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]
}
}
},
"headers": [
["ES", "Expected synonymous sites"],
["EN", "Expected non-synonymous sites"],
["S", "Inferred synonymous substitutions"],
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["P[S]", "Expected proportion of synonymous sites"],
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["dN", "Inferred non-synonymous susbsitution rate"],
["dN-dS", "Scaled by the length of the tested branches"],
["P [dN/dS > 1]", "Binomial probability that S is no greater than the observed value, with Ps probability of success"],
["P [dN/dS < 1]", "Binomial probability that S is no less than the observed value, with Ps probability of success"],
["Total branch length", "The total length of branches contributing to inference at this site, and used to scale dN-dS"]
]
},
"analysis":{
"authors":"Sergei L Kosakovsky Pond and Simon DW Frost",
"citation":"Not So Different After All: A Comparison of Methods for Detecting Amino Acid Sites Under Selection (2005). _Mol Biol Evol_ 22 (5): 1208-1222",
"contact":"spond@temple.edu",
"info":"SLAC (Single Likelihood Ancestor Counting)\n uses a maximum likelihood ancestral state reconstruction\n and minimum path substitution counting to estimate site - level\n dS and dN,\n and applies a simple binomial - based test to test\n if dS differs drom dN.\n The estimates aggregate information over all branches,\n so the signal is derived from\n pervasive diversification or conservation. A subset of branches can be selected\n for testing as well.\n Multiple partitions within a NEXUS file are also supported\n for recombination - aware analysis.\n ",
"requirements":"in-frame codon alignment and a phylogenetic tree",
"version":"2.00"
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"branch attributes":{
"0":{
"Node35":{
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"Node77":{
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"Node89":{
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"epi_isl_414934_Shandong_20200121_null_1":{
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"epi_isl_415593_Washington_20200310_null_1":{
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"epi_isl_415618_Washington_20200309_null_1":{
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"epi_isl_416355_Shanghai_20200204_null_2":{
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"epi_isl_420052_Ile_de_France_20200320_null_1":{
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"epi_isl_420197_South_Yorkshire_20200328_null_1":{
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"epi_isl_420198_South_Yorkshire_20200328_null_1":{
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"epi_isl_420431_Saint_Saulve_20200324_null_3":{
"Global MG94xREV":0,
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"original name":"epi_isl_420450_Sint_Agatha_Berchem_20200307_null_2",
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"epi_isl_421238_Jiangxi_20200129_null_1":{
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"original name":"epi_isl_421238_Jiangxi_20200129_null_1",
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},
"epi_isl_421393_New_York_20200318_null_1":{
"Global MG94xREV":0.0024130816563666,
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"epi_isl_424936_New_York_20200401_null_1":{
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"epi_isl_425278_England_20200331_null_4":{
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"epi_isl_425743_Scotland_20200318_null_5":{
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"epi_isl_426741_Victoria_20200327_null_1":{
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