_20200405_null_1":{
"Global MG94xREV":0.003446419205603657,
"Nucleotide GTR":0.003374918074641207,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "T", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ACA", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1.5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437538_West_Bengal_20200405_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437584_California_20200315_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720248859023036,
"Nucleotide GTR":0.001684559718608251,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCG", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437584_California_20200315_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437634_Unknown_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720223976079043,
"Nucleotide GTR":0.00168453535189822,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAC", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437634_Unknown_20200401_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437691_Makkah_20200405_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720248898286572,
"Nucleotide GTR":0.001684559757057204,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "A", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "GCT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437691_Makkah_20200405_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437768_Virginia_20200409_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001720382926197758,
"Nucleotide GTR":0.001684691004358531,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAG", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437768_Virginia_20200409_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_437869_Connecticut_20200403_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721380774700154,
"Nucleotide GTR":0.001685668150998441,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAT", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_437869_Connecticut_20200403_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_438187_Washington_20200417_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001724439230169401,
"Nucleotide GTR":0.001688663154225811,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "H", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAT", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_438187_Washington_20200417_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_438353_England_20200329_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721514912314368,
"Nucleotide GTR":0.001685799505726842,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "L", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CTC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_438353_England_20200329_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_438874_Scotland_20200411_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001720248919477414,
"Nucleotide GTR":0.001684559777808411,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTG", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_438874_Scotland_20200411_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439006_Scotland_20200423_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720622274514547,
"Nucleotide GTR":0.00168492538703582,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "L", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "CTG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439006_Scotland_20200423_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439380_England_20200331_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720181748543303,
"Nucleotide GTR":0.001684494000435987,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "S", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AGC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439380_England_20200331_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439440_England_20200331_null_6":{
"Global MG94xREV":0.001721313625494001,
"Nucleotide GTR":0.0016856023949032,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "I", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ATA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439440_England_20200331_null_6",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439576_England_20200328_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001721412019440773,
"Nucleotide GTR":0.001685698747520096,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAA", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439576_England_20200328_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439680_England_20200406_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001720767499449888,
"Nucleotide GTR":0.00168506759906225,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCT", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439680_England_20200406_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439682_England_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721313631861223,
"Nucleotide GTR":0.001685602401138319,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "F", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TTT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439682_England_20200407_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_439903_England_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001723214232059858,
"Nucleotide GTR":0.00168746357053774,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCA", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_439903_England_20200401_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440033_England_20200322_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721313631861223,
"Nucleotide GTR":0.001685602401138319,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "V", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GTA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440033_England_20200322_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440305_England_20200319_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721197638128492,
"Nucleotide GTR":0.001685488813869395,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "I", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "ATT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440305_England_20200319_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440547_England_20200311_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720817041962662,
"Nucleotide GTR":0.001685116113741357,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTC", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440547_England_20200311_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440669_England_20200401_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001720357086781679,
"Nucleotide GTR":0.001684665701019857,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAC", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440669_England_20200401_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440670_England_20200404_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001721313631861223,
"Nucleotide GTR":0.001685602401138319,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCT", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440670_England_20200404_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440693_England_20200402_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721014174867787,
"Nucleotide GTR":0.001685309156828957,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "F", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "TTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440693_England_20200402_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_440703_England_20200401_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721901461881334,
"Nucleotide GTR":0.001686178035743787,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAA", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_440703_England_20200401_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_441087_England_20200403_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001720181750182997,
"Nucleotide GTR":0.001684494002041661,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "V", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "GTC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_441087_England_20200403_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_441455_England_20200409_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720181716827871,
"Nucleotide GTR":0.001684493969378537,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "G", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GGA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_441455_England_20200409_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_441852_England_20200422_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720622328243373,
"Nucleotide GTR":0.001684925439649959,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "L", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "CTA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_441852_England_20200422_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_441895_England_20200430_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720382926197758,
"Nucleotide GTR":0.001684691004358531,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAG", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_441895_England_20200430_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_441930_England_20200326_null_7":{
"Global MG94xREV":0.001721313631861223,
"Nucleotide GTR":0.001685602401138319,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "M", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ATG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_441930_England_20200326_null_7",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_441993_England_20200411_null_1":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCC", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_441993_England_20200411_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442004_England_20200325_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721901461881334,
"Nucleotide GTR":0.001686178035743787,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "N", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "AAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442004_England_20200325_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442118_England_20200406_null_14":{
"Global MG94xREV":0.001721442600694977,
"Nucleotide GTR":0.001685728694320355,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTA", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442118_England_20200406_null_14",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442214_England_20200404_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001721514853334382,
"Nucleotide GTR":0.001685799447970484,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "V", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GTT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442214_England_20200404_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442361_England_20200417_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001720817041962662,
"Nucleotide GTR":0.001685116113741357,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAC", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442361_England_20200417_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442413_England_20200410_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001721514921796077,
"Nucleotide GTR":0.001685799515011838,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCT", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442413_England_20200410_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442587_England_20200411_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721197386026721,
"Nucleotide GTR":0.001685488566997854,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "N", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAT", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442587_England_20200411_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442715_England_20200406_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001720181728991616,
"Nucleotide GTR":0.00168449398128993,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAG", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442715_England_20200406_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_442883_England_20200410_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720357105527967,
"Nucleotide GTR":0.001684665719377226,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGC", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_442883_England_20200410_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443510_England_20200416_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001721901461881334,
"Nucleotide GTR":0.001686178035743787,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "T", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "ACC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443510_England_20200416_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443589_England_20200417_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001721313638378202,
"Nucleotide GTR":0.001685602407520095,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "F", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "TTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443589_England_20200417_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443609_England_20200414_null_10":{
"Global MG94xREV":0.001721313638378202,
"Nucleotide GTR":0.001685602407520095,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "V", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GTT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443609_England_20200414_null_10",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443611_England_20200414_null_13":{
"Global MG94xREV":0.001721313631861223,
"Nucleotide GTR":0.001685602401138319,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTT", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443611_England_20200414_null_13",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_443634_England_20200413_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001721514870498408,
"Nucleotide GTR":0.00168579946477842,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "S", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "TCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_443634_England_20200413_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444006_England_20200327_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721901461881334,
"Nucleotide GTR":0.001686178035743787,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "T", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "ACC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444006_England_20200327_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444134_England_20200408_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721313668609017,
"Nucleotide GTR":0.001685602437123728,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTT", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444134_England_20200408_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444195_England_20200414_null_9":{
"Global MG94xREV":0.001721313631861223,
"Nucleotide GTR":0.001685602401138319,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "L", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TTA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444195_England_20200414_null_9",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444246_England_20200419_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721313684585535,
"Nucleotide GTR":0.001685602452768788,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "I", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ATT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444246_England_20200419_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444274_Taoyuan_20200229_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720622303016758,
"Nucleotide GTR":0.001684925414946708,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "A", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GCA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444274_Taoyuan_20200229_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444278_Taoyuan_20200320_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720817041962662,
"Nucleotide GTR":0.001685116113741357,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAC", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444278_Taoyuan_20200320_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444383_England_20200101_null_3":{
"Global MG94xREV":0.001720817041962662,
"Nucleotide GTR":0.001685116113741357,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACC", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444383_England_20200101_null_3",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444411_England_20200419_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721313631861223,
"Nucleotide GTR":0.001685602401138319,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "V", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GTT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444411_England_20200419_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444464_Gujarat_20200429_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720181728692125,
"Nucleotide GTR":0.001684493980996651,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "R", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AGA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444464_Gujarat_20200429_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444485_Gujarat_20200504_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721313625494001,
"Nucleotide GTR":0.0016856023949032,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAT", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444485_Gujarat_20200504_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444487_Stockholm_20200301_null_16":{
"Global MG94xREV":0.001721197503262356,
"Nucleotide GTR":0.001685488681801261,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACT", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444487_Stockholm_20200301_null_16",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444589_Illinois_20200320_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720622267646105,
"Nucleotide GTR":0.001684925380309873,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "H", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAC", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444589_Illinois_20200320_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444734_New_York_20200402_null_14":{
"Global MG94xREV":0.001721582048569309,
"Nucleotide GTR":0.001685865249139569,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "TTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444734_New_York_20200402_null_14",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444746_New_York_20200402_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721197621246947,
"Nucleotide GTR":0.001685488797338085,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "S", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "TCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444746_New_York_20200402_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444768_New_York_20200406_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001720423770353721,
"Nucleotide GTR":0.001684731001141269,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAC", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444768_New_York_20200406_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444786_New_York_20200317_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001721380771908314,
"Nucleotide GTR":0.001685668148264524,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "S", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "TCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444786_New_York_20200317_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444871_Unknown_20200327_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001720817041962662,
"Nucleotide GTR":0.001685116113741357,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAC", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444871_Unknown_20200327_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_444919_Unknown_20200329_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001721391589285906,
"Nucleotide GTR":0.001685678741219405,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "I", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "ATT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_444919_Unknown_20200329_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445083_Texas_20200324_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721901461881334,
"Nucleotide GTR":0.001686178035743787,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "S", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "AGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445083_Texas_20200324_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445084_Texas_20200325_null_95":{
"Global MG94xREV":0.001721509726643701,
"Nucleotide GTR":0.001685794427640684,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "I", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATA", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445084_Texas_20200325_null_95",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445169_California_20200328_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721901461881334,
"Nucleotide GTR":0.001686178035743787,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "I", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATA", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445169_California_20200328_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445223_Skane_20200323_null_12":{
"Global MG94xREV":0.001721313631861223,
"Nucleotide GTR":0.001685602401138319,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "F", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TTT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445223_Skane_20200323_null_12",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445306_Santiago_20200316_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001725632461944125,
"Nucleotide GTR":0.001689831630619282,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTA", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445306_Santiago_20200316_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445333_Concepcion_20200312_null_2":{
"Global MG94xREV":0.00172158197089327,
"Nucleotide GTR":0.001685865173075036,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "V", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GTA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445333_Concepcion_20200312_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445376_Santiago_20200404_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001720248898286572,
"Nucleotide GTR":0.001684559757057204,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "G", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GGT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445376_Santiago_20200404_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445692_Wales_20200405_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721582031332968,
"Nucleotide GTR":0.001685865232260822,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATT", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445692_Wales_20200405_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445832_Wales_20200410_null_2":{
"Global MG94xREV":0.001720817041962662,
"Nucleotide GTR":0.001685116113741357,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGC", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445832_Wales_20200410_null_2",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445853_Wales_20200409_null_8":{
"Global MG94xREV":0.001721582048951933,
"Nucleotide GTR":0.001685865249514258,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "I", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ATA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445853_Wales_20200409_null_8",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_445907_Wales_20200331_null_10":{
"Global MG94xREV":0.001721380774700154,
"Nucleotide GTR":0.001685668150998441,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "I", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ATA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_445907_Wales_20200331_null_10",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446113_Wales_20200407_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001720248886122804,
"Nucleotide GTR":0.001684559745145793,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTG", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446113_Wales_20200407_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446120_Wales_20200406_null_1":{
"Global MG94xREV":0.00172138077202015,
"Nucleotide GTR":0.001685668148374039,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "F", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TTT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446120_Wales_20200406_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446270_Wales_20200402_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001721197490574173,
"Nucleotide GTR":0.001685488669376313,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "F", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "TTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446270_Wales_20200402_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446358_Wales_20200409_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721380774700154,
"Nucleotide GTR":0.001685668150998441,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "S", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "TCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446358_Wales_20200409_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446401_Wales_20200411_null_6":{
"Global MG94xREV":0.001720181728991616,
"Nucleotide GTR":0.00168449398128993,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACG", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446401_Wales_20200411_null_6",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446407_Wales_20200410_null_13":{
"Global MG94xREV":0.001721313638490151,
"Nucleotide GTR":0.001685602407629722,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "I", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ATA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446407_Wales_20200410_null_13",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446467_Wales_20200413_null_4":{
"Global MG94xREV":0.001720248903452464,
"Nucleotide GTR":0.001684559762115923,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "R", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AGA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446467_Wales_20200413_null_4",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446670_Wales_20200415_null_8":{
"Global MG94xREV":0.001721197398820081,
"Nucleotide GTR":0.001685488579525798,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "F", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "TTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446670_Wales_20200415_null_8",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446722_Wales_20200414_null_9":{
"Global MG94xREV":0.001721313684585535,
"Nucleotide GTR":0.001685602452768788,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCT", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446722_Wales_20200414_null_9",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446761_Wales_20200420_null_7":{
"Global MG94xREV":0.001721313638490151,
"Nucleotide GTR":0.001685602407629722,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "I", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ATA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446761_Wales_20200420_null_7",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446885_Wales_20200418_null_5":{
"Global MG94xREV":0.001721581989860336,
"Nucleotide GTR":0.001685865191648601,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "V", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GTT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446885_Wales_20200418_null_5",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446955_Wales_20200420_null_12":{
"Global MG94xREV":0.001721197490574173,
"Nucleotide GTR":0.001685488669376313,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "L", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CTT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446955_Wales_20200420_null_12",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446975_Wales_20200418_null_26034":{
"Global MG94xREV":0,
"Nucleotide GTR":0,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446975_Wales_20200418_null_26034",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_446978_Wales_20200416_null_13":{
"Global MG94xREV":0.001721581989860336,
"Nucleotide GTR":0.001685865191648601,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "E", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "C", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "GAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "TGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_446978_Wales_20200416_null_13",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
},
"epi_isl_447043_Gujarat_20200503_null_1":{
"Global MG94xREV":0.001721509723856161,
"Nucleotide GTR":0.001685794424910979,
"amino-acid": [
["A", "I", "A", "S", "E", "F", "S", "S", "L", "P", "S", "Y", "A", "A", "F", "A", "T", "A", "Q", "K", "A", "Y", "E", "Q", "A", "V", "A", "N", "G", "D", "S", "E", "V", "V", "L", "K", "K", "L", "K", "K", "S", "L", "N", "V", "A", "K", "S", "E", "F", "D", "R", "D", "A", "A", "M", "Q", "R", "K", "L", "E", "K", "M", "A", "D", "Q", "A", "M", "T", "Q", "M", "Y", "K", "Q", "A", "R", "S", "E", "D", "K", "R", "A", "K", "V", "T", "S", "A", "M", "Q", "T", "M", "L", "F", "T", "M", "L", "R", "K", "L", "D", "N", "D", "A", "L", "N", "N", "I", "I", "N", "N", "A", "R", "D", "G", "C", "V", "P", "L", "N", "I", "I", "P", "L", "T", "T", "A", "A", "K", "L", "M", "V", "V", "I", "P", "D", "Y", "N", "T", "Y", "K", "N", "T", "C", "D", "G", "T", "T", "F", "T", "Y", "A", "S", "A", "L", "W", "E", "I", "Q", "Q", "V", "V", "D", "A", "D", "S", "K", "I", "V", "Q", "L", "S", "E", "I", "S", "M", "D", "N", "S", "P", "N", "L", "A", "W", "P", "L", "I", "V", "T", "A", "L", "R", "A", "N", "S", "A", "V", "K", "L", "Q"]
],
"codon": [
["GCT", "ATA", "GCC", "TCA", "GAG", "TTT", "AGT", "TCC", "CTT", "CCA", "TCA", "TAT", "GCA", "GCT", "TTT", "GCT", "ACT", "GCT", "CAA", "AAA", "GCT", "TAT", "GAG", "CAG", "GCT", "GTT", "GCT", "AAT", "GGT", "GAT", "TCT", "GAA", "GTT", "GTT", "CTT", "AAA", "AAG", "TTG", "AAG", "AAG", "TCT", "TTG", "AAT", "GTG", "GCT", "AAA", "TCT", "GAA", "TTT", "GAC", "CGT", "GAT", "GCA", "GCC", "ATG", "CAA", "CGT", "AAG", "TTG", "GAA", "AAG", "ATG", "GCT", "GAT", "CAA", "GCT", "ATG", "ACC", "CAA", "ATG", "TAT", "AAA", "CAG", "GCT", "AGA", "TCT", "GAG", "GAC", "AAG", "AGG", "GCA", "AAA", "GTT", "ACT", "AGT", "GCT", "ATG", "CAG", "ACA", "ATG", "CTT", "TTC", "ACT", "ATG", "CTT", "AGA", "AAG", "TTG", "GAT", "AAT", "GAT", "GCA", "CTC", "AAC", "AAC", "ATT", "ATC", "AAC", "AAT", "GCA", "AGA", "GAT", "GGT", "TGT", "GTT", "CCC", "TTG", "AAC", "ATA", "ATA", "CCT", "CTT", "ACA", "ACA", "GCA", "GCC", "AAA", "CTA", "ATG", "GTT", "GTC", "ATA", "CCA", "GAC", "TAT", "AAC", "ACA", "TAT", "AAA", "AAT", "ACG", "TGT", "GAT", "GGT", "ACA", "ACA", "TTT", "ACT", "TAT", "GCA", "TCA", "GCA", "TTG", "TGG", "GAA", "ATC", "CAA", "CAG", "GTT", "GTA", "GAT", "GCA", "GAT", "AGT", "AAA", "ATT", "GTT", "CAA", "CTT", "AGT", "GAA", "ATT", "AGT", "ATG", "GAC", "AAT", "TCA", "CCT", "AAT", "TTA", "GCA", "TGG", "CCT", "CTT", "ATT", "GTA", "ACA", "GCT", "TTA", "AGG", "GCC", "AAT", "TCT", "GCT", "GTC", "AAA", "TTA", "CAG"]
],
"nonsynonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
],
"original name":"epi_isl_447043_Gujarat_20200503_null_1",
"synonymous substitution count": [
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]
]
}
},
"attributes":{
"Global MG94xREV":{
"attribute type":"branch length",
"display order":1
},
"Nucleotide GTR":{
"attribute type":"branch length",
"display order":0
},
"amino-acid":{
"attribute type":"node label",
"display order":1
},
"codon":{
"attribute type":"node label",
"display order":0
},
"nonsynonymous substitution count":{
"attribute type":"branch label",
"display order":1
},
"original name":{
"attribute type":"node label",
"display order":-1
},
"synonymous substitution count":{
"attribute type":"branch label",
"display order":0
}
}
},
"data partitions":{
"0":{
"coverage": [
[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197]
],
"name":"slac.filter.default"
}
},
"fits":{
"Global MG94xREV":{
"AIC-c":4591.78702014749,
"Equilibrium frequencies": [
[0.03811381507556851],
[0.01355523123617358],
[0.02395871223760843],
[0.05178656671756042],
[0.02907321184565216],
[0.01033992814848639],
[0.01827570173838387],
[0.03950278454028983],
[0.01037351973439613],
[0.003689356692683487],
[0.006520894686474572],
[0.01409486221088357],
[0.02823330522978316],
[0.01004121419470552],
[0.01774772832831797],
[0.03836157419666561],
[0.01522313337355964],
[0.005414128515043021],
[0.009569408654806729],
[0.02068420100525472],
[0.01161220362345254],
[0.004129896337203236],
[0.007299543341625542],
[0.0157779051110866],
[0.004143313235813871],
[0.001473575103515608],
[0.002604526713747195],
[0.005629663860539829],
[0.01127673443965769],
[0.00401058625633273],
[0.007088664172925417],
[0.01532209145837741],
[0.03587157635039342],
[0.01275777592118638],
[0.02254921932072308],
[0.0487399589427221],
[0.02736283251636462],
[0.009731629365903334],
[0.0172005407741428],
[0.03717883263275007],
[0.009763244756183813],
[0.003472311549579418],
[0.00613726994148875],
[0.01326566036340153],
[0.02657233767247117],
[0.009450488777412436],
[0.01670362808113095],
[0.03610475978299705],
[0.008300711622278877],
[0.03171213745754722],
[0.01780333682690491],
[0.006331781454721797],
[0.01119134946368706],
[0.02419001321577775],
[0.00225922269005386],
[0.003993149609077087],
[0.008631161249103635],
[0.01728900973897094],
[0.006148860311977373],
[0.01086803848913925],
[0.0234911791053343]
],
"Log Likelihood":-2114.859191523949,
"Rate Distributions":{
"non-synonymous/synonymous rate ratio for *background*": [
[0.6005362566817904, 1]
],
"non-synonymous/synonymous rate ratio for *test*": [
[0.4721529711309853, 1]
]
},
"display order":1,
"estimated parameters":180
},
"Nucleotide GTR":{
"AIC-c":4973.304863659861,
"Equilibrium frequencies": [
[0.3248732032746176],
[0.1798198539470085],
[0.203548203800745],
[0.2917587389776291]
],
"Log Likelihood":-2160.533801004498,
"Rate Distributions":{
"Substitution rate from nucleotide A to nucleotide C":0.1996169854278818,
"Substitution rate from nucleotide A to nucleotide G":1,
"Substitution rate from nucleotide A to nucleotide T":0.1360132739866781,
"Substitution rate from nucleotide C to nucleotide G":0.1021780159333506,
"Substitution rate from nucleotide C to nucleotide T":1.878798232180521,
"Substitution rate from nucleotide G to nucleotide T":0.525436409477307
},
"display order":0,
"estimated parameters":325
}
},
"input":{
"file name":"/data/shares/veg/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2/data/fasta/2020-05-16/sequences.nsp8.compressed.fas",
"number of sequences":160,
"number of sites":198,
"partition count":1,
"trees":{
"0":"(epi_isl_446722_Wales_20200414_null_9,epi_isl_438874_Scotland_20200411_null_3,epi_isl_434838_Texas_20200321_null_1,epi_isl_444274_Taoyuan_20200229_null_1,epi_isl_445692_Wales_20200405_null_1,epi_isl_444246_England_20200419_null_1,epi_isl_430593_Victoria_20200408_null_3,epi_isl_433057_England_20200404_null_1,epi_isl_417445_Lombardy_20200224_null_1,epi_isl_436895_Wisconsin_20200428_null_2,epi_isl_444383_England_20200101_null_3,epi_isl_446113_Wales_20200407_null_1,epi_isl_446670_Wales_20200415_null_8,epi_isl_447043_Gujarat_20200503_null_1,epi_isl_446407_Wales_20200410_null_13,epi_isl_426025_New_York_20200303_null_1,epi_isl_434385_Antwerp_20200411_null_1,epi_isl_444487_Stockholm_20200301_null_16,epi_isl_445853_Wales_20200409_null_8,epi_isl_441455_England_20200409_null_1,epi_isl_424636_Li_ge_20200403_null_1,epi_isl_434329_Washington_20200325_null_3,epi_isl_440305_England_20200319_null_1,epi_isl_442883_England_20200410_null_1,epi_isl_444464_Gujarat_20200429_null_1,epi_isl_413870_Guangdong_20200228_null_1,epi_isl_428677_Madrid_20200311_null_1,(epi_isl_415537_Wales_20200308_null_1,epi_isl_435059_EC_20200320_null_1)Node249,epi_isl_424348_Mexico_City_20200313_null_1,epi_isl_444006_England_20200327_null_1,epi_isl_433488_England_20200101_null_2,epi_isl_429023_California_20200331_null_2,epi_isl_440693_England_20200402_null_1,epi_isl_442004_England_20200325_null_1,epi_isl_427634_New_York_20200406_null_1,epi_isl_445907_Wales_20200331_null_10,epi_isl_433733_England_20200405_null_4,epi_isl_438353_England_20200329_null_1,epi_isl_446761_Wales_20200420_null_7,epi_isl_437356_Kinshasa_20200418_null_2,epi_isl_418697_England_20200316_null_2,epi_isl_442587_England_20200411_null_2,epi_isl_445084_Texas_20200325_null_95,epi_isl_444411_England_20200419_null_2,epi_isl_432600_England_20200329_null_1,epi_isl_446270_Wales_20200402_null_4,epi_isl_446885_Wales_20200418_null_5,epi_isl_439380_England_20200331_null_1,epi_isl_417919_Kuala_Lumpur_20200314_null_1,epi_isl_446358_Wales_20200409_null_1,epi_isl_436618_Wisconsin_20200424_null_13,epi_isl_424171_Washington_20200319_null_1,epi_isl_434980_Texas_20200331_null_1,epi_isl_442361_England_20200417_null_2,epi_isl_427480_New_York_20200401_null_1,epi_isl_445376_Santiago_20200404_null_2,epi_isl_433296_Scotland_20200323_null_1,epi_isl_437768_Virginia_20200409_null_4,epi_isl_444871_Unknown_20200327_null_2,epi_isl_423992_England_20200321_null_1,epi_isl_428349_Ile_De_France_20200323_null_2,epi_isl_437082_California_20200423_null_6,epi_isl_443589_England_20200417_null_4,epi_isl_436523_Florida_20200415_null_3,epi_isl_418385_Finland_20200313_null_1,epi_isl_438187_Washington_20200417_null_5,epi_isl_442118_England_20200406_null_14,epi_isl_440547_England_20200311_null_1,epi_isl_437634_Unknown_20200401_null_1,epi_isl_446401_Wales_20200411_null_6,epi_isl_428729_Wisconsin_20200402_null_1,epi_isl_444919_Unknown_20200329_null_2,(epi_isl_437465_Makkah_20200323_null_1,epi_isl_441993_England_20200411_null_1)Node18,epi_isl_439680_England_20200406_null_2,epi_isl_429571_Unknown_20200326_null_1,(epi_isl_429694_Minas_gerais_20200318_null_1,epi_isl_435588_California_20200302_null_1)Node42,epi_isl_423085_England_20200325_null_1,epi_isl_444134_England_20200408_null_2,epi_isl_445223_Skane_20200323_null_12,epi_isl_433360_Scotland_20200328_null_1,epi_isl_427387_Liege_20200407_null_2,epi_isl_439903_England_20200401_null_1,epi_isl_441087_England_20200403_null_5,epi_isl_421980_England_20200331_null_1,(epi_isl_406592_Guangdong_20200113_null_1,epi_isl_435457_Louisiana_20200402_null_1)Node59,epi_isl_446467_Wales_20200413_null_4,epi_isl_437869_Connecticut_20200403_null_1,epi_isl_443609_England_20200414_null_10,epi_isl_439440_England_20200331_null_6,epi_isl_420031_Kinshasa_20200321_null_1,epi_isl_439006_Scotland_20200423_null_1,epi_isl_442214_England_20200404_null_5,epi_isl_435461_Louisiana_20200403_null_1,epi_isl_444485_Gujarat_20200504_null_2,epi_isl_418081_Washington_20200315_null_2,epi_isl_421731_New_York_20200318_null_1,epi_isl_445306_Santiago_20200316_null_4,epi_isl_445333_Concepcion_20200312_null_2,epi_isl_444746_New_York_20200402_null_1,epi_isl_444768_New_York_20200406_null_2,epi_isl_445083_Texas_20200324_null_1,epi_isl_426867_Victoria_20200326_null_1,epi_isl_428720_Ankara_20200321_null_1,epi_isl_437167_Michigan_20200326_null_2,epi_isl_440670_England_20200404_null_3,epi_isl_437691_Makkah_20200405_null_1,epi_isl_430228_Washington_20200323_null_1,epi_isl_423012_Washington_20200319_null_1,epi_isl_434038_England_20200414_null_2,epi_isl_406799_Wuhan_20191231_null_1,epi_isl_446975_Wales_20200418_null_26034,epi_isl_440033_England_20200322_null_1,epi_isl_427305_Santa_Catarina_20200310_null_1,epi_isl_429470_Unknown_20200323_null_1,epi_isl_437351_Kinshasa_20200416_null_2,epi_isl_441930_England_20200326_null_7,epi_isl_439682_England_20200407_null_1,epi_isl_434249_Washington_20200402_null_1,epi_isl_436449_Bihar_20200412_null_5,epi_isl_440669_England_20200401_null_4,epi_isl_440703_England_20200401_null_1,epi_isl_446120_Wales_20200406_null_1,epi_isl_419246_Hong_Kong_20200223_null_1,epi_isl_437538_West_Bengal_20200405_null_1,epi_isl_422717_Netherlands_20200322_null_5,epi_isl_434248_Washington_20200401_null_1,epi_isl_432817_England_20200323_null_2,epi_isl_442413_England_20200410_null_4,epi_isl_443510_England_20200416_null_4,epi_isl_444278_Taoyuan_20200320_null_1,epi_isl_435534_New_York_20200420_null_2,epi_isl_446955_Wales_20200420_null_12,epi_isl_446978_Wales_20200416_null_13,epi_isl_442715_England_20200406_null_3,epi_isl_427674_New_South_Wales_20200322_null_1,epi_isl_437584_California_20200315_null_1,epi_isl_436321_Comunitat_Valenciana_20200319_null_2,epi_isl_443634_England_20200413_null_5,epi_isl_445169_California_20200328_null_1,epi_isl_433749_England_20200406_null_2,epi_isl_419986_Victoria_20200323_null_1,epi_isl_421393_New_York_20200318_null_2,epi_isl_443611_England_20200414_null_13,epi_isl_426787_Victoria_20200323_null_2,epi_isl_421482_Portugal_20200318_null_1,epi_isl_441852_England_20200422_null_1,epi_isl_441895_England_20200430_null_1,epi_isl_444195_England_20200414_null_9,epi_isl_432107_Wales_20200325_null_2,epi_isl_423898_England_20200318_null_1,epi_isl_439576_England_20200328_null_3,epi_isl_445832_Wales_20200410_null_2,epi_isl_444786_New_York_20200317_null_5,epi_isl_434875_Texas_20200324_null_3,epi_isl_444589_Illinois_20200320_null_1,epi_isl_444734_New_York_20200402_null_14)"
}
},
"tested":{
"0":{
"Node18":"test",
"Node249":"test",
"Node42":"test",
"Node59":"test",
"epi_isl_406592_Guangdong_20200113_null_1":"background",
"epi_isl_406799_Wuhan_20191231_null_1":"background",
"epi_isl_413870_Guangdong_20200228_null_1":"background",
"epi_isl_415537_Wales_20200308_null_1":"background",
"epi_isl_417445_Lombardy_20200224_null_1":"background",
"epi_isl_417919_Kuala_Lumpur_20200314_null_1":"background",
"epi_isl_418081_Washington_20200315_null_2":"background",
"epi_isl_418385_Finland_20200313_null_1":"background",
"epi_isl_418697_England_20200316_null_2":"background",
"epi_isl_419246_Hong_Kong_20200223_null_1":"background",
"epi_isl_419986_Victoria_20200323_null_1":"background",
"epi_isl_420031_Kinshasa_20200321_null_1":"background",
"epi_isl_421393_New_York_20200318_null_2":"background",
"epi_isl_421482_Portugal_20200318_null_1":"background",
"epi_isl_421731_New_York_20200318_null_1":"background",
"epi_isl_421980_England_20200331_null_1":"background",
"epi_isl_422717_Netherlands_20200322_null_5":"background",
"epi_isl_423012_Washington_20200319_null_1":"background",
"epi_isl_423085_England_20200325_null_1":"background",
"epi_isl_423898_England_20200318_null_1":"background",
"epi_isl_423992_England_20200321_null_1":"background",
"epi_isl_424171_Washington_20200319_null_1":"background",
"epi_isl_424348_Mexico_City_20200313_null_1":"background",
"epi_isl_424636_Li_ge_20200403_null_1":"background",
"epi_isl_426025_New_York_20200303_null_1":"background",
"epi_isl_426787_Victoria_20200323_null_2":"background",
"epi_isl_426867_Victoria_20200326_null_1":"background",
"epi_isl_427305_Santa_Catarina_20200310_null_1":"background",
"epi_isl_427387_Liege_20200407_null_2":"background",
"epi_isl_427480_New_York_20200401_null_1":"background",
"epi_isl_427634_New_York_20200406_null_1":"background",
"epi_isl_427674_New_South_Wales_20200322_null_1":"background",
"epi_isl_428349_Ile_De_France_20200323_null_2":"background",
"epi_isl_428677_Madrid_20200311_null_1":"background",
"epi_isl_428720_Ankara_20200321_null_1":"background",
"epi_isl_428729_Wisconsin_20200402_null_1":"background",
"epi_isl_429023_California_20200331_null_2":"background",
"epi_isl_429470_Unknown_20200323_null_1":"background",
"epi_isl_429571_Unknown_20200326_null_1":"background",
"epi_isl_429694_Minas_gerais_20200318_null_1":"background",
"epi_isl_430228_Washington_20200323_null_1":"background",
"epi_isl_430593_Victoria_20200408_null_3":"background",
"epi_isl_432107_Wales_20200325_null_2":"background",
"epi_isl_432600_England_20200329_null_1":"background",
"epi_isl_432817_England_20200323_null_2":"background",
"epi_isl_433057_England_20200404_null_1":"background",
"epi_isl_433296_Scotland_20200323_null_1":"background",
"epi_isl_433360_Scotland_20200328_null_1":"background",
"epi_isl_433488_England_20200101_null_2":"background",
"epi_isl_433733_England_20200405_null_4":"background",
"epi_isl_433749_England_20200406_null_2":"background",
"epi_isl_434038_England_20200414_null_2":"background",
"epi_isl_434248_Washington_20200401_null_1":"background",
"epi_isl_434249_Washington_20200402_null_1":"background",
"epi_isl_434329_Washington_20200325_null_3":"background",
"epi_isl_434385_Antwerp_20200411_null_1":"background",
"epi_isl_434838_Texas_20200321_null_1":"background",
"epi_isl_434875_Texas_20200324_null_3":"background",
"epi_isl_434980_Texas_20200331_null_1":"background",
"epi_isl_435059_EC_20200320_null_1":"background",
"epi_isl_435457_Louisiana_20200402_null_1":"background",
"epi_isl_435461_Louisiana_20200403_null_1":"background",
"epi_isl_435534_New_York_20200420_null_2":"background",
"epi_isl_435588_California_20200302_null_1":"background",
"epi_isl_436321_Comunitat_Valenciana_20200319_null_2":"background",
"epi_isl_436449_Bihar_20200412_null_5":"background",
"epi_isl_436523_Florida_20200415_null_3":"background",
"epi_isl_436618_Wisconsin_20200424_null_13":"background",
"epi_isl_436895_Wisconsin_20200428_null_2":"background",
"epi_isl_437082_California_20200423_null_6":"background",
"epi_isl_437167_Michigan_20200326_null_2":"background",
"epi_isl_437351_Kinshasa_20200416_null_2":"background",
"epi_isl_437356_Kinshasa_20200418_null_2":"background",
"epi_isl_437465_Makkah_20200323_null_1":"background",
"epi_isl_437538_West_Bengal_20200405_null_1":"background",
"epi_isl_437584_California_20200315_null_1":"background",
"epi_isl_437634_Unknown_20200401_null_1":"background",
"epi_isl_437691_Makkah_20200405_null_1":"background",
"epi_isl_437768_Virginia_20200409_null_4":"background",
"epi_isl_437869_Connecticut_20200403_null_1":"background",
"epi_isl_438187_Washington_20200417_null_5":"background",
"epi_isl_438353_England_20200329_null_1":"background",
"epi_isl_438874_Scotland_20200411_null_3":"background",
"epi_isl_439006_Scotland_20200423_null_1":"background",
"epi_isl_439380_England_20200331_null_1":"background",
"epi_isl_439440_England_20200331_null_6":"background",
"epi_isl_439576_England_20200328_null_3":"background",
"epi_isl_439680_England_20200406_null_2":"background",
"epi_isl_439682_England_20200407_null_1":"background",
"epi_isl_439903_England_20200401_null_1":"background",
"epi_isl_440033_England_20200322_null_1":"background",
"epi_isl_440305_England_20200319_null_1":"background",
"epi_isl_440547_England_20200311_null_1":"background",
"epi_isl_440669_England_20200401_null_4":"background",
"epi_isl_440670_England_20200404_null_3":"background",
"epi_isl_440693_England_20200402_null_1":"background",
"epi_isl_440703_England_20200401_null_1":"background",
"epi_isl_441087_England_20200403_null_5":"background",
"epi_isl_441455_England_20200409_null_1":"background",
"epi_isl_441852_England_20200422_null_1":"background",
"epi_isl_441895_England_20200430_null_1":"background",
"epi_isl_441930_England_20200326_null_7":"background",
"epi_isl_441993_England_20200411_null_1":"background",
"epi_isl_442004_England_20200325_null_1":"background",
"epi_isl_442118_England_20200406_null_14":"background",
"epi_isl_442214_England_20200404_null_5":"background",
"epi_isl_442361_England_20200417_null_2":"background",
"epi_isl_442413_England_20200410_null_4":"background",
"epi_isl_442587_England_20200411_null_2":"background",
"epi_isl_442715_England_20200406_null_3":"background",
"epi_isl_442883_England_20200410_null_1":"background",
"epi_isl_443510_England_20200416_null_4":"background",
"epi_isl_443589_England_20200417_null_4":"background",
"epi_isl_443609_England_20200414_null_10":"background",
"epi_isl_443611_England_20200414_null_13":"background",
"epi_isl_443634_England_20200413_null_5":"background",
"epi_isl_444006_England_20200327_null_1":"background",
"epi_isl_444134_England_20200408_null_2":"background",
"epi_isl_444195_England_20200414_null_9":"background",
"epi_isl_444246_England_20200419_null_1":"background",
"epi_isl_444274_Taoyuan_20200229_null_1":"background",
"epi_isl_444278_Taoyuan_20200320_null_1":"background",
"epi_isl_444383_England_20200101_null_3":"background",
"epi_isl_444411_England_20200419_null_2":"background",
"epi_isl_444464_Gujarat_20200429_null_1":"background",
"epi_isl_444485_Gujarat_20200504_null_2":"background",
"epi_isl_444487_Stockholm_20200301_null_16":"background",
"epi_isl_444589_Illinois_20200320_null_1":"background",
"epi_isl_444734_New_York_20200402_null_14":"background",
"epi_isl_444746_New_York_20200402_null_1":"background",
"epi_isl_444768_New_York_20200406_null_2":"background",
"epi_isl_444786_New_York_20200317_null_5":"background",
"epi_isl_444871_Unknown_20200327_null_2":"background",
"epi_isl_444919_Unknown_20200329_null_2":"background",
"epi_isl_445083_Texas_20200324_null_1":"background",
"epi_isl_445084_Texas_20200325_null_95":"background",
"epi_isl_445169_California_20200328_null_1":"background",
"epi_isl_445223_Skane_20200323_null_12":"background",
"epi_isl_445306_Santiago_20200316_null_4":"background",
"epi_isl_445333_Concepcion_20200312_null_2":"background",
"epi_isl_445376_Santiago_20200404_null_2":"background",
"epi_isl_445692_Wales_20200405_null_1":"background",
"epi_isl_445832_Wales_20200410_null_2":"background",
"epi_isl_445853_Wales_20200409_null_8":"background",
"epi_isl_445907_Wales_20200331_null_10":"background",
"epi_isl_446113_Wales_20200407_null_1":"background",
"epi_isl_446120_Wales_20200406_null_1":"background",
"epi_isl_446270_Wales_20200402_null_4":"background",
"epi_isl_446358_Wales_20200409_null_1":"background",
"epi_isl_446401_Wales_20200411_null_6":"background",
"epi_isl_446407_Wales_20200410_null_13":"background",
"epi_isl_446467_Wales_20200413_null_4":"background",
"epi_isl_446670_Wales_20200415_null_8":"background",
"epi_isl_446722_Wales_20200414_null_9":"background",
"epi_isl_446761_Wales_20200420_null_7":"background",
"epi_isl_446885_Wales_20200418_null_5":"background",
"epi_isl_446955_Wales_20200420_null_12":"background",
"epi_isl_446975_Wales_20200418_null_26034":"background",
"epi_isl_446978_Wales_20200416_null_13":"background",
"epi_isl_447043_Gujarat_20200503_null_1":"background"
}
},
"timers":{
"Model fitting":{
"order":1,
"timer":3
},
"Primary SLAC analysis":{
"order":2,
"timer":1
},
"Total time":{
"order":0,
"timer":4
}
}
}